Struttura secondaria
Metodi di predizione della struttura secondaria delle proteine:
Metodi di Chou-Fasman si basa sull’analisi statistica della composizione in residui delle
strutture secondarie presenti nella PDB.
(http://fasta.bioch.virginia.edu/fasta_www2/fasta_www.cgi?rm=misc1)
GOR si basa sull’analisi statistica della composizione in residui delle strutture secondarie
presenti nella PDB.
(http://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?page=npsa_gor4.html)
AGADIR per predire la percentuale di residui in elica
(http://www.embl-heidelberg.de/Services/serrano/agadir/agadir-start.html)
PHD prende in input o una sequenza o un allineamento multiplo ed usa le reti neurali.
(http://www.embl-heidelberg.de/predictprotein/predictprotein.html) Vuole una
registrazione
PSIPRED utilizza un sistema di due reti neurali. (http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred/)
PREDATOR si basa sull’applicazione del metodo del k-esimo vicino che usa le reti neurali
(http://bioweb.pasteur.fr/seqanal/interfaces/predator-simple.html)
JPRED3 (http://www.compbio.dundee.ac.uk/Software/JPred/jpred.html) fa un consensus
di vari metodi
Chou and Fasman Prediction
PHD Vuole una registrazione
Output of JPred prediction
ALTRI PROGRAMMI
Struttura terziaria
Banche dati che riguardano la struttura delle proteine:
PDB (Protein Data Bank)
DSSP (Dictionary of Protein Secondary Structure) raccolta delle strutture secondarie.
HSSP (Homology derived Secondary Structure of Proteins) contiene informazioni utili per
costruire modelli di proteine a struttra non nota e che abbiano una percentuale di
identità di sequenza maggiore del 30%.
FSSP (Fold classification based on Secondary Structure alignment of Proteins) include
l’allineamento con le proteine di struttura simile e riporta i residui che sono equivalenti
nelle strutture.
PDBsum (http://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/databases/pdbsum/) riassume per ogni
proteina tutte le informazioni derivanti dalle varie banche dati correlati.
SCOP [Structural Classification of
Proteins] organizza le strutture proteiche
gerarchicamente seguendo criteri evolutivi e di similarità strutturale.
CATH presenta una classificazione strutturale simile a quellla offerta da SCOP, basata su
confronti di strutture.
Programmi di visualizzazione di proteine (ad esempio RASMOL)
Le possibili opzioni di visualizzazione:
Wireframe consente di visualizzare tutti gli atomi descritti nel file di coordinate come
intersezioni di segmenti che rappresentano i legami chimici tra gli atomi stessi.
Trace indica la linea spezzata che unisce gli atomi dei soli carboni alfa.
Space filling che utilizza sfere di raggio pari ai raggi atomi di Van der Waals. Questom
odo è molto efficace per definire la superifcie ed il volume occupato dalla proteina.
Altri programmi sono:
SwissPDBViewer che è molto utilizzato anche per costruire modelli di proteine
Per confrontare strutture proteiche possono essere utilizzati vari programmi:
DALI (http://www2.embl-ebi.ac.uk/dali/) paragona mappe di contatti tra carboni alfa di
coppie di proteine.
SSAP (http://www.biochem.ucl.ac.uk/~orengo/ssap.html) confronta strutture proteiche
trasformando ciascuna delle due proteine in una matrice di distanze intramolecolari in
cui ogni elemento della matrice (i,j) corrisponde ad un vettore che uniscel’ i-esimo al jesimo carbonio alfa.
CE (http://cl.sdsc.edu/ce.html) confronta coppie di strutture proteiche in base
all’identificazione di frammenti allineati.
Qualche esempio?