Scuola di Dottorato in Scienze
Biomolecolari e Biotecnologiche
Università degli Studi di Sassari
“Sistema SOLiD per ultra high throughput (UHT)
sequencing e analisi genomica”
26 Giugno 2008 - ore 15:00
Complesso didattico della Facoltà di Scienze MFN
(via Vienna) Aula 9
Nel corso del seminario sarà presentato il sistema SOLiD per il sequenziamento di
genomi ad alevata processività.
Il sistema consente di generare sulla superficie di un vetrino portaoggetto a microscopio,
un numero di sequenze compreso tra 60 e 80 milioni di basi.
Queste sequenze sono in seguito utilizzabili per applicazioni di risequenziamento di
genomi o per applicazioni quantitative (analisi di espressione genica, ChIP, Copy
number variation, Methylation).
Il throughput del sistema è di circa 4 Gigabasi per corsa strumentale per sequenze di
singoli frammenti (35 basi), di 6 Gigabasi per corse di mate pair tags (25+25).
Saranno illustrate le applicazioni principali del sistema:
•
•
•
•
•
•
risequenziamento di genomi interi e di regioni specifiche previa selezione con
tecniche appropriate di arricchimento.
Sequenziamento de novo di genomi semplici o complessi, previo accoppiamento
con tecniche per sequenze lunghe.
Analisi del trascrittoma (Short RNA discovery, Whole transcriptome analysis,
5’SAGE gene expression analysis).
Analisi di metilazione (whole genome).
Metagenomica (creazione di profili di espressione di geni microbici per scopi di
ricerca ambientale o clinica).
Chromatin Immuno precipitation analysis.
Per informazioni: [email protected]
[email protected]