Nome e Cognome: Pasquale Saldarelli
Collaboratori: De Miccolis Angelini RM, Giampetruzzi A, Loconsole G, Chiumenti M, Sanzani S, Antelmi I, Rotolo C, Gerin D, Pollastro
S, Minafra A, Saponari M, Nigro F, Ippolito A, Faretra F, Savino V.
Affiliazione: Dipartimento di Scienze del Suolo della Pianta e degli Alimenti, Università degli Studi di Bari, Istituto di Virologia Vegetale
del CNR UOS Bari e Rete regionale di laboratori per la “Selezione, caratterizzazione e conservazione di germoplasma e per la
prevenzione della diffusione di organismi nocivi di rilevanza economica e da quarantena (SELGE)” - via Amendola 165/A, 70126, Bari
Interessi di Ricerca (keywords): trascrittoma, metagenoma, piccoli RNA, dsRNA, diagnosi
E-mail: [email protected]
Website: http://www.selge.uniba.it
Titolo e breve descrizione delle attività di ricerca personali e/o del gruppo e/o di sviluppo per le Imprese (Cosa)
La piattaforma genomica di sequenziamento massivo della rete SELGE: genomi, metagenomica ed elaborazione
bioinformatica dei dati
L’introduzione di nuovi metodi di sequenziamento ha rivoluzionato le potenzialità diagnostiche e di ricerca
in campo vegetale. Le tecnologie di sequenziamento di nuova generazione (NGS: Next generation
Sequencing), pemettono di condurre studi ed analisi, dapprima impensabili, nei campi della genomica,
trascrittomica, e genetica finalizzate alla protezione delle piante dalle malattie ed alle biotecnologie per la
valorizzazione del germoplasma e qualità e sicurezza degli alimenti. La rete SELGE (acronimo della ‘Rete
regionale di laboratori per la selezione, caratterizzazione e conservazione di germoplasma e per la
prevenzione della diffusione di organismi nocivi di rilevanza economica e da quarantena’), cofinanziato dalla
Regione Puglia – Assessorato allo Sviluppo Economico e Innovazione tecnologica con fondi Europei (FSE
e FESR), ha permesso l’acquisizione di attrezzature e servizi tecnologici innovativi al servizio di imprese ed
enti di ricerca, che vertono sulla certificazione fitosanitaria delle colture e sulla caratterizzazione genetica,
citologica e metabolica di colture mediterranee.
Breve descrizione degli scopi scientifici della/e linea/e di ricerca descritta/e sopra (Perché)
Nell'ambito della protezione delle piante dalle malattie, l’utilizzo di tecnologie NGS non necessita di alcuna
conoscenza preliminare sui patogeni, virus, batteri e funghi, presenti nei tessuti vegetali sottoposti ad analisi,
consentendo investigazioni sulla variabilità genetica delle popolazioni fungine e degli agenti di biocontrollo,
sui geni coinvolti nelle interazioni ospite-patogeno, sulla composizione e abbondanza relativa delle
componenti del microbioma nel terreno e nelle piante e sulle variazioni causate da interventi di protezione
delle colture, sui processi di differenziazione e organogenesi fungina, sulla produzione di metaboliti
secondari, incluse le micotossine, sui meccanismi d’azione di agenti di biocontrollo e fungicidi e sulla
scoperta e identificazione di nuovi virus e viroidi e lo sviluppo di nuovi e specifici metodi di diagnosi. Nel
campo della genetica e caratterizzazione varietale consentono l’analisi di nuovi genomi, il risenquenziamento di genomi noti e lo studio delle modalità di regolazione dell’espressione genica attraverso
il loro corredo di mRNA, piccoli RNA ed il sequenziamento dell’esoma.
Breve descrizione delle metodologie e approcci utilizzati (Come)
La Rete SELGE offre una gamma completa di servizi di Next Generation Sequencing su piattaforma Illumina
HiScanSQ, ottimizzando il “workflow” del servizio richiesto e la “pipeline” bioinformatica sulla base delle
specifiche esigenze del servizio di sequenziamento richiesto. La Rete si avvale di personale con competenze
bioinformatiche formatosi nell’ambito dello stesso Progetto SELGE ma anche di collaborazioni esterne con
colleghi dell’Istituto di Tecnologie Biomediche del CNR.
Indicare le possibili prospettive di collaborazione auspicate (con chi)
La rete SELGE si sviluppa intorno alle competenze di 11 laboratori di Università pugliesi ed Enti pubblici
che svolgono ricerche innovative nei campi della genomica, trascrittomica, metabolomica, genetica,
biochimica, protezione delle piante dalle malattie, biotecnologie per la valorizzazione del germoplasma e
qualità e sicurezza degli alimenti.
Opera a stretto contatto ed offre servizi con tecnologie avanzate per produttori agricoli e loro organizzazioni
consorzi di vivaisti e/o di commercializzazione di materiale vegetale, Servizi fitosanitari pubblici e laboratori
accreditati, associazioni ed altri centri di ricerca finalizzati ad esigenze specifiche nella caratterizzazione
varietale molecolare, biochimica e citologica; controllo di organismi nocivi e da quarantena su germoplasma
vegetale oggetto di scambi commerciali; miglioramento sanitario e conservazione di risorse genetiche
autoctone e di interesse; sequenziamento genomico per DNA, RNA ed analisi bioinformatica; microscopia
confocale e a scansione per analisi ultrastrutturale.
I servizi sono rivolti:
• a professionisti, che ne abbiano necessità nello svolgimento della loro professione;
• a privati che necessitino di informazioni che possano essere loro fornite da analisi complesse;
• a università, centri di ricerca, enti pubblici, ospedali, fondazioni e aziende impegnate in attività
scientifiche, a supporto del loro lavoro di ricerca
Acconsento alla pubblicazione sul sito del Congresso del contenuto della presente form (indicare la propria volontà apponendo una X di fianco
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