LanostraAzienda
Genomnia è una PMI fondata nell’ottobre del 2008 allo scopo di offrire servizi di sequenziamento massivo ed
analisi bioinformatica. Genomnia, inoltre, si propone come partner di istituzioni di ricerca pubbliche e private per
progetti di ricerca che riguardano i settori della genomica, della trascrittomica e dell’epigentetica.
Oltre all’esperienza nel settore della biologia molecolare, le competenze aziendali coprono il settore dell’analisi
bioinformatica di dati di sequenziamento massivo applicati ai progetti di biomedicina: analisi qualitativa e quantitativa
del trascrittoma, identificazione e profiling di miRNA, identificazione e annotazione di lncRNA, identificazione di
mutazioni, risequenziamento mirato ed analsi.
I nostri laboratori si sviluppano su 300mq di superficie e sono dotati di attrezzature all’avanguardia e di
personale specializzato in contatto con consulenti scientifici. Genomnia ha recentemente effettuato l’upgrade della
piattaforma di sequenziamento alla versione Applied Biosystems SOLiD™ 5500 XL-s con sistema di arricchimento
parallelo EZbead, in grado di generare 180Gb per corsa. E’ possibile sequenziare librerie di frammenti con lettura sino
a 75bp, o PE fino a 75x35 e librerie Mate Paired sino a 60x60 bp. Il sistema di codifica a due basi (Color Space) e l’
utilizzo del modulo ECC (Exact Call Chemistry) permettono di raggiungere livelli di accuratezza sino al 99.99% rendendo
il SOLiD™ particolarmente adatto allo studio delle caratteristiche del genoma e in particolare all’identificazione di
variazioni, anche presenti a bassa frequenza. L’efficiente sistema di barcoding, fino a 96 consente di completare il
sequenziamento di un numero elevato di campioni a condizioni economicamente più vantaggiose senza rischi. Infine,
l’ampio range dinamico e l’alta sensibilità rendono questa tecnologia particolarmente adatta all’analisi accurata dei
cambiamenti quantitativi a bassi livelli di espressione di RNA.
I laboratori sono specificamente organizzati in conformità alle line guida di ABI per una facility di
sequenziamento massivo con piattaforma SOLiD™ minimizzando i livelli di cross contaminazione:
Laboratorio per la preparazione di librerie
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Bioanalyzer Agilent per la valutazione dell’integrità dei campioni di acidi nucleici e la loro quantificazione su scala picomolare.
Syngene G:Box, sistema di immagine elettronica per ogni tipo di gel.
Microfuge Eppendorf.
Spettrofotometro Nanodrop™ e fluorometro Invitrogen Qubit™ per una quantificazione accurata degli acidi nucleici anche in minime
quantità.
• Apparato Hydroshear per la frammentazione di acidi nucleici ad alta precisione.
• Apparati per gel di agarosio e acrilamide, incluso il sistema Ambion FlashPage™ per la purificazione di piccoli RNA.
• Apparato per PCR ABI 9700
Laboratorio E-PCR
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Microcentrifuga Eppendorf
Centrifuga refrigerata da banco Multifuge® 3 Plus Thermo Scientific
Centrifuga refrigerata Eppendorf 5417R
Thermomixer Eppendorf
Sonicatore Covaris™
EzBead™ Enricher System
Apparato per PCR ABI 9700
Laboratorio di Deep Sequencing
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Sequenziatore ABI SOLiD™ 5500 xl-u
Apparato per PCR Real-Time ABI 7900HT Fast
Unità bioinformatica
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Workstation professionale Windows XP 64-bit con 8 cores, 32 Gb di RAM e ca. 800 Gb di disco;
Server Linux 64 bit di memoria condivisa con 16 processori (dual-Xeon quadcores), 74 Gb di Ram e circa 4 Terabytes di spazio disco
locale;
Cluster (sei nodi computazionali) Linux 64 bit con memoria distribuita; 48 processori dual-Xeon quadcores; 32 Gb Ram e 1 terabyte di
spazio disco locale per ciascun nodo; piu' di 15 Terabytes di spazio disco globale condiviso.
Cluster computazionale, con 32 cores e 14 Terabytes di spazio disco dedicato unicamente alla produzione di dati di sequenza su SOLiD.
Genomnia ha investito risorse importanti per dotarsi di un’infrastruttura interna di analisi bioinformatica, descritta
in una scheda specifica, sia in termini di hardware e software che in termini di personale senior dedicato con
esperienza specifica nell’analisi di dati di sequenziamento massivo, analisi quantitativa e di system management. Lo
scopo dell’Unità di Bioinformatica di Genomnia è, in primo luogo, quello di fornire ai nostri clienti e collaboratori
sequenze SOLiD™ di alta qualità mappate non ambiguamente sul genoma di riferimento, annotate e classificate con il
massimo grado di precisione ed informazione e contate con la massima precisone. Le abilità attuali di analisi
bioinformatica sono fortmente indirizzate all’identificazione e all’annotazione di sequenze e comprendono l’analisi del
trascrittoma sia codificante che non codificante dell’uomo e degli organismi modello; approcci basati sull’analisi del
genoma (analisi delle varianti o delle inserzioni – delezioni; predizione e riconoscimento dei promotori; correlazione
con la struttura genica; riconoscimento dei segnali nel genoma; analisi dei dati quantitativa (analisi esploratoria dei
dati; approcci univariati e multivariate; realizzazione di modelli lineari). E’ inoltre disponibile l’ analisi bioinformatica di
dati di PCR quantitative. Genomnia offre soluzioni disegnate appositamente per le tue indagini di genomica e di
trascrittomica attraverso un servizio di consulenza e sostegno per lo scìviluppo del tuo Progetto
Per una descrizione dettagliata consultare le Schede Servizio specifiche per ogni applicazione (SAGE; CHiP-Seq;
Targeted Resequencing and Mutation Detection; micro RNA profiling, annotazione e scoperta; Whole Transcriptome
Analysis).
Genomnia Rev. 1 – 11/2011