Epidemiologia clinica e valutazione critica
della letteratura scientifica in Neuropsichiatria Infantile
25 — 26 GIUGNO 2012
Strategie di ricerche
bibliografiche
Maurella Della Seta
Settore Documentazione
Istituto Superiore di Sanità
[email protected]
Istituto Superiore di Sanità - ROMA
2
Compiti dell’ISS
www.iss.it
L'
Istituto Superiore di Sanità, principale organo tecnicoscientifico del Servizio Sanitario Nazionale, è un ente
pubblico che coniuga l'
attività di ricerca a quella di
consulenza, formazione e controllo applicate alla tutela
della salute pubblica
Dipartimenti: Ambiente, Biologia Cellulare e
Neuroscienze, Ematologia e Oncologia, Farmaco,
Malattie infettive, Sanità alimentare e animale,
Tecnologie e salute
Centri: Aids, Sostanze chimiche, Epidemiologia, Malattie
rare, Sangue, Trapianti, Ricerca e valutazione prodotti
immunobiologici, ONDICO
3
Sito dell’ISS www.iss.it
4
Compiti istituzionali del
Settore Documentazione
www.iss.it/sdoc
Fornire il supporto informativo ai ricercatori dell’ISS attraverso
collegamenti online ai principali host computer che gestiscono centinaia
di archivi a carattere scientifico
Costituire il punto di riferimento nazionale per il sistema MEDLARS,
insieme di fonti d’informazione in formato elettronico, sulla biomedicina
prodotto dalla National Library of Medicine (NLM) di Bethesda (USA)
Promuovere la diffusione in Italia, del MEDLARS/PubMed tra il
personale del SSN, attraverso corsi di formazione e di aggiornamento
Recuperare, per conto dell’utenza italiana, documenti non disponibili nel
nostro Paese, posseduti dalla NLM
Produrre e gestire archivi elettronici
www.iss.it/sdoc
6
Collaborazione con il SNLG
http://www.snlg-iss.it/
7
Contenuto della lezione
Le fonti informative in medicina
Motori di ricerca e banche dati
Il sito della National Library of Medicine
La ricerca dell’informazione in PubMed
attraverso i vari punti di accesso
Il thesaurus MeSH (Medical Subject
Headings) e la sua traduzione italiana
Alcuni siti per la ricerca delle linee guida
8
Fonti informative in medicina
1) Le fonti tradizionali dell’informazione
• Il collega esperto
• L’informatore farmaceutico
• I trattati o libri di testo
• Riviste
2) Le banche dati biomediche classiche
• PubMed (Medline)
• Excerpta Medica (Embase)
3) Motori di ricerca - Internet
9
Applicazioni di Internet in medicina
Ricerca di
informazioni
Accesso a servizi
Trasmissione
di file
siti web, banche dati,
cataloghi
e-mail, liste di
discussione
testi, immagini
10
Web 2.0
Affermatosi negli ultimi anni, il concetto di
web 2.0 si riferisce a un web dinamico,
frutto della collaborazione, della
condivisione e della discussione tra più
persone
Le applicazioni del web 2.0 (podcast, wiki,
blog, RSS feed, social network) possono
essere di supporto alla didattica e
all’aggiornamento in medicina
11
NATIONAL LIBRARY of MEDICINE BETHESDA, Md, USA 12
Sito della National Library of Medicine
www.nlm.nih.gov
www.nlm.nih.gov
13
Risorse per la salute
14
Elenco completo delle risorse disponibili
15
Le banche dati
Informazione strutturata ed organizzata,
visualizzabile attraverso una maschera di ricerca
La ricerca si svolge su un insieme definito di
informazioni, predisposto dal produttore della
banca dati
I campi hanno delle etichette che ne consentono
l’identificazione
Continuità nel tempo della conservazione e
dell’aggiornamento
16
Campi considerati nelle
basi di dati bibliografici
Titolo del periodico, libro ecc. su cui è pubblicato il
lavoro
Titolo della pubblicazione
Autore/i della pubblicazione
Indirizzo, generalmente del primo autore
Riassunto effettuato dall’autore o dal produttore
della base
Tipo di pubblicazione
Termini di indicizzazione
Lingua di pubblicazione
PUBMED
BASE DI DATI BIBLIOGRAFICI CREATA DAL
NATIONAL CENTER FOR
BIOTECHNOLOGY
INFORMATION PRESSO LA NATIONAL LIBRARY OF
MEDICINE, CON LA COLLABORAZIONE DI NUMEROSI
EDITORI DI RIVISTE SCIENTIFICHE.
CONSIDERA I SEGUENTI SETTORI: MEDICINA,
INFERMIERISTICA, ODONTOIATRIA, MEDICINA
VETERINARIA, ORGANIZZAZIONE SANITARIA,
SCIENZE PRECLINICHE
COMPRENDE L’INDEX MEDICUS, L’INTERNATIONAL
NURSING INDEX E L’INDEX TO DENTAL LITERATURE
18
Dati relativi al PubMed aggiornati
al 4 giugno 2012
19
CONTIENE OLTRE 21 MILIONI DI RIFERIMENTI
BIBLIOGRAFICI PROVENIENTI DA CIRCA 5400 RIVISTE
BIOMEDICHE PUBBLICATE NEGLI STATI UNITI E IN
ALTRI 70 PAESI. ANCHE RIFERIMENTI A CAPITOLI DI
LIBRI
Copertura temporale: dal 1946 ad oggi
Medline – Indexed for Medline
Aggiornamento quotidiano
Dati controllati – Descrittori controllati
20
In process
Citazioni non ancora inserite nel Medline in quanto il
processo di indicizzazione è ancora in corso
Aggiornamento quotidiano
Dati non controllati .
le citazioni inviate al PubMed direttamente dagli editori
21
Esempio
Esempio di
di archivio
archivio bibliografico
bibliografico (MEDLINE/PubMed)
(MEDLINE/PubMed)
pubmed.gov
pubmed.gov
22
23
PubMed – Esempio di record in formato Medline
24
25
26
Il Thesaurus MeSH
L’interrogazione del Medline e di altri archivi
della NLM si effettua preferibilmente utilizzando i
descrittori che compaiono nel thesaurus MeSH
(Medical Subject Headings).
Thesaurus = vocabolario di termini controllati
utilizzati per rappresentare in forma sintetica i
soggetti dei documenti. È composto da una lista
di termini ognuno dei quali corrisponde ad un
concetto o ad una classe di concetti.
27
Il Thesaurus MeSH (2)
Il linguaggio controllato del thesaurus
rappresenta il punto di incontro tra
l’indicizzatore e l’utente che interroga la
base di dati.
Il linguaggio controllato permette di
ricercare all’interno del PubMed
utilizzando un solo termine (Neoplasms)
per tutti i sinonimi di cancro (cancer, tumor
ecc.) e per tutti i tipi di neoplasie
(esplosione del MeSH)
28
Composizione del thesaurus Mesh
Il thesaurus MeSH è composto da:
oltre ventiseimila descrittori principali (main
headings) più 177.000 sinonimi (entry
terms)
ottantatre sottodescrittori (subheading o
qualifiers )
oltre duecentomila voci supplementari
(Supplementary Concept Records),
comprendenti nomi di sostanze chimiche,
numeri di registro CAS etc.
29
Filosofia di indicizzazione
Specificità
.
Indicizzazione
multipla
Coordinazione
Il documento è indicizzato con il
descrittore MeSH più specifico
Ad ogni documento vanno
assegnati tutti i descrittori
necessari per esprimerne il
contenuto esaurientemente.
1. Descrittore precoordinato
2. Descrittore/Subheading
3. Due o più descrittori
30
Aggiornamento dei descrittori MeSH
I descrittori MeSH sono revisionati ed aggiornati
annualmente sulla base dell’evoluzione delle
scienze biomediche; specialisti di ogni area della
biomedicina effettuano il monitoraggio della
letteratura scientifica e tengono sotto
osservazione le aree emergenti della ricerca.
Traduzione italiana dei MeSH a cura dell’ISS
disponibile all’URL www.iss.it/site/mesh
31
32
Ricerca per parole libere (text word)
Le Text Word sono parole significative
presenti nel TITOLO, nell’ABSTRACT ed
in altri campi del record.
Il loro uso è indispensabile quando:
un concetto non è espresso da nessun
descrittore
quando il descrittore disponibile non è
sufficientemente specifico
per ricercare articoli in process (non
ancora indicizzati con i MeSH)
Per una ricerca più precisa inserire
il termine seguito da [tiab]. Es.: Twins [tiab]
33
Ricerca con il termine “twins”
34
PubMed Central
http://www.pubmedcentral.nih.gov/
E’ un archivio digitale di letteratura biomedica,
sviluppato con lo scopo di preservare e rendere
accessibili gratuitamente i risultati della ricerca,
già filtrati dai comitati di revisione delle riviste di
provenienza.
Gli editori trasmettono il testo completo degli
articoli già sottoposti al processo di peer review
e pubblicati su riviste qualitativamente valide.
Gli articoli di PubMed Central sono tutti collegati
al record corrispondente di PubMed.
35
Campi ed etichette in PubMed
36
Punti di accesso al documento (1)
AFFILIATION
[AD, AFFL]
ALL FIELDS
[ALL]
Nome ed indirizzo dell’Istituto o Ente cui appartiene il primo autore
Comprende tutti i campi del record
AUTHOR NAME
[AU, AUTH]
Cognome ed iniziale del nome di un autore
CORPORATE NAME
[CN]
EC/RN NUMBER
[RN, ECNO]
Ente autore di un documento
Numero assegnato dalla Enzyme Commission (E.C.) per designare un
determinato enzima o numero di registro (RN) assegnato dal Chemical
Abstracts Service ad ogni sostanza chimica.
ENTREZ DATE
[EDAT]
Data in cui il record è stato inserito nel PubMed (2011/01/30)
FULL AUTHOR NAME
[FAU]
ISSUE
[IP, ISSUE]
Cognome e nome per esteso di un autore (dal 2002 in poi)
Numero del fascicolo della rivista in cui è stato pubblicato l’articolo
37
Punti di accesso al documento (2)
JOURNAL NAME
[TA, JOUR]
Titolo del periodico in cui è pubblicato l’articolo
LANGUAGE
[LA, LANG]
Lingua di pubblicazione dell’articolo
MESH DATE
Data in cui i descrittori MeSH sono stati assegnati alla
citazione
[MHDA]
MESH MAJOR TOPIC
[MAJR]
Descrittori relativi agli argomenti principali trattati
nell’articolo
MESH TERMS
Termini utilizzati per indicizzare gli articoli presenti nel
Medline.
[MH, MESH]
PAGINATION
[PG]
Numero della prima pagina dell’articolo (ricercabile)
PLACE OF PUBLICATION
[PL]
Paese di pubblicazione di una rivista
38
Punti di accesso al documento (3)
PERSONAL NAME
AS SUBJECT [PS]
PHARMACOLOGIC
ACTION [PA]
Autore personale come argomento di un articolo
PUBLICATION DATE
Data di pubblicazione dell’articolo nel formato
Anno/Mese/Giorno
[DP, PDAT]
PUBLICATION TYPE
[PT, PTYP]
Sostanze con una determinata azione
farmacologica.
Tipo di pubblicazione del materiale indicizzato nel Medline
(Review, Controlled Clinical Trial etc.)
SECONDARY
SOURCE ID [SI]
Banca dati genetica in cui è stata depositata la struttura degli
acidi nucleici trattati nella pubblicazione.
SUBHEADINGS
[SH]
Sottodescrittori che delimitano particolari aspetti della ricerca.
39
Punti di accesso al documento (4)
SUBSET
[SB]
JOURNAL
TOPICS
SUBSTANCE NAME
[NM, SUBS]
TEXT WORDS
[TW, WORD]
Sottoinsieme di appartenenza del record
- Core clinical journals
- Dental journals
- Nursing journals
- AIDS
- Bioethics
- Cancer
- Complementary medicine
- Dietary Supplements
- History of Medicine
- Systematic Reviews
- Toxicology
- Veterinary Sciences
Nome delle sostanze chimiche presenti nel record
Termini presenti nei campi: Title - Abstract MeSH Headings - Subheadings - Medline SI - Names of
Substances - Personal Name as Subject
TITLE WORDS [TI, TITLE] Termini presenti nel titolo delle citazioni
UNIQUE IDENTIFIER
[UID][PMID]
VOLUME [VI, VOL]
Numero di identificazione del record nel PubMed
Numero del volume del periodico in cui è pubblicato
l’articolo
40
Principali punti di accesso al documento
1. RICERCA PER AUTORE
[AU, AUTH]
Cognome ed iniziale del nome di un autore
“LEDERBERG J” [AU] LEDERBERG J@
2. RICERCA TRAMITE NOME COMPLETO DI UN AUTORE
FULL AUTHOR NAME
Cognome e nome per esteso di un autore
[FAU]
JOSHUA LEDERBERG [FAU] LEDERBERG, JOSHUA
3. RICERCA PER PERIODICO
[TA, JOUR]
Titolo del periodico in cui è pubblicato l’articolo
GUT [TA]
4. RICERCA PER DESCRITTORE CONTROLLATO
[MH, MESH]
Termini utilizzati per indicizzare gli articoli presenti nel
Medline
HYPERTENSION [MH]
5. RICERCA DI ARTICOLI IN CUI SI PARLA DI UN AUTORE COME ARGOMENTO
Campo [PS]
LEVI MONTALCINI R [PS]
6. LIMITAZIONE AD UNA DATA DI PUBBLICAZIONE
Data di pubblicazione dell’articolo nel formato Anno/Mese/Giorno
[DP, PDAT]
Melanoma [MH] AND 2011 [DP]
Limitazione dal 2000 al 2011
Melanoma [MH] AND 2000:2011 [DP]
41
Operatori logici
(OR - AND - NOT)
L’operatore “OR” seleziona i record contenenti
almeno uno dei termini di ricerca
Milk(A) OR Cheese(B)
(maggior rendimento quantitativo)
L’operatore “AND” seleziona i record
contenenti entrambi i termini di ricerca
Hepatitis (A) AND Italy(B)
(minor rendimento quantitativo)
L’operatore “NOT” esclude tutti i record
contenenti il termine di ricerca preceduto da
NOT
Cough (A) NOT Child(B)
(minor rendimento quantitativo)
Milk
Hepatitis
Cough
Cheese
Italy
Child
17
Esempio di ricerca in PubMed (1)
In letteratura sono
stati pubblicati articoli
sulla prevenzione
delle infezioni
ospedaliere delle vie
urinarie? Limitare la
ricerca alle
sperimentazioni
cliniche randomizzate
e controllate (RCT)
43
Scomposizione del quesito
Infezioni ospedaliere – prevenzione
Hospital infections - Prevention
Infezioni delle vie urinarie
Urinary Tract Infections
Sperimentazioni cliniche randomizzate e
controllate
Randomized Controlled Trial
44
Schermata iniziale del PubMed
accesso al MeSH database
pubmed.gov
45
MeSH Database: uno strumento
per la ricerca dei termini controllati
Il sistema suggerisce i termini di ricerca
più appropriati
46
Visualizzazione dettagliata del MeSH
Heading con indicazione dei subheading
potenzialmente applicabili
47
Strategia di ricerca
Posso inserire il primo termine di ricerca nell’apposito
spazio.
Oppure utilizzare la strategia (MeSH e TW) suggerita dal
sistema
48
Inserimento di un altro termine di
ricerca con operatore logico AND
Ricerca di un altro termine MeSH per completare la strategia
49
Strategia di ricerca completata
I due insiemi sono stati uniti dall’operatore
logico AND
50
Visualizzazione del
risultato della ricerca
51
Dall’Opzione Article Types
seleziono
Randomized Controlled Trials
52
La ricerca è stata limitata al tipo di
articolo RCT
53
Visualizzazione di un articolo formato
“Abstract” con MeSH
54
55
Altre possibilità di limitare la ricerca
56
Opzione Choose additional filters
57
Citazione con accesso gratuito al
testo completo dell’articolo
58
Find Related Data o
Related Citations
Selezionando una citazione, e attivando
l’opzione Find Related Data, è possibile reperire,
tramite un algoritmo predefinito, articoli correlati
alla citazione di partenza. Le citazioni reperite
saranno visualizzate in ordine di pertinenza
59
Risultato della ricerca tramite
l’opzione Find Related Data
60
Opzione LinkOut - More resources
In fondo ad ogni citazione
in formato Abstract
reperita in PubMed è
presente l’opzione
LinkOut - More resources,
la quale può rinviare a:
Informazioni sulle
sostanze chimiche o
farmaci citati nell’articolo
Editori o fornitori del testo
completo del documento
Risorse presenti in
MedlinePlus
61
LinkOut al sito degli editori dove è
disponibile il testo completo dell’articolo
in formato elettronico (Full Text Sources)
62
Link ad un manuale edito dallo
IARC (Other Literature Sources)
63
Link al MedlinePlus (informazione
per il paziente) – (Medical)
64
MEDLINEplus: l’informazione a testo
completo in linguaggio accessibile a tutti
65
Possibile LinkOut a risorse
informative sull’autore di un articolo
66
Esempio di ricerca in PubMed (2)
In letteratura sono stati pubblicati articoli sulla
diagnosi e terapia farmacologica della
polimiosite e/o dermatomiosite?
Limitare la ricerca alle sperimentazioni cliniche
randomizzate controllate (RCT) e linee guida
67
Scomposizione del quesito
Dermatomiosite – Diagnosi - Terapia farmacologica
Dermatomyositis – Diagnosis, Drug therapy
Polimiosite – Diagnosi – Terapia farmacologica
Polymyositis – Diagnosis, Drug therapy
Sperimentazioni cliniche randomizzate e controllate
Randomized Controlled Trial
Linee guida
Practice guideline
68
Schermata iniziale del PubMed
accesso al MeSH database
http://www.pubmed.gov
69
MeSH Database: uno strumento
per la ricerca dei termini controllati
Il sistema suggerisce i termini di ricerca
più appropriati
70
Visualizzazione dettagliata del MeSH Heading
Dermatomyositis con indicazione dei subheading
potenzialmente applicabili (segue)
71
72
Strategia di ricerca
E’ stato selezionato il descrittore Dermatomyositis con i
subheading Diagnosis e Drug therapy
73
Visualizzazione dettagliata del MeSH Heading Polymyositis con
indicazione dei subheading potenzialmente applicabili
…………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………
74
Strategia di ricerca completata
75
Visualizzazione del risultato della ricerca
76
Dall’opzione Choose additional filters seleziono:
Randomized Controlled Trials- Practice Guideline
77
La ricerca è stata limitata al tipo di articolo RCT e Linee guida
78
Visualizzazione del record n. 1 nel formato
“Abstract” con MeSH (segue)
79
80
Visualizzazione del record n. 3 nel formato “Abstract”
con MeSH
…………………………………………………………………………………………………………
81
Link al MedlinePlus (informazione per il paziente)
…………………………………………………………………………………………………………
…………………………………………………………………………………………………………
82
Link al MedlinePlus (informazione per il paziente)
…………………………………………………………………………………………………………
83
Possibilità offerte da PubMed
PubMed: da base di dati bibliografici a sistema
integrato con accesso alla letteratura a testo
completo, a capitoli di libri e alle immagini
presenti nell’articolo
Ricerca citazionale (cited in PMC)
Servizi aggiuntivi per la memorizzazione di
proprie strategie di ricerca (My NCBI)
Link a PubChem, banca dati di sostanze
chimiche e farmaci
Accesso a risorse per il medico e per il cittadino
84
Alcuni siti internazionali specifici
per la ricerca di linee guida
85
Linee Guida
Le linee guida sono strumenti di aiuto alla pratica
clinica e possono essere definite come
“raccomandazioni di comportamento clinico,
elaborate mediante un processo di revisione
sistematica della letteratura e delle opinioni di
esperti, con lo scopo di aiutare i medici e i pazienti
a decidere le modalità assistenziali più appropriate
in specifiche situazioni cliniche”
Le linee guida sono prodotte da società scientifiche,
da varie agenzie governative e da organizzazioni
internazionali (Guidelines International Network).
86
Siti internazionali per la ricerca
di linee guida
NGC
NICE
HAS
SIGN
GIN
CTFPHC
CMA
MJA
NHLBI
NZGG
National Guideline Clearinghouse
National Institute for Clinical Excellence
Haute Autorité de Santé
Scottish Intercollegiate Guidelines Network
Guidelines International Network
Canadian Task Force on Preventive Health Care
Canadian Medical Association
Medical Australian Association
The National Heart, Lung and Blood Institute
New Zealand Guidelines Group
87
National Guideline Clearinghouse
http://www.guideline.gov
È un sito curato dall’Agency for Healthcare
Research and Quality originariamente creato in
collaborazione con l’American Medical
Association e l’American’s Health Insurance
Plans
Contiene una base dati di linee guida sviluppate
da numerose associazioni mediche
internazionali
E'possibile comparare formalmente le linee
guida con una griglia di lettura
88
National Guideline Clearinghouse
(home page)
89
NICE
National Institute of Clinical Excellence
http://www.nice.org.uk
1999
Organizzazione creata dal governo britannico
all’interno del proprio servizio sanitario nazionale
Valuta l’efficacia degli interventi medici,
rappresentati da farmaci, dispositivi medici,
procedure fisioterapiche e chirurgiche allo scopo
di orientare una corretta utilizzazione delle
risorse da parte del National Health Service
Produce linee guida cliniche e rapporti di
valutazione tecnologica
90
NICE – Home page
91
SIGN – Scottish Intercollegiate
Guidelines Network
http://www.sign.ac.uk/
Linee guida prodotte da una rete
multidisciplinare di operatori sanitari inglesi e
scozzesi
Contiene anche linee guida in campo
odontoiatrico.
92
SIGN – Home page
93
Traduzione italiana dei MeSH
La traduzione italiana dei MeSH è
disponibile sul sito dell’ISS all’indirizzo:
www.iss.it/site/mesh
L’accesso alla base dati è gratuito
Si può ricercare partendo dall’italiano o
dall’inglese
Si può esplorare la struttura ad albero
94
Schermata iniziale
dei MeSH italiani
95
Struttura ad albero dei MeSH
in italiano
96
Ricerca di un termine partendo
dalla lingua inglese
*heart*
97
Risultato della ricerca per il
termine “Chorea*”
98
Cliccando sul descrittore in italiano si
visualizza il record completo
con tutti i sinonimi
8
2008
99
Cliccando sul descrittore inglese
collegamento al MeSH Browser
2008
100
Limiti della traduzione
Non sono stati ancora tradotti tutti i
sinonimi. Al momento oltre 20.000 più tutti
i descrittori principali (oltre 46.000 termini
totali)
In caso di mancato reperimento di un
termine:
utilizzare l’operatore di troncamento “*” sia a
sinistra che a destra della stringa ricercata
pensare a possibili sinonimi del termine (ad
esempio cancro, tumore, neoplasia)
101