Evoluzione del genoma Lezione 13 By NA DUPLICAZIONI SEGMENTALI LCR Alcune regioni genomiche sono particolarmente ricche in low copy repeats: LCR/duplicazioni segmentali/dupliconi 1,4 Mb PMP22 tel Cen PMP22 tel CMT1A tel 24 Kb 98,7% di identita’ Cen PMP22 HNPP PMP22 Cen Cen All’interno della regione sono stati identificati almeno 6-7 geni: solo By NA uno e’ dosage sensitive. DUPLICAZIONI SEGMENTALI LCR distal CMT1A-REP proximal CMT1A-REP LCR17pE ~31Kb PMP22 24Kb distal SMS-REP middle SMS-REP proximal SMS-REP LCR17pG ~31Kb LCR17pF ~33Kb LCR17pA 383Kb LCR17pB 191Kb LCR17pC LCR17pD 191Kb 91Kb ~200Kb 7,4 Mb totale LCR 1,7 Mb (23%) By NA CEN DUPLICAZIONI SEGMENTALI LCR 7q11.23 Inversione benigna nel 28% dei genitori crom.7 ELN cen C A B tel C B A A C tel cen C B A B C B A cromosoma deleto cen A C cromosoma invertito C By NA B A B C A B B A C tel DUPLICAZIONI SEGMENTALI LCR F8 C tel F8A F8A CpG Cen F8A 1 F8B 22 23 26 F8A F8A tel 22 F8 C 1 F8A CpG F8B Cen F8A F8A F8A By NA 23 26 Evoluzione del genoma umano By NA By NA Evoluzione questa sconosciuta Evoluzione cosa significa? in italiano: processo graduale attraverso il quale qualcosa si trasforma in altra piu’ complessa e/o migliore . E’ spesso considerato sinonimo di sviluppo. in biologia: cambiamenti nel pool genomico di una popolazione che nel corso delle generazioni, attraverso l’azione del caso e della selezione naturale portano alla nascita di nuove specie quindi non c’e’ un tendere verso qualcosa di migliore. Questo e’ quello che ha disturbato e continua a disturbare molti. By NA Il genoma umano Quanti geni nell’uomo? Nature Genetics 7:345-346, 1994 Geni: 60.000-70.000 By NA 2001 Completamento della sequenza del genoma umano cosa ci dice? Il numero di geni stimato nel genoma umano ~30.000 intesi come sequenze codificanti per proteine SNP’s:Eterozigosi media per il DNA genomico umano: ~0,0037 (0,37%). Cio’ significa che in due alleli circa 1:250-1:1000 basi sono diverse microsatelliti: variazioni di lunghezza del DNA identificabili via PCR.... tutto finito? By NA Duplicazioni di interi genomi Nat. Genet. 31(1):100-105 (2002) Nat. Genet. 31(2):200-204 (2002) Nat. Genet. 31(2):205-209 (2002) By NA amphioxus Nature, June 19, 2008 By NA ] VERTEBRATES Evolution by gene duplication Springer-Verlag. Berlin. 1970 By NA “natural selection merely modifies, while redundancy creates” I geni Hox (chr. 2, 7, 12, 17) Gene Duplications (four clusters) Amphioxus Hypothetical Common Ancestor Drosophila lab By NA pb Dfd Scr Antp Ubx AbdA AbdB Geni per i recettori olfattivi circa 1000 By NA Destino dei geni duplicati 2 3 Duplication 1 sub functionalization 1 loss 2 neo function non functional 3 more enzyme activity (amylase) By NA Duplication 2 1 I geni delle globine By NA PNAS 105:1590-5, 2008 Evolution by gene duplication Springer-Verlag. Berlin. 1970 By NA “natural selection merely modifies, while redundancy creates” Nat Genet 39:1256-1260 (2007) By NA Consumatori di amido plasticity = variability = evolution By NA perfezione = nessuna prospettiva evolutiva ~ il 98% delle specie che sono esistite sulla terra si sono estinte By NA Science 297:1003-1007, 2002 5% del genoma:duplicazioni segmentali By NA By NA