Genetica delle malattie complesse Corso di Genetica per la Facoltà di Medicina e Chirurgia dell’Università di Torino Alberto Piazza La complessità: Eredità poligenica, eredità multifattoriale • Eredità poligenica: effetti additivi di più geni. • Eredità multifattoriale: contributo di uno o più geni e/o fattori ambientali Eredità multifattoriale • Effetto combinato di molti geni e/o fattori ambientali. • Ricorrenza in famiglie • Genetica non mendeliana Frequenza di tipi diversi di malattie genetiche Tipo di malattia Incidenza alla nascita (per 1000) 6 Prevalenza a 25 anni di età (per 1000) 1,8 Prevalenza a tutte le età (per 1000) 3,8 Mutazioni ad un singolo gene 10 3,6 20 Eredità multifattoriale 50 50 600 Mutazioni genomiche o cromosomiche Fonte: Rimoin, Connor, Pyeritz (1997) Emery and Rimoin’s Principles of Medical Genetics, 3 ed. Churchill Livingstone, Edinburgh L’eredità dei caratteri complessi Consanguineo affetto Esempio Rischio di ricorrenza Di primo grado Genitore, fratello 3,2 Di secondo grado Nipote, zio 0,5 Di terzo grado Cugino di primo grado, prozio 0,17 Rischio di ricorrenza in alcune malformazioni congenite Malformazione Incidenza nella popolazione Rischio di ricorrenza nei consanguinei di primo grado (%) Labioschisi e/o palatoschisi 1/1000 4,9 Lussazione dell’anca 1/1000 3,5 Stenosi pilorica 1/500 3,2 Piede equino 1/1000 2,8 La suscettibilità nel modello additivo a soglia La soglia non viene superata…….: assenza della malattia La soglia della suscettibilità viene superata… : presenza della malattia La soglia della suscettibilità viene superata… i fattori ambientali pesano maggiormente: presenza della malattia Eredità complessa di caratteri quantitativi: il modello additivo a soglia numero di individui soglia consanguinei degli affetti affetti Scala di suscettibilità L’ereditabilità (h2) di alcune malformazioni congenite Malformazione Concordanza in Concordanza gemelli in gemelli monozigotici (%) dizigotici (%) Labioschisi e/o palatoschisi 40 5 Lussazione dell’anca 33 4 Stenosi pilorica 22 4 Piede equino 32 3 h2 = (concordanza MZ-concordanza DZ)/(1-concordanza DZ) IL DIABETE NEL MONDO NELLE PROIEZIONI (2000-2025) 30.7 38.4 37.5 18.6 24.5 57.2 16.7 25% 102% 22.8 47% 21.8 150% 9.1 39.3 140% 18.2 0.4 0.7 64% 2000 116% 2025 * In million subjects 2000 2025 World Developed Developing 154 m 300 m 55 m 72 m 99 m 228 m King et al., Diabetes Care, 1998 IL DIABETE II:1 • INSIPIDO III:9 IV:1 III:23 III:1 • MELLITO IV:2 V:9 V:10 IV:3 V:1 VI:1 VI:2 III:24 IV:38 IV:32 IV:33 IV:35 IV:40 IV:43 V:2 V:5 V:3 VI:3 V:23 V:6 IV:25 IV:34 IV:39 IV:4 II:4 II:5 V:26 II:6 II:7 IV:26 V:25 V:20 V:21 IV:21 IV:14 V:22 V:15 I:1 III:6 IV:18 IV:15 IV:19 V:16 II:8 IV:16 V:17 V:18 IV:20 III: IV:17 IV:10 V:19 V:12 V:13 I:2 IV:1 III:1 III:25 IV:2 IV:3 V:4 V:1 IV:44 IV:45 III:7 IV:46 IV:22IV:47 II:1 III:23 IV:31 IV:30 IV:29 IV:28 IV:24 IV:27 II:10 II:2 II:3 II:4 II:5 III:21 II:6 II:7 III:18 IV:25 IV:26 IV:21 IV:14 V:22 V:15 IV:18 IV:15 IV:19 II:8 III:6 IV:16 IV:20 II:9 III:14 IV:17 IV:10 IV:13 III:8 IV:11 III:27 IV:12 IV:53 IV:48 IV:49 IV:54 IV:55 III:26 IV:50 IV:56 IV:51 IV:57 IV:52 3 V:32 V:33 V:35 V:34 3 2 VI:6 VI:7 V:36 V:40 V:41 V:43 V:44 V:42 V:37 V:38 V:39 V:7 V:8 IV: VI:5 III:9 IV:42 IV:41 V:24 VI:4 III:3 IV:36 IV:37 II:3 III:18 – tipo I (o giovanile o insulino-dipendente) – tipo 2 (o dell’adulto o non insulino dipendente) – altri tipi... V:4 II:2 III:21 IV:27 IV:44 II:10 V:9 V:10 VI:1 VI:2 V:2 V:5 VI:3 V:3 V:6 VI:4 V:29 V:30 V:31 V:28 V:27 V:23 V:24 V:26 VI:5 V:25 V:20 V:21 V:16 V:17 V:18 V:19 V:12 V:13 V:14 V:45 V:46 V:47 V:45 V:46 V:47 V:48 V:49 V:50 V:51 V:52 IV:5 Classificazione clinica del diabete mellitus POSSIBLE ETIOLOGICAL FACTORS IN TYPE 1 DIABETES Non-genetic * Genetic ° (for example, coxsackie, cytomegalovirus) Human leukocyte antigen (HLA) associated Early infant diet Non-HLA associated Viral infections (early cessation of breast feeding/early introduction of cow’s milk) Perinatal infections Toxins (for example, dietary nitrosamines, bafilomycin, concanamycin A) Vaccine administration * No clear evidence for the role of any of these agents has been established °Consistent evidence for both HLA-and non-HLA associated genes has been established Zimmel et al., Nature, 2001 MORE THAN 15,000 PANCREAS TRANSPLANTS HAVE BEEN REPORTED WORLDWIDE (1987-2000) 3,234 11,495 114 2 39 182 International Pancreas Transplant Registry, 2000 rischi empirici di IDDM per consanguinei di malati familiari malati età di insorgenza della malattia madre padre padre e madre 1 fratello 1 fratello e 1 genitore 1 fratello 1 fratello e 1 genitore 2 fratelli 1 figlio 2 figli <10 anni <10 anni >10 anni >10 anni rischio (%) di ammalarsi 1.3% 6.1% 39% 8.5% 12.5% 4.6% 5.2% 15.3% 4.5% 9.5% 1 individuo ogni 2000 circa si ammala di IDDM 1 fratello di diabetico giovanile ogni 20 si ammala anche lui della stessa malattia A) MONOZIGOTICI DIZIGOTICI B) MONOZIGOTICI DIZIGOTICI C) Nessuna differenza nessuna ereditabilità Poca differenza poca ereditabilità MONOZIGOTICI DIZIGOTICI maggiore differenza maggiore ereditabilità Concordance rates for diabetes among pairs of monozygous twins concordant discordant Type 2 DM 47 (89%) 6 Type 1 DM 73 (55%) 59 Pyke et al., 1979 Ereditabilità h2 = (0,54-0,14)/(1-0,14) = 46% Eredità complessa di caratteri qualitativi Analisi di linkage “model free” (senza ipotesi di dominanza, recessività, ecc.) Coppie di fratelli affetti (SPA) • Concordanti/discordanti Trii genitori-figlio affetto • transmission disequilibrium test (TDT) Studi di associazione • presenza o assenza di malattia associata o non associata con gli alleli di Single Nucleotide Polymorphisms (SNP) Identità per stato e identità per discendenza Nei due fratelli A1è identico per stato Nei due fratelli A1 è identico per discendenza La differenza tra le due identità si può desumere solo se si conoscono i genotipi dei genitori Analisi delle coppie di fratelli affetti (Affected Sib Pair analysis) 2 IBD ( ¼ ) 1 IBD ( ¼ ) 1 IBD ( ¼ ) 0 IBD ( ¼ ) (A) Se la segregazione è casuale la coppia di fratelli ha in comune 0,1 o 2 aplotipi dei genitori, rispettivamente ¼, ½, ¼ delle volte. (B) Coppie di fratelli entrambi affetti da una malattia DOMINANTE, condividono 1 o 2 aplotipi dei genitori che contengono il segmento cromosomico interessato. (C) Coppie di fratelli entrambi affetti da una malattia RECESSIVA, condividono entrambi gli aplotipi dei genitori che contengono il segmento cromosomico interessato Il “transmission disequilibrium test” (TDT) Si selezionano i trii genitori-figlio in cui il figlio sia affetto ed i genitori siano eterozigoti per un gene marcatore biallelico con due alleli A e a (es. SNP). Si contano: il numero di volte m che un genitore eterozigote trasmette l’allele a (o A) al figlio affetto e il numero di volte n che trasmette l’altro allele A (o a). Si misura la quantità TDT=(m-n)2/(m+n) che indica quanto l’associazione tra il gene marcatore e la malattia sia stretta e statisticamente significativa. Per i due trii genitori-figlio m=3, n=1, TDT=1 (non significativo se < 3.84). ASP e TDT analisi nel Diabete Mellito Insulino Dipendente di tipo 1 (IDDM1)