CURRICULUM SCIENTIFICO E DIDATTICO DI
ALFREDO PULVIRENTI
DATI PERSONALI
Nato a Catania il 16 novembre 1974.
Codice Fiscale: PLVLRD74S16C351F.
Residenza: Corso Sicilia, 52. Acireale-95024, CT.
Coniugato e due figlie: Viola (nata il 12 gennaio 2011), Emma (nata l’11 gennaio
2013).
AFFERENZA
Dipartimento di Medicina Clinica e Sperimentale
Università di Catania
c/o Dipartimento di Matematica e Informatica
Stanza 35 Terzo Blocco DMI
Viale Andrea Doria, 6
Catania-95125
Tel. 095-7383087 Fax 095-330094
e-mail: [email protected]
home-page: http://www.dmi.unict.it/˜apulvirenti/
POSIZIONI ACCADEMICHE
• Dicembre 2014: Professore associato in Informatica settore scientifico-disciplinare INF/01,
Università degli Studi di Catania.
• Marzo 2005-2014: Ricercatore confermato nel settore scientifico-disciplinare INF/01, Università degli Studi di Catania.
• Gennaio 2003 - Febbraio 2005: Assegnista di Ricerca in Informatica presso il dipartimento
di Matematica e Informatica, Università degli Studi di Catania. Programma di ricerca:
”Algoritmi efficienti di clustering e calcolo dei relativi centroidi su spazi metrici. Applicazioni alle range-search queries e alle reti fisse e mobili”.
1
PUBBLICAZIONI E BREVETTI
Articoli su rivista
2015
[1] G. Nigita, S. Alaimo, A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Knowledge in the investigation of a-to-i rna editing signals. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 3(18),
2015
[2] A. Pulvirenti, R. Giugno, R. Distefano, G. Pigola, M. Mongiovı̀, G. Giudice, V. Vendramin, A. Lombardo, F. Cattonaro, and A. Ferro. A knowledge-base for the vitis-vinifera
functional analysis. BMC Systems Biology, (to appear), 2015
[3] S. Alaimo, V. Bonnici, D. Cancemi, A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. DT-Web: a
web-based application for drug-target interaction and drug combination prediction through
domain-tuned network-based inference. BMC Systems Biology, (to appear), 2015
2014
[1] E. Lionetti, S. Castellaneta, R. Francavilla, A. Pulvirenti, E. Tonutti, S. Amarri, M. Barbato, C. Barbera, G. Barera, A. Bellantoni, et al. Introduction of gluten, hla status, and
the risk of celiac disease in children. New England Journal of Medicine, 371(14):1295–1303,
2014 – Journal Impact Factor 51, 658
[2] S. Alaimo, R. Giugno, and A. Pulvirenti. ncrna-disease association prediction through
tripartite network based inference. Frontiers in Bioengineering and Biotechnology, 2(71),
2014
[3] V. Bonnici, F. Russo, N. Bombieri, A. Pulvirenti, and R. Giugno. Comprehensive reconstruction and visualization of non-coding regulatory networks in human. Frontiers in
Bioengineering and Biotechnology, 2(69), 2014
[4] G. Micale, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. Proteins comparison through probabilistic optimal structure local alignment. Frontiers in Genetics, section Bioinformatics
and Computational Biology, 5(302), 2014
[5] G. Micale, A. Continella, A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. GASOLINE: a Cytoscape
app for multiple local alignment of PPI networks. F1000Research, 3(140), 2014
[6] M. Filippelli, E. Lionetti, A. Pulvirenti, A. Gennaro, A. Lanzafame, G. L Marseglia,
C. Salpietro, M.L. Rosa, and S. Leonardi. New approaches in hepatitis b vaccination
for celiac disease. Immunotherapy, 6(8):945–952, 2014
[7] F. Russo, S. Di Bella, V. Bonnici, A. Laganà, G. Rainaldi, M. Pellegrini, A. Pulvirenti,
R. Giugno, and A. Ferro. A knowledge base for the discovery of function, diagnostic
potential and drug effects on cellular and extracellular miRNAs. BMC Genomics, 05/2014;
15(Suppl 3):S4., 2014 – Journal Impact Factor 4, 4
2
[8] A. Laganà, M. Acunzo, G. Romano, A. Pulvirenti, D. Veneziano, L. Cascione, R. Giugno,
P. Gasparini, D. Shasha, A. Ferro, and C.M. Croce. miR-Synth: a computational resource
for the design of multi-site multi-target synthetic mirnas. Nucleic Acids Research, 2014 –
Journal Impact Factor 8, 287
[9] G. Micale, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. GASOLINE: a greedy and stochastic
algorithm for optimal local multiple alignment of interaction networks. PLOS ONE, 9(6):
e98750, 2014 – Journal Impact Factor 3, 73
2013
[10] R. Giugno, V. Bonnici, N. Bombieri, A. Pulvirenti, A. Ferro, and D. Shasha. GRAPES:
a software for parallel searching on biological graphs targeting multi-core architectures.
PLOS ONE, 8(10): e76911, 2013 – Journal Impact Factor 3, 73
[11] R. Giugno, A. Pulvirenti, L. Cascione, G. Pigola, and A. Ferro. Microarray data classification by association rules and gene expression intervals. PLOS ONE, 8(8): e69873, 2013
– Journal Impact Factor 3, 73
[12] A. Laganà, F. Russo, D. Veneziano, S. Di Bella, R. Giugno, A. Pulvirenti, C.M. Croce, and
A. Ferro. Extracellular circulating viral micrornas: current knowledge and perspectives.
Frontiers in Genetics, 4(120), 2013
[13] S. Alaimo, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. Drug-target interaction prediction
through domain-tuned network based inference. Bioinformatics, 29(16):2004–2008, 2013
– Journal Impact Factor 5, 323
[14] R. Distefano, G. Nigita, V. Macca, A. Laganà, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro.
VIRGO: Visualization of A-to-I RNA editing sites in genomic sequences. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 7):S5, 2013 – Journal Impact Factor 3, 02
[15] V. Bonnici, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. A subgraph isomorphism
algorithm and its application to biochemical data. BMC Bioinformatics, 14(Suppl 7): S13,
2013 – Journal Impact Factor 3, 02
[16] L. Cascione, P. Gasparini, F. Lovat, S. Carasi, A. Pulvirenti, A. Ferro, H. Alder, G. He,
A. Vecchione, C.M. Croce, C.L. Shapiro, and K. Huebner. Integrated microRNA and
mRNA signatures associated with survival in triple negative breast cancer. PLOS ONE,
8(2): e55910, 2013 – Journal Impact Factor 3, 73
[17] M. Reibaldi, A. Longo, A. Reibaldi, T. Avitabile, A. Pulvirenti, G. Lippolis, F. Mininni,
M.G. La Tegola, L. Sborgia, N. Recchimurzo, et al. Diathermy of leaking sclerotomies after
23-gauge transconjunctival pars plana vitrectomy: a prospective study. Retina, 33(5):939–
945, 2013 – Journal Impact Factor 2, 825
2012
3
[18] C. Cassisi, M. Aliotta, A. Cannata, P. Montalto, D. Patanè, A. Pulvirenti, and L. Spampinato. Motif discovery on seismic amplitude time series: The case study of Mt Etna 2011
eruptive activity. Pure and Applied Geophysics, 170(4):529–545, 2012 – Journal Impact
Factor 1, 617
[19] A. Laganà, A. Paone, D. Veneziano, L. Cascione, P. Gasparini, S. Carasi, F. Russo,
G. Nigita, V. Macca, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, A. Ferro, and C.M. Croce.
miR-EdiTar: A database of predicted A-to-I edited mirna target sites. Bioinformatics,
28(23):3166–3168, 2012 – Journal Impact Factor 5, 323
[20] F. Russo, S. Di Bella, G. Nigita, V. Macca, A. Laganà, R. Giugno, A. Pulvirenti, and
A. Ferro. miRandola: Extracellular circulating micrornas database. PLOS ONE, 7(10):
e47786, 2012 – Journal Impact Factor 3, 73
[21] C. Cassisi, A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Enhancing density-based
clustering: Parameter reduction and outlier detection. Information Systems, 38(3):317 –
330, 2013 – Journal Impact Factor 1, 768
[22] E. Lionetti, S. Castellaneta, A. Pulvirenti, E. Tonutti, R. Francavilla, A. Fasano, C. Catassi,
Italian Working Group of Weaning, and Celiac Disease Risk. Prevalence and natural history of potential Celiac disease in at-family-risk infants prospectively investigated from
birth. Journal of Pediatrics, 161(5):908–14, 2012 – Journal Impact Factor 4, 035
2011
[23] S. Cristaldi, A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Obstacles constrained
group mobility models in event-driven wireless networks with movable base stations. Adhoc Networks, 9(3):400–417, 2011 – Journal Impact Factor 1, 957
[24] P. Romano, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Tools and collaborative environments for bioinformatics research. Briefings in Bioinformatics, 12(6):549–561, 2011 – Journal Impact
Factor 5, 298
[25] A. Cannata, P. Montalto, M. Aliotta, C. Cassisi, A. Pulvirenti, E. Privitera, and D. Patanè.
Clustering and classification of infrasonic events at mount Etna using pattern recognition
techniques. Geophysical Journal International, 185:253–264, 2011 – Journal Impact Factor
2, 42
2010
[26] E. Lionetti, R. Francavilla, P. Pavone, L. Pavone, T. Francavilla, A. Pulvirenti, R. Giugno,
and M. Ruggieri. The neurology of celiac disease in childhood: what is the evidence? systematic review and meta-analysis. Developmental Medicine and Child Neurology, 52:700–
707, 2010 – Journal Impact Factor 2, 776
[27] R. Di Natale, A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı̀, A. Pulvirenti, and D. Shasha. Sing:
Subgraph search in non-homogeneous graphs. BMC Bioinformatics, 11:96, 2010 – Journal
Impact Factor 3, 02
4
[28] M Mongiovı̀, R. Di Natale, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, and R. Sharan. Sigma: A
set-cover-based inexact graph matching algorithm. Journal of Bioinformatics and Computational Biology, 8:199–218, 2010. Conference version of such a paper obtained the best
paper award at CSB 2009 Stanford, USA
[29] P. Pavone, M. Pettoello-Mantovano, A. Le Pira, I. Giardino, A. Pulvirenti, R. Giugno,
E. Parano, A. Ferro, L. Pavone, and M. Ruggieri. Acute disseminated encephalomyelitis:
a long-term prospective study and meta-analysis. Neuropediatrics, 41:246–255, 2010 –
Journal Impact Factor 1, 192
[30] A. Laganà, F. Russo, C. Sismeiro, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. Variability in
the incidence of mirnas and genes in fragile sites and the role of repeats and cpg islands
in the distribution of genetic material. PLOS ONE, 5(6): e11166, 2010 – Journal Impact
Factor 3, 73
[31] A. Laganà, S. Forte, F. Russo, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. Prediction of
human targets for viral-encoded micrornas by thermodynamics and empirical constraints.
Journal of RNAI and Gene Silencing, 6:379–385, 2010
[32] E. Lionetti, R. Francavilla, M. Ruggieri, I. Lombardo, D. De Robertis, A. Pulvirenti,
and C. Catassi. Meta-analysis reviews. le complicanze neurologiche della celiachia in età
pediatrica: quale evidenza? SIGENP NEWS, II:–, 2010
2009
[33] A. Laganà, S. Forte, A. Giudice, M.R. Arena, P.L. Puglisi, R. Giugno, A. Pulvirenti,
D. Shasha, and A. Ferro. miRò: a mirna knowledge base. Database Journal, bap008, 2009
– Journal Impact Factor 4, 2
2008
[34] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı̀, A. Pulvirenti, D. Skripin, and D. Shasha. Graphfind:
enhancing graph searching by low support data mining techniques. BMC Bioinformatics,
9(Suppl 4):S10, 2008 – Journal Impact Factor 3, 02
[35] C. Di Pietro, M. Ragusa, D. Barbagallo, L.R. Duro, M.R. Guglielmino, A. Majorana,
V. Giunta, A. Rapisarda, E. Tricarichi, M. Miceli, R. Angelica, A. Grillo, B. Banelli, I. Defferari, S. Forte, A. Laganà, C. Bosco, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, K.H. Grzeschik
andA. Di Cataldo, G.P. Tonini, M. Romani, and M. Purrello. Involvement of gta protein
nc2β in neuroblastoma pathogenesis suggests that it physiologically participates in the
regulation of cell proliferation. Molecular Cancer, 7, 2008 – Journal Impact Factor 5, 13
2007
[36] A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, C. Di Pietro, M. Purrello, and M. Ragusa.
Sequence similarity is more relevant than species specificity in probabilistic backtranslation. BMC Bioinformatics, 8, 2007 – Journal Impact Factor 3, 02
5
[37] A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, D. Skripin, G. Bader, and D. Shasha.
Netmatch: a cytoscape plugin for searching biological networks. Bioinformatics, 23:910–
912, 2007 – Journal Impact Factor 5, 323
[38] C. Di Pietro, M. Ragusa, L. Duro, M.R. Guglielmino, D. Barbagallo, A, Carnemolla, A. Laganà, P. Buffa, R. Angelica, A. Rinaldi, M. S. Calafato, I. Milicia, C. Caserta, R. Giugno,
A. Pulvirenti, V. Giunta, A. Rapisarda, V, Di Pietro, A. Grillo, A. Messina, A. Ferro, K.H.
Grzeschik, and M. Purrello. Genomics, evolution, and expression of tbpl2, a member of
the tbp family. DNA and Cell Biology, 26:369–385, 2007 – Journal Impact Factor 1, 998
2006
[39] C. Di Pietro, S. Piro, G. Tabbi, M. Ragusa, V. Di Pietro, V. Zimmitti, M. Anello, U. Consoli, E. T.Salinaro, M. Caruso, C. Vancheri, N. Crimi, M. G. Sabini, G. A. P. Cirrone,
L. Raffaele, G. Privitera, A. Pulvirenti, R. Giugno, Ferro A, G. Cuttone, S. Lo Nigro,
R. Purrello, F. Purrello, and M. Purrello. Cellular and molecular effects of protons: Apoptosis induction and potential implications for cancer therapy. Apoptosis, 11:57–66, 2006 –
Journal Impact Factor 3, 971
2005
[40] D. Cantone, G. Cincotti, A. Ferro, and A. Pulvirenti. An efficient approximate algorithm
for the 1-median problem in metric spaces. SIAM Journal on Optimization, 16:434–451,
2005 – Journal Impact Factor 2, 086
[41] D. Cantone, A. Ferro, A. Pulvirenti, D. Reforgiato Recupero, and D. Shasha. Antipole tree
indexing to support range search and k-nearest neighbor search in metric spaces. IEEE
Transactions on Knowledge and Data Engineering, 17:535–550, 2005 – Journal Impact
Factor 1, 892
[42] M. Purrello, C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Pulvirenti, R. Giugno, V. Di Pietro, G. Emmanuele, S. Travali, M. Scalia, D. Shasha, and A. Ferro. In vitro and in silico cloning of
xenopus laevis sod2 cdna and its phylogenetic analysis. DNA and Cell Biology, 24:111–116,
2005 – Journal Impact Factor 1, 998
2003
[43] A. Ferro, G. Pigola, A. Pulvirenti, and D. Shasha. Fast clustering and minimum weight
matching algorithms for mobile backbone wireless networks. International Journal of
Foundation of Computer Science, 14(2):223–236, 2003 – Journal Impact Factor 0, 459
2001
[44] A. Ferro, G. Gallo, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Best-match retrieval for structured
images. IEEE Transcations on Pattern Analysis and Machine Intelligence, 23(7):707–718,
2001 – Journal Impact Factor 4, 795
6
Brevetti
2014
[45] A. Laganà, M. Acunzo, G. Romano, A. Pulvirenti, D. Veneziano, L. Cascione, R. Giugno,
P. Gasparini, D. Shasha, A. Ferro, and C.M. Croce. miR-Synth: a computational resource
for the design of multi-site multi-target synthetic mirnas, sdf313081, pending
Capitoli di Libro
2014
[46] A. Lagana, D. Veneziano, F. Russo, A. Pulvirenti, R. Giugno, C.M. Croce, and A. Ferro.
Methods in Molecular Biology, chapter Computational Design of Artificial RNA Molecules
For Gene Regulation. Springer-Verlag, In press
2013
[47] L. Cascione, A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Biological Knowledge Discovery Handbook, chapter Microarray Data Analysis: From Preparation to Classification,
pages 657–674. John Wiley & Sons, Inc., GBR, 2013
[48] L. Cascione, A. Ferro, R. Giugno, A. Laganà, G. Pigola, A. Pulvirenti, and D. Veneziano.
MicroRNA Cancer Regulation: Advanced Concepts, Bioinformatics and Systems Biology
Tools, volume 774, chapter Elucidating the Role of microRNAs in Cancer Through Data
Mining Techniques. Springer-Verlag, 2013
[49] A. Laganà, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. From Linear Operators to Computational Biology, chapter Computational Approaches to RNAi and Gene Silencing, pages
169–194. Springer London, 2013
2012
[50] C. Cassisi, P. Montalto, M. Aliotta, A. Cannata, and A. Pulvirenti. Advances in Data
Mining Knowledge Discovery and Applications, chapter Similarity Measures and Dimensionality Reduction Techniques for Time Series Data Mining. InTech, 2012
2011
[51] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, and D. Shasha. Graph Data Management: Techniques
and Applications, chapter Efficient Techniques for Graph Searching and Biological Network
Mining, pages 89–111. IGI-GLOBAL, Hershey, Pennsylvania – USA, 2011
2005
[52] Di Pietro, A. Ferro, G. Pigola, A. Pulvirenti, M. Purrello, M. Ragusa, and D. Shasha. Data
Mining in Bioinformatics, chapter AntiClustAl: Multiple Sequence Alignment by Antipole
Clustering, pages 43–57. Springer-Verlag, LONDON – GBR, 2005. Chapter 3
7
Editoriali su Riviste
2013
[53] C. Gissi, P. Romano, A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Facchiano, and M. HelmerCitterich. Bioinformatics in Italy: BITS 2012, the ninth annual meeting of the Italian
Society of Bioinformatics. BMC bioinformatics, 14(Suppl 7):S1, 2013 – Journal Impact
Factor 3, 02
[54] A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Editorial, Special Issue SISAP 2011. Information
Systems, 38:998, 2013 – Journal Impact Factor 1, 768
2012
[55] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. D’Elia, M. Helmer-Citterich, and P. Romano. Preface - bits 2012: Ninth annual meeting of the bioinformatics italian society. EMBNET
NEWS, 18, 2012
2011
[56] P. Romano, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Editorial, Special Issue NETTAB 2009. Briefings
in Bioinformatics, 12(6):547–548, 2011 – Journal Impact Factor 5, 298
Abstract su Riviste
2012
[57] R. Giugno, F. Abate, N. Bombieri, M. Delledonne, A. Ferrarini, E. Ficarra, A. Pulvirenti,
and A. Acquaviva. Integrated cloud environment for characterization of genotype specific
transcriptome from next generation sequencing data. EMBNET NEWS, 18, 2012
[58] G. Micale, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. A greedy and stochastic algorithm for
multiple local alignment of interaction networks. EMBNET NEWS, 18, 2012
[59] A.M. Pappalardo, F. Guarino, A. Messina, A. Pulvirenti, R. Giugno, A. Ferro, and V. De
Pinto. A knowledge base for fish and fishery products. EMBNET NEWS, 18, 2012
[60] V. Bonnici, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. Core algorithms to search
in biological structured data. EMBNET NEWS, 2012
[61] A. Pulvirenti, R. Giugno, S. Di Bella, G. Nigita, V. Macca, A. Giummarra, D. Garofalo,
G. Caruso, V. Bonnici, and A. Ferro. An integrated system for mining relations among
micrornas, drugs and phenotypes. EMBNET NEWS, 18, 2012
[62] R. Distefano, G. Nigita, V. Macca, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. VIRES:
visualization and identification of a-to-i rna editing sites in genomic sequences. EMBNET
NEWS, 18, 2012
8
[63] F. Russo, S. Di Bella, G. Nigita, V. Macca, A. Laganà, R. Giugno, A. Pulvirenti, and
A. Ferro. miRandola: extracellular circulating micrornas database. EMBNET NEWS, 18,
2012
[64] C.L. Shapiro, L. Cascione, P. Gasparini, F. Lovat, S. Carasi, A. Pulvirenti, A. Ferro, and
K. Huebner. Use of microrna (miR) expression profiling to identify distinct subclasses of
triple-negative breast cancers (TNBC). Journal of Clinical Oncology, 30, 2012
Atti di Conferenze
2011
[65] M. Aliotta, A. Cannata, C. Cassisi, R. Giugno, P. Montalto, and A. Pulvirenti. Dbstrata:
a system for density-based clustering and outlier detection based on stratification. In
SISAP ’11 Proceedings of the Fourth International Conference on SImilarity Search and
APplications, pages 107–108. Association for Computing Machinery, Inc. (ACM), June 30
- July 1, 2011
2010
[66] V. Bonnici, A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, and D. Shasha. Enhancing graph database
indexing by suffix tree structure. In Pattern Recognition in Bioinformatics - 5th IAPR International Conference, PRIB 2010, volume 6282, pages 195–203. Springer, 22-24 September, 2010
[67] A. Ferro, R. Giugno, P.L. Puglisi, and A. Pulvirenti. Mysql data mining: Extending mysql
to support data mining primitives (demo). In Knowledge-Based and Intelligent Information
and Engineering Systems - 14th International Conference, KES 2010, Proceedings, Part
III, volume 6278, pages 438–444. Springer, 2010
[68] A. Ferro, R. Giugno, P.L. Puglisi, and A. Pulvirenti. An efficient duplicate record detection
using q-grams array inverted index. In Proceedings of DaWak 2010. Data Warehousing
and Knowledge Discovery, volume 6263, pages 309–323. Springer, August 30 - September
2, 2010
2009
[69] M. Mongiovı̀, R. Di Natale, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro, and R. Sharan. A set-coverbased approach for inexact graph matching. In CSB2009, Proceedings of the 8th Annual
International Conference on Computational Systems Bioinformatics, August 10-12, 2009.
Recipient of the Best Paper Award at CSB’09. http://www.csb2009.org/awards.html
[70] A. Ferro, R. Giugno, P.L. Puglisi, and A. Pulvirenti. Bitcube: A bottom-up cubing engineering. In Lecture Notes In Computer Science. Proceedings of the 11th International
Conference on Data Warehousing and Knowledge Discovery, DaWak 2009, volume 5691,
pages 189–203. Springer, August 31-September 2, 2009
9
[71] A. Ferro, R. Giugno, A. Laganà, M. Mongiovı̀, G. Pigola, A. Pulvirenti, G. Bader, and
D. Shasha. mirscape: A cytoscape plugin to annotate biological networks with micrornas.
In Network Tools and Applications in Biology (Nettab), Focused on Technologies, Tools
and Applications for Collaborative and Social Bioinformatics Research and Development.
Liberodiscrivere Editore, June 10-13, 2009
[72] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı̀, and A. Pulvirenti. Distributed randomized algorithms
for low-support data mining. In Proceedings of the 23rd IEEE International Symposium
on Parallel and Distributed, IPDPS 2009. 10th Workshop on Parallel and Distributed
Scientific and Engineering Computing, pages 1–7, May 23-29, 2009
2007
[73] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı̀, A. Pulvirenti, D. Skripin, and D. Shasha. Graphblast:
multi-feature graphs database searching. In A Semantic Web for Bioinformatics: Goals,
Tools, Systems, Applications. Nettab 2007. Liberodiscrivere Editore, 2007
2006
[74] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı̀, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Distributed clustering
and closest-match motion planning algorithms for wireless ad-hoc networks with movable
base stations. In Med-Hoc-Net 2006, pages 53–59, 2006
[75] A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı̀, G. Pigola, and A. Pulvirenti. Distributed antipole
clustering for efficient data search and management in euclidean and metric spaces. In 20th
IEEE Parallel and Distributed Processing Symposium, 2006. IPDPS 2006, 25-29 April,
2006
[76] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, R. Gueli, M. Mongiovı̀, and G. Marati. Time series
data mining: techniques for anomalies detection in water supply network analysis. In 7th
International Conference on Hydroinformatics, Nice, France, September, 2006
2005
[77] D. Cantone, A. Ferro, R. Giugno, G. Lo Presti, and A. Pulvirenti. Multiple-winners randomized tournaments with consensus for optimization problems in generic metric spaces.
In Proceedings of 4th International Workshop on Experimental and Efficient Algorithms,
volume 3503, pages 265–276, 2005
[78] R. Giugno, A. Pulvirenti, and D. Reforgiato Recupero. Clustered trie structures for approximate search in hierarchical objects collections. In Pattern Recognition and Data Mining,
Third International Conference on Advances in Pattern Recognition, ICAPR 2005, volume
3686, pages 63–70, 22-25 August, 2005. ICAPR
2004
[79] R. Giugno, A. Pulvirenti, M. Ragusa, L. Facciolà, L. Patelmo, V. Di Pietro, C. Di Pietro,
M. Purrello, and A. Ferro. Locally sensitive backtranslation based on multiple sequence
alignment. In CIBCB ’04. Proceedings of the 2004 IEEE Symposium on Computational
Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology, pages 231–237. IEEE Computer
Society, 2004
10
[80] A. Ferro, R. Giugno, A. Pulvirenti, R. Gueli, M. Mongiovı̀, A. Elia, and D. Pamparone.
Probabilistic apriori and episode mining techniques for intelligent management of water
supply networks. In Proceedings of International Conference on Hydroinformatics, pages
1727–1734. World Scientific Publishing Co., 2004. International Conference on Hydroinformatics. Liong, Phoon, Babovic (eds.)
2003
[81] C. Di Pietro, V. Di Pietro, G. Emmanuele, A. Ferro, T. Maugeri, E. Modica, G. Pigola,
A. Pulvirenti, M. Purrello, M. Ragusa, M. Scalia, and D. Shasha. Anticlustal multiple
sequence alignment by antipole clustering and linear approximate-median computation.
In CSB 2003, pages 326–336, 2003. IEEE Computer Society Computational Systems
Bioinformatics (CSB 03). Augus 11-14, Stanford, CA, USA
[82] A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. Efficient boundary values generation in general
metric spaces for software component testing. In Verification: Theory and Practice 2003,
volume 2772, pages 318–331. Ed. Springer-Verlag Berlin., 2003
[83] S. Battiato, A. Pulvirenti, and D. Reforgiato Recupero. Antipole clustering for fast texture
synthesis. In WSCG: Winter School of Computer Graphics, February 3-7, 2003
2001
[84] G. Gallo, G. Grasso, S. Nicotra, and A. Pulvirenti. Remote sensed images segmentation
through shape refinement. In Proceedings of ICIAP 2001, pages 137–144, USA, 26-28
September, 2001. IEEE Computer Society
Abstract in Atti di Conferenze
2014
[85] S. Di Bella, F. Russo, G. Nigita, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. miMETA: an
online meta-analysis tool for the mirandola database. In Bioinformatics Italian Society
(BITS) Annual Meeting, Rome, 2014
[86] A. Privitera, F. Russo, A. Ferro, A. Pulvirenti, and R. Giugno. OCDB: the first overall
database collecting genes, mirna and drugs for obsessive-compulsive disorder. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Rome, 2014
[87] S .Alaimo, V. Bonnici, D. Cancemi, A. Ferro, R. Giugno, and A. Pulvirenti. DT-Hybrid
web: a web-based application for drug-target interaction prediction through domain-tuned
network-based inference. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Rome,
2014
[88] S. Alaimo, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. TuNDRA: a tripartite network based
drug repositioning algorithm. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting,
Rome, 2014
11
[89] A. Pulvirenti, R. Giugno, R. Distefano, G. Pigola, M. Mongiovı̀, G. Giudice, V. Vendramin, A. Lombardo, F. Cattonaro, and A. Ferro. A knowledge-base for the vitis-vinifera
functional analysis. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Rome, 2014
2013
[90] S. Alaimo, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. MITHrIL: Mirna enriched pathway
impact analysis. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Rome, 2013
[91] F. Russo, S. Di Bella, V. Bonnici, A. Laganà, R. D’Aurizio, M. Pellegrini, A. Pulvirenti,
R. Giugno, and A. Ferro. Biological network annotation tool with cellular and extracellular
mirna data. In 10th Annual Network Biology Symposium & Cytoscape Workshop, Institut
Pasteur, Paris, 2013
[92] G. Nigita, V. Macca, R. Distefano, F. Russo, A. Paone, A. Laganà, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. A method for finding sequence signals characterizing a-to-i rna
editing. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Udine, 2013
[93] S. Di Bella, F. Russo, V. Bonnici, A. Pulvirenti, R. Giugno, and A. Ferro. Cellular and
extracellular micrornas: a systematic comparison of expression profiles and the role of drugs
in circulating mirna levels. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting,
Udine, 2013
[94] F. Russo, S. Di Bella, G. Nigita, V. Macca, A. Laganà, R. Giugno, A. Pulvirenti, and
A. Ferro. The miRandola Database: Function and diagnostic potential of extracellular
micrornas. In The 6th International Biocuration Conference, Churchill College, Cambridge,
UK, 2013
2010
[95] A. Laganà, A. Giudice, S. Forte, D. Veneziano, F. Russo, V. Catania, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. The miRò project: towards a unified resource for mirna
research. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Bari, 2010
[96] A. Laganà, F. Russo, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. Transposable elements as
potential mirna targets. In RNAi2010: Gene Regulation by Small RNAs. J RNAi Gene
Silencing, 2010
2009
[97] A. Laganà, S. Forte, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. Prediction of
human targets for viral encoded micrornas by thermodynamics and empirical constraints.
In RNAI 2009 - ncRNAs: Bridging Biology and Therapy, March 18-19, 2009
[98] A. Laganà, S. Forte, A. Papa, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. Design of
highly specific synthetic mirnas. In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting,
Genova, March 18-20, 2009
2007
12
[99] A. Laganà, S. Forte, A. Papa, R. Giugno, A. Pulvirenti, D. Shasha, and A. Ferro. miRSynth: a tool for designing highly specific synthetic mirnas. In European Conference on
Synthetic Biology (ECSB 2007), November 24-29, 2007
[100] A. Ferro, R. Giugno, G. Pigola, A. Pulvirenti, C. Di Pietro, M. Purrello, and M. Ragusa.
Sequence similarity is more relevant than species specificity in probabilistic backtranslation. In Italian Proteomic Association, Annual National Conference, 2007
[101] C. Bosco, A. Ferro, R. Giugno, M. Mongiovı̀, G. Pigola, A. Pulvirenti, D. Skripin, G. Bader,
and D. Shasha. Algorithms and techniques for large biological networks analysis. In Italian
Proteomic Association, Annual National Conference Proceedings, 2007
[102] S. Forte, A Laganà, R. Giugno, A. Pulvirenti, and A. Ferro. Supervised classification
of gene expression profiles through data mining techniques. In Functional Genomics &
Systems Biology, October 10-13, 2007
[103] A. Ferro, S. Forte, R. Giugno, A Laganà, A. Pulvirenti, D. Barbagallo, C. Di Pietro,
A. Majorana, M. Purrello, M. Ragusa, D. Bonci, R. De Maria, and A. Pagliuca. Prediction
of human targets for viral encoded micrornas by thermodynamics and empirical constraint.
In Bioinformatics Italian Society (BITS) Annual Meeting, Naples, April, 2007
2006
[104] I. Buffa, A. Laganà, M. Ragusa, R. Giugno, A. Pulvirenti, C. Di Pietro, M. Purrello, and
A. Ferro. miRfinder: a tool for the prediction of eukaryotic microrna specific binding sites.
In SIMAI, 2006
[105] C. Di Pietro, M. Ragusa, L. Duro, V. Dagostino, P. Triberio, D. Barbagallo, A. Di Cataldo,
G. Li Destri, A. Laganà, S. Forte, S. Pernagallo, S. Valenti, M.R. Guglielmino, T. Maniscalchi, R. Giugno, A. Pulvirenti, M. Santagati, G. Russo, M. Scalia, R. Bernardini,
L. Pavone, S. Stefani, A. Ferro, K.H. Grzeschik, and M. Purrello. The apoptotic machinery as a biological complex system: An omics analysis and identification of candidate
genes for breast adenocarcinoma, thyroid carcinoma and neuroblastoma. In IX Congresso
della Associazione Italiana di Biologia e Genetica generale e molecolare (AIBG), 2006
[106] C. Di Pietro, M. Ragusa, L. Duro, V. Dagostino, P. Triberio, D. Barbagallo, A. Di Cataldo,
G. Li Destri, A. Laganà, S. Forte, S. Pernagallo, S. Valenti, M.R. Guglielmino, T. Maniscalchi, R. Giugno, A. Pulvirenti, M. Santagati, G. Russo, M. Scalia, R. Bernardini, S. Guccione, L. Pavone, S. Stefani, A. Ferro, K. H. Grzeschik, and M. Purrello. Complex systems
biology: Structural, functional and pathological genomics of the apoptotic machinery and
identification of candidate genes for breast adenocarcinoma, thyroid carcinoma and neuroblastoma. In SIMAI, 2006
2005
[107] C. Di Pietro, A. Ferro, R. Giugno, A. Laganà, G. Pigola, A. Pulvirenti, M. Purrello, and
M. Ragusa. Anticlustal: Multiple sequence alignment by antipole clustering. In CNB7 7th National Biotechnology Congress, 2005
13
[108] C. Di Pietro, M. Ragusa, M.S. Calafato, C. Caserta, A. Carnemolla, M.R. Guglielmino,
D. Barbagallo, R. Angelica, A. Grillo, L. Duro, I. Tandurella, V. Giunta, M. Scalia,
M. Vento, P. Buffa, A. Messina, A. Laganà, R. Giugno, A. Pulvirenti, K.H. Grzeschik,
R. Roeder, A. Ferro, and M. Purrello. Genomica strutturale e funzionale dell’apparato
generale di trascrizione: Espressione tessuto-specifica dei GTF negli ovociti. In VIII Congresso AIBG (Associazione Italiana di Biologia e Genetica Generale e Molecolare), 2005
[109] C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Laganà, D. Barbagallo, I. Tandurella, L. Duro, R. Giugno,
A. Pulvirenti, S. Pernagallo, S. Valenti, M. S. Calafato, V. Di Pietro, M.R. Guglielmino,
R. Angelica, C. Caserta, M. Santagati, R. Bernardini, L. Pavone, S. Stefani, A. Ferro,
and M. Purrello. Genomica strutturale e funzionale del macchinario apoptotico: Identificazione di geni candidati per malattie genetiche degenerative. In VIII Congresso AIBG
(Associazione Italiana di Biologia e Genetica Generale e Molecolare), 2005
2004
[110] M. Ragusa, V. Di Pietro, A. Carnemolla, I. Tandurella, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro,
S. Stefani, C. Di Pietro, A. Messina, and M. Purrello. Structural and functional genomics
of the apoptotic machinery: identification of new candidate genes for parkinson disease.
In Proceedings of the 7-th International Symposium on Molecular Medicine, Creta, 14-16
October, 2004
[111] C. Di Pietro, A. Ferro, R. Giugno, A. Laganà, G. Pigola, A. Pulvirenti, M. Purrello, and
M. Ragusa. Anticlustal: multiple sequence alignment by antipole clustering. In Atti del
VII Congresso Nazionale delle Biotecnologie, Catania, September, 2004
[112] C. Di Pietro, M. Ragusa, A. Carnemolla, V. Di Pietro, R. Giugno, A. Pulvirenti, A. Ferro,
K. H. Grzeschik, and M. Purrello. Structure, expression and evolution of tpg, a new
member of the tbp family. In Atti del VII Congresso Nazionale delle Biotecnologie, Catania,
September, 2004
2003
[113] M. Ragusa, C. Di Pietro, A. Pulvirenti, E. Modica, R. Giugno, G. Pigola, V. Zimmitti,
V. Di Pietro, K.H. Grzeschik, R. Roeder, A. Ferro, and M. Purrello. Identificazione ed
analisi evolutiva di THG, un gene umano caratterizzato da elevata omologia a TBP, mediante un approccio combinato di biologia sperimentale e biologia computazionale. In Sesto
Congresso Associazione Italiana Biologia e Genetica Generale e Molecolare (AIBG), pages
1–8, 1-4 October, 2003
[114] M. Purrello, C. Di Pietro, M. Ragusa A. Pulvirenti, G. Pigola, R. Giugno, E. Modica,
T. Maugeri, G. Emmanuele, S. Travali, M. Scalia, D. Shasha, and A. Ferro. In vitro
and in silico cloning of xenopus laevis sod2 demonstrates very high aminoacid sequence
conservation during evolution. In First European Conference: Functional Genomics and
Disease, Prague, 14-17 May, 2003
14
SOFTWARE
Parte delle pubblicazioni sopracitate sono state accompagnate dallo sviluppo di sistemi software distribuiti con licenza Open-Source (Creative Commons o MIT) ampiamente usati dalla
comunità scientifica:
• Network analysis
– GASOLINE:
Allineamento multiplo locale di reti biologiche
http://ferrolab.dmi.unict.it/gasoline/gasoline.html
Cytoscape app: http://apps.cytoscape.org/apps/gasoline
– PROPOSAL
Allineamento multiplo locale di strutture 3D di proteine:
http://ferrolab.dmi.unict.it/proposal/proposal.html
– DT-Hybrid
Predizione di interazione tra drug e target:
http://alpha.dmi.unict.it/dtweb/dthybrid.php
– DT-Web
Drug combination e drug-target prediction web tool:
http://alpha.dmi.unict.it/dtweb/
– RI
Algoritmo per il subgraph isomorphism
http://ferrolab.dmi.unict.it/ri/ri.html
– GRAPES Subgraph isomorphism parallelo in database di grafi:
http://ferrolab.dmi.unict.it/GRAPES/grapes.html
– SIGMA
Subgraph matching approssimato:
http://ferrolab.dmi.unict.it/sigma.html
– GraphGrepSx, SING
Graph searching in database of graphs:
http://ferrolab.dmi.unict.it/graphgrepsx/graphgrepsx.html
http://ferrolab.dmi.unict.it/sing.html
– NetMatch
Cytoscape app per il subgraph isomorphism in reti biologiche:
http://ferrolab.dmi.unict.it/netmatch.html
• Sistemi per l’analisi di mRNA
– MIDClass
Tool per la classificazione di dati di espressione genica:
http://ferrolab.dmi.unict.it/MIDClass.html
15
– mirScape
Cytoscape app per il mapping di microRNA su reti biologiche:
http://ferrolab.dmi.unict.it/mirscape.html
– miRiam
microRNA targeting tool
http://ferrolab.dmi.unict.it/miriam.html
– VIRGO, miR-EdiTar
Banche dati per lo studio dell’RNA Editing su scala genomica:
http://atlas.dmi.unict.it/virgo/
http://microrna.osumc.edu/mireditar
– miRò
Banca dati annotazione funzionale di microRNA
http://ferrolab.dmi.unict.it/miro/index.php
– miRandola Base di dati per l’analisi di microRNA Circolanti
http://atlas.dmi.unict.it/mirandola/
– BIOWINE
Sistema per l’analisi di dati NGS di Vitis Vinifera
http://alpha.dmi.unict.it/biowine
– Mithril
Sistema per l’analisi della pertubazione dell pathway
https://sites.google.com/site/mirnapathwayimpactfactor/
– LBT, EasyBack
Protein back translation
http://ferrolab.dmi.unict.it/backtranslation.html
http://ferrolab.dmi.unict.it/easyback.html
– AntiClustAl, AntiClustal++
Allineamento multiplo di sequenze:
http://ferrolab.dmi.unict.it/anticlustalinput.html
http://alfredo.dmi.unict.it/ac2/
• Sistemi per il mining di dati:
– BitCube
Sistema per la materializzazione di cubi multidimensionali
http://ferrolab.dmi.unict.it/bitcube.html
– DBStrata
Tool per il Density Based Clustering
http://ferrolab.dmi.unict.it/DBStrata/index.html
– ClosestMatch
Sistema Matching bipartito sul piano
http://ferrolab.dmi.unict.it/closest.html
• Altri sistemi sono disponibili su richiesta direttamente agli autori.
16
SINTESI DELLA RICERCA CONDOTTA
Alfredo Pulvirenti dal 2005 al 2010 ha svolto attività di ricerca inerente i problemi di ottimizzazione su spazi metrici e loro applicazioni nell’ambito della bioinformatica e delle reti presso il
Dipartimento di Matematica e Informatica. La sua ricerca si è svolta prevalentemente in ambito
interdisciplinare, con colleghi di varie facoltà (italiani e stranieri), focalizzandosi maggiormente
nel settore della bioinformatica e della biomedicina; ciò lo ha portato al trasferimento nel dipartimento di Bio-Medicina Clinica e Molecolare per favorire il progetto culturale intrapreso. Negli
ultimi anni i principali argomenti su cui concentra la sua ricerca sono: lo studio del subgraph
matching e del network mining; l’allineamento di network biologiche e compressione di grafi attraverso metodi Monte Carlo Markov Chain; lo sviluppo di metodi computazionali e banche dati
per l’analisi dei microRNA (algoritmi di targeting e design di microRNA sintetici); lo sviluppo
e l’applicazione di metodi di data mining e statistici per l’analisi dei dati.
L’attività di ricerca stata corredata dallo sviluppo di sistemi, distribuiti con licenza OpenSource, ampiamente usati dalla comunit scientifica.
COLLABORAZIONI SCIENTIFICHE
Alfredo Pulvirenti svolge ampia parte delle sue tematiche di ricerca in collaborazione con colleghi
di università italiane e straniere, tra cui:
• Prof. Dennis Shasha (New York University), subgraph matching e microRNA design.
• Prof. Charles E. Lawrence (Brown University), algoritmi probabilistici basati su Hidden
Markov Model per il microRNA targeting e design.
• Prof. Carlo Croce (Ohio State University), metodi in silico per il design di microRNA
artificiali.
• Prof. Kay Huebner (Ohio State University), metodi statitici e bayesiani per l’analisi di
profili microRNA.
• Prof. Nicola Valeri (The Institute of Cancer Research, London, UK), estrazione di reti
bayesiane per dati di espressione di microRNA per la sottoclassificazione di pazienti affetti
da cancro all’intestino.
• Prof. Roded Sharan (Tel Aviv University), subgraph matching approssimato.
• Prof. Gary Bader (Toronto University), biological network querying e network annotation.
• Prof. Carlo Catassi (Università di Ancona), data mining per la classificazione di pazienti
affetti dai sintomi della celiachia.
Annualmente è visiting researcher per brevi periodi presso la New York University e l’Ohio State
University.
Infine, Alfredo Pulvirenti, collabora attivamente con l’Istituto di Nazionale di Geofisica e Vulcanologia (INGV), sezione di Catania, nell’ambito dell’analisi di segnali sismici e vulcanici attraverso algoritmi di data mining.
17
TUTOR DOTTORATO DI RICERCA
• E’ stato tutor presso il dottorato di ricerca in Informatica dell’Università degli studi Catania dei dottori di ricerca in Informatica: Carmelo Cassisi, Marco Aliotta e Giovanni Nigita;
• E’ tutor presso il dottorato di ricerca in Informatica dell’Università degli Studi di Catania
del dott. Salvatore Alaimo;
• E’ co-tutor presso il dottorato di Ricerca in Informatica dell’Università di Pisa del Dott.
Giovanni Micale.
PROGETTI DI RICERCA
• PON04A2 A - PRISMA - PiattafoRme cloud Interoperabili per SMArt-government (D.D.
n. 32 84/Ric del 2/03/2012, D.D. n. 255/Ric del 30/05/2012, D.D. n. 370/Ric del
26/06/2012). Durata: 32 mesi. Ruolo: Partecipante.
• PON01 SIGMA, Sistema integrato di sensori in ambiente cloud per la gestione multirischio
avanzata (Decreto Direttoriale prot. n. 678/Ric. del 15 ottobre 2012). Durata: 36 mesi.
Ruolo: Coordinamento e Ricerca.
• PO. FESR 2007-2013 - Sicilia - Linea di Intervento 4.1.1.2. BIOWINE Approccio multidisciplinare per il miglioramento della qualità della produzione vitivinicola (DDG n. 5761/3
del 13/12/2011). Durata: 18 mesi. Ruolo: Coordinamento e Ricerca.
• Laboratorio Pubblico Privato DM20919 Wyeth/CNR. Tecniche di Data Mining per l’analisi
di profili di espansione genica ed arricchimento funzionale su pathway. Durata: 18 mesi.
Ruolo: CO-Investigator.
• POR 3.14 (GURS n.15 8/4/2005). Ricerca e Sviluppo suite di programmi per l’analisi
biologica, denominata: BIOWARE. Durata: 18 mesi. Ruolo: Coordinamento e Ricerca.
• Misura 2, P.I.A. Pacchetto Integrato di Agevolazioni del PON Sviluppo Imprenditoriale locale: ”BALANCE SCORECARD” (2006-2008). Durata: 24 mesi. Ruolo: Coordinamento
e Ricerca.
• Progetto Legge 297 (GURI 17/11/2004). Tecniche di Data Cleaninig e Data Mining via
Clustering e loro applicazioni alla Business Intelligence. Durata: 24 mesi. Ruolo: Coordinamento e Ricerca.
• FIRB ITALIA-ISRAELE n. RBIN04BYZ7 003: Algoritmi per il pattern discoveri e retrieval in strutture discrete con applicazioni alla Bioinformatica. Durata: 24 mesi. Ruolo:
Partecipante.
• POR 3.14 (decreto n. 1752 del 18.11.2004). Realizzazione di un sistema di localizzazione
satellitare su mezzi mobili per l’ottimizzazione della funzione della logistica distributiva.
Durata: 12 mesi. Ruolo: Coordinamento e Ricerca.
18
• PRIN2003 Area 09 Unità di Catania - Ingegneria industriale e dellinformazione Tecniche
di Randomizzazione e Indicizzazione per Clustering e Query Approssimate Efficienti su
Grandi Basi di Dati con Applicazioni alla Biologia Durata: 24 mesi. Ruolo: Partecipante.
• Progetto di Internazionalizzazione, INTERLINK INT01AB7BE (2001-2003), Convenzione
Catania-New York tra Universita’ per il Dottorato in Informatica (Computer Science)
Triennale con New York University e Columbia University. Durata: 36 mesi. Ruolo:
Partecipante.
• Progetto Legge 297, QUALIA Progetto di Formazione (2005-2006) Formazione di ricercatori e tecnici di ricerca per il progetto ”QUALIA”. Responsabile ACSE SPA CarateCatania. Durata: 6 mesi. Ruolo: Partecipante.
• Programmi per l’incentivazione del processo di internazionalizzazione del sistema universitario collaborazioni interuniversitarie internazionali (D.M. 5 agosto 2004 n. 262 - art,
23) From benchwork to bedside:analisi molecolare e bioinformatica di fenotipi patologici.
Programmazione 2004-2006 prot. ii04c9775h Durata: 32 mesi. Ruolo: Partecipante.
• Responsabile del progetto di ricerca dal titolo Algoritmi di ottimizzazione su spazi Metrici
ed applicazioni al Networking ed alla Biologia Computazionale, Progetto Giovani Ricercatori 2002.
ORGANIZZAZIONE DI CONVEGNI, SCUOLE, COMITATI EDITORIALI
• Co-organizzatore di FUN WITH ALGORITHMS 2014 Lipari, Italy, 1-3 Luglio 2014.
• Co-organizzatore e co-chair di BITS (Convegno della Società Italiana di Bioinformatica)
2012, Catania, Italy, 2-4 Maggio 2012.
• Co-organizzatore di SISAP 2011, Lipari, Italy. 30 Giugno - 1 Luglio 2011.
• Co-chair NETTAB 2009, Catania, Italy. 10-13 Giugno, 2009.
• Membro del Comitato Scientifico della J. T. Schwartz International School for Scientific
Research (Lipari school).
• Co-direttore dal 2009 dell’International School in Bioinformatics and Computational Biology.
• Co-direttore dal 2009 della Computational Social Sciences.
• Membro del comitato scientifico di BIOKDD 2010, 2011, 2012, 2013, 2014.
• Membro del comitato scientifico di NETTAB 2013
• Membro del comitato scientifico di KDIR 2013, 2014.
19
• Membro del comitato scientifico di iCBEB 2013, 2014.
• Membro del comitato tecnico Pattern Recognition for Bioinformatics di IAPR TC20.
• Membro del comitato organizzatore di SeqAheads Bari 2013 COST Workshop.
• Membro del comitato scientifico di BITS 2014.
Ha curato come co-editor le seguenti special issue:
• Guest Editor di BMC Bioinformatics, special issue del Convegno BITS 2012.
• Guest Editor di Information Systems (Elsevier), special issue di SISAP 2011.
• Guest Editor di Briefings in Bioinformatics, Special Issue di Nettab 2009.
E’ membro dei comitati editoriali delle seguenti riviste:
• (Editorial Board) ISRN Bioinformatics - ISSN: 2090-7346
• (Editorial Board) Advances in Biology - (subject area: Bioinformatics) - ISSN: 2314-7563
07/2013
• (Editorial Board) New Journal of Science - (subject area: Bioinformatics)
• (Editorial Board) International Scholarly Research Notices - (subject area: Bioinformatics)
SERVIZI ACCADEMICI
Ha svolto servizio come revisore per le seguenti conferenze e riviste:
• ACM SAC 2003, 2004
• MobiHoc, 2006
• ICIC, 2004-2013
• CIBCB 2004, 2005, 2006
• ACM SIGMOD, 2009
• SISAP 2008, 2009, 2010, 2012
• ICTCS 2014
• Computer Networks Journal
• IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics,
• BMC Research notes
• Briefings in Bioinformatics
20
• PLOS Computational Biology
• Information Processing Letters
• Theoretical Computer Science
• Pharmacogenomics
• Bioinformatics
• Journal of Graph Algorithms and Applications
• PLOS ONE
• Nucleic Acids Research
• Software: Practice and Experience, Wiley
• Open Journal of Semantic Web
• Entropy
• F1000 Research
Ha svolto servizio come revisore di progetti di ricerca per:
• Estonian Science Foundation.
PREMI E RICONOSCIMENTI
• Best Paper Award: Misael Mongiovı̀, Raffaele Di Natale, Rosalba Giugno, Alfredo Pulvirenti, Alfredo Ferro and Roded Sharan. A Set-cover-based Approach for Inexact Graph
Matching. 8th Annual International Conference on Computational Systems Bioinformatics
(CSB2009). Stanford University, CA, USA. August 10-12, 2009.
• Primo classificato per l’attribuzione di n. 2 borse di studio annuali del valore di Lit.
30.000.000 per la formazione di eccellenza all’estero bandite dall’Università di Catania.
SEMINARI
• COST Workshop, Computational techniques for RNA-based gene regulation: Artificial
miRNA design, miRNA targeting, miRNA knowledge bases, and A-to-I RNA editing,
Bari 2013.
• INGV Catania, Data Mining on High Dimensional Data, Ottobre 2009.
• Wyeth Research, Catania, Italia: Classificazione di dati di espressione genica, Ottobre
2007.
21
• ITALIA-ISRALE, FIRB meeting, High-Precision Multiple Sequence Alignment, 5-6 febbraio, 2007, Pisa, Italia.
• Wyeth Research Boston, High precision Multiple Sequence Alignment, Maggio 2006.
• Bud Mishra Bioinformatics Lab, New York University, High precision Multiple Sequence
Alignment, Giugno 2006.
• Anticlustal: Multiple Sequence Alignment by Antipole Clustering, Workshop PRIN2003,
rendicontazione annuale. Lipari, giugno 2004.
• Anticlustal: Multiple Sequence Alignment by Antipole Clustering, International Workshop
on Non Linear Dynamics and Noise in Biological Systems, Torino, aprile 2004.
PARTECIPAZIONE A GRUPPI SCIENTIFICI
• Membro ordinario dal 2009 della Società Italiana di Bioinformatica (BITS)
• Membro dal 2014 dellInternational Society for Computational Biology (ISCB)
• Iscritto al Gruppo Nazionale per il Calcolo Scientifico (GNCS)
• Iscritto al GRuppo di INformatica (GRIN)
ATTIVITÀ DIDATTICA
CORSI UNIVERSITARI
• Corso di studi in Informatica (laurea triennale)
– Basi di dati 9 c.f.u (a.a. 2012/’13 - 2013/’14 - 2014/’15)
– Introduzione all’Analisi dei Dati (a.a. 2010/’11 - 2011/’12 - 2012/’13)
– Programmazione 2 (a.a. 2006/’07 - 2007/’08 - 2008/’09)
– Basi di dati (esercitazioni, a.a. 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)
• Corso di studi in Medicina (laurea magistrale)
– Informatica (a.a. 2012/’13 - 2013/’14 - 2014/’15)
• Corso di studi in Tecniche per la riabilitazione Psichiatrica (laurea triennale)
– Informatica (a.a. 2012/’13 - 2013/’14 - 2014/’15)
– Statistica Medica (a.a. 2012/’13 - 2013/’14 - 2014/’15)
• Corso di studi in Informatica (laurea magistrale)
– Analisi e Gestione dei Dati (a.a. 2009/’10 - 2010/’11 - 2011/’12 - 2012/’13)
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• Corso di studi in Informatica (laurea specialistica)
– Data Analysis and Management (a.a. 2007/’08 - 2008/’09 )
– Algoritmi per la Bioinformatica (a.a. 2007/’08)
• Corso di studi in Informatica Applicata (laurea triennale, sede distaccata Comiso (RG))
– Basi di Dati I (a.a. 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)
– Basi di dati II (a.a. 2006/’07 - 2007/’08 - 2008/’09)
• Corso di studi in Fisica (laurea specialistica)
– Metodi Informatici per la Fisica (a.a. 2005/’06)
• Corso di studi in Tecnologie e Pianificazione per il Territorio e l’Ambiente (laurea triennale)
– Informatica con Applicazioni alla Grafica Computerizzata (a.a. 2005/’06)
• Corso di studi in Scienze del Governo e dell’Amministrazione (laurea triennale, Facoltà di
Scienze Politiche, sede distaccata Modica (RG))
– Informatica I (a.a.2003/’04 - 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)
– Informatica II (a.a.2003/’04 - 2004/’05 - 2005/’06 - 2006/’07 - 2007/’08)
• Corso di studi in Scienze dell’Amministrazione (laurea triennale, Facoltà di Scienze Politiche)
– Informatica (a.a. 2003/’04)
• Istituto Superiore di Catania per la Formazione di Eccellenza
– Introduzione alle basi di dati (a.a. 2002/’03 - 2003/’04 - 2012/’13 - 2013/’14 2014/’15)
Esercitazioni e laboratorio
• Laurea quinquennale in informatica
– Laboratorio di Basi di Dati (Access/MySQL/PHP/JAVA) per i corsi di Basi di Dati
I, Basi di Dati I/II (a.a 2003/’04).
– Corso Oracle 8i avanzato, nell’ambito del corso di Basi di Dati II (a.a. 1999/’002000/’01-2001/’02-2002/’03-2003/’04).
– Corso Oracle 8i nell’ambito del corso di Basi di Dati I (a.a. 1999/’00-2000/’012001/’02-2002/’03).
TESISTI
• E’ stato Relatore e Correlatore di oltre 80 tesisti iscritti ai corsi di laurea in Informatica
triennale, Informatica Magistrale, Informatica Specialistica e Informatica Quinquennale.
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CORSI POST-LAUREA
[1] Docente di ”Metodi Monte Carlo per l’analisi dei dati” nell’ambito del progetto PON
KM3NeT ”Conoscenze dei metodi di analisi dati utilizzati in telescopi sottomarini” tenuto
presso l’INFN di Catania (2014).
[2] Docente di Basi di Dati nell’ambito del corso di alta formazione PON VULCAMED ”La
ricerca geofisica e vulcanologica per il monitoraggio dei rischi naturali e ambientali per la
tutela e la fruizione delle risorse del territorio” tenuto presso l’INGV di Catania (20132014).
[3] Docente di Binformatica e tutor nell’ambito del progetto Nuove figure di specialisti di
tecnologie avanzate per l’identificazione e analisi di biomarcatori nel settore oncologico
(2013). Progetto PON01 02418, partner: Università di Catania, Nerviano, IOM ricerca.
[4] Lipari School on Computational Social Science: Computational Social Science: Big Data.
Lipari 20-27 luglio, 2013. Titolo del Tutorial: Tools and techniques for data mining
[5] Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational Biology: Statistical and Machine Learning Methods in Computational Biology. Lipari 12-19 giugno,
2010. Titolo del Tutorial: Two and Multiple Sequence Alignment
[6] Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational Biology: RNAs:
structure, function and therapy. Lipari 13-20 giugno, 2009. Titolo del Tutorial: Algorithms
for RNA structure alignment
[7] Lipari International School on Computational Social Sciences: Computational Models of
Political and Social Events. Lipari 18-25 luglio, 2009. Titolo del Tutorial: Data mining
using Weka
[8] Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational Biology: Biological Networks: Evolution, Interaction and Computation. Lipari 14-21 giugno, 2008.
Titolo del Tutorial: Sequence Alignment Algorithm
[9] Docenza (Informatica I/II) nell’ambito del progetto di Formazione del ”Laboratorio Pubblico Privato DM20919 Wyeth/CNR.” Gennaio-Aprile, 2008.
[10] Lipari International Summer School on BioInformatics and Computational Biology: Advanced Computational Proteomics: Structure, Imaging and Control. Lipari, 16-23 Giugno,
2007. Titolo del Tutorial: Advanced Topics in Sequence Alignment
[11] International School on Advanced BioMedicine and BioInformatics: Molecular BioMedicine,
Medical Genomics and BioInformatics. Pantelleria, 18-25 giugno, 2005 Titolo del Tutorial:
Sequence Alignment
[12] International School on Advanced BioMedicine and BioInformatics: Molecular and Computational Analysis of Human Phenotype. Lipari, 29 maggio - 5 giugno, 2004 Titolo del
Tutorial: Sequence Alignment
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[13] Teacher Assistant (TA) dalla 15 alla 34 Lipari School for Scientific Research (2003-2011).
[14] Introduzione ai Database Relazionali, Master in E-Business, Università di Catania, febbraio 2004 - aprile 2004;
[15] Introduzione ai Database Relazionali, Master in E-Business 2003. Università di Catania,
gennaio 2003;
[16] Corso Informatica di base presso il Centro Orientamento e Formazione (COF Catania)
nell’ambito del Master per la formazione di Esperti in Valutazione di Disastri in Agraria.
Novembre 2002-Aprile 2003.
[17] Introduzione ai Database Relazionali, Master in Biotecnologie 2002 Università di Catania,
ottobre-dicembre 2002;
[18] Tutor di Basi di Dati nell’ambito del corso ”Formazione di Assistenti di Progetto per
attività innovative di gestione e monitoraggio del territorio mediante uso di tecnologie
informatiche”. Università di Catania, INFORM s.r.l. Giugno-Settebre 2002.
[19] Corso Oracle 8i nell’ambito del Master in E-Business 2001. Università di Catania, Maggio
2001;
CORSI DI FORMAZIONE
[1] Corso di Formazione ”Uso e sviluppo di strumenti multimediali ed ipertestuali, anche in
ambiente web, per il supporto alla didattica rivolta ad allievi dei 2 cicli di istruzione, anche
diversamente abili” sede Paternò LSPP F. De Sanctis, presentato dal Centro Orientamento
e Formazione, Università di Catania. Maggio-Giugno, 2010.
[2] Corso avanzato Access, per i dipendenti della regione Sicilia, (tenuto negli anni 2007, 2008,
2009, 2010).
[3] Attività didattica nell’ambito del F.S.E.- PON ”La scuola per lo sviluppo” 2000-2006.
Misura I, Azione I, Sviluppo di competenze di Base e Trasversali nella scuola ”Il villaggio
globale” presso l’I.I.S. ”Gorgia” di Lentini, SR. Aprile, 2006.
[4] Docenza corso ”Informatica Applicata e Tecniche di Meccanizzazione degli Archivi” nell’ambito del corso ”Esperto archiviazione dei Bene culturali” presso l’ISVI (Istituto di Formazione e ricerca sui problemi sociali e dello sviluppo), L.R. 27/91, prog. N. 447. Settembre, 2005.
[5] Corso di basi di dati e linguaggi per il web nell’ambito di un progetto P.O.N. per la
formazione di esperti alla realizzazione di siti web dinamici. Istituto Tecnico Commerciale
A. Majorana Acireale. Febbraio-Maggio 2005.
[6] Dal 2003 docente ECDL presso il corso di laurea in Scienze del Governo e dell’Amministrazione, Facoltà di Scienze Politiche, Università degli studi di Catania, sede distaccata Modica.
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[7] Tutor nell’ambito di corsi di alta formazione organizzati dall’Università degli Studi di
Catania per i dipendenti della Provincia Regionale di Catania. Settembre 2001-Febbraio
2002.
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FORMAZIONE
TITOLI DI STUDIO
• Gennaio 2003: Dottorato di ricerca in Informatica (XV ciclo) presso Università di Catania.
Tesi dal titolo: ”Data structures and algorithms for optimization problems and advanced
search in high-dimension metric spaces”, tutor Prof. Alfredo Ferro (Università di Catania).
Durante il dottorato ha trascorso diversi periodi di studio presso la New York University
per collaborare con il prof. Dennis Shasha che ha poi co-supervisionato la tesi.
• Marzo 1999: Laurea in Scienze dell’Informazione presso l’Università degli Studi di Catania,
voto 110/110 e lode. Tesi di laurea svolta all’estero presso la New York University sotto
la supervisione del prof. Dennis Shasha.
SCUOLE DI SPECIALIZZAZIONE
• 16a International School for Computer Science Researchers (Università di Catania) Mobile
Networks: Algorithms and Systems. Lipari 11-24 luglio 2004.
• 15a International School for Computer Science Researchers (Università di Catania) Algorithmics for Data Mining and Pattern Discovery. Lipari 13-26 luglio 2003.
• 13a International School for Computer Science Researchers (Università di Catania) Foundations of Wide Area Network Programming. Lipari 1-14 luglio 2001.
• 12a International School for Computer Science Researchers (Università di Catania) ECommerce and On-line Algorithms. Lipari 9-22 luglio 2000;
• SNDIS 2000 (Università di Bologna) Scuola Nazionale dei Dottorati di Informatica delle
Facoltà di Scienze tenutasi a Bertinoro (Forlı̀) 22 maggio-2 giugno 2000;
• 11a International School for Computer Science Researchers (Università di Catania) Computational Biology. Lipari 20 giugno-3 luglio 1999;
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ATTIVITÀ PROFESSIONALE
• Comunicando s.p.a. Consulenza per il tuning di un DBMS Oracle 9i su piattaforma SUN
Solaris per sistemi TLC in pseudo-realtime (2003 - 2004).
• Docente di ruolo di Informatica (vincitore di concorso bandito dal ministero nel 1999),
presso l’ITC A. Majorana Acireale, ottobre 2002 - gennaio 2003;
• Consulente per la CORE s.r.l. nell’ambito dello sviluppo di un software integrabile in
un SIT (Sistema Informativo Territoriale) per il problema dell’accorpamento di aree di
censimento del comune di Bologna (2001). Progetto coordinato per l’Università di Catania
dal Prof. Alfredo Ferro.
• Consulente per la Mestor s.n.c. per il design e lo sviluppo di un tool per l’identificazione
di aree di interesse in immagini satellitari nell’ambito del progetto europeo DUP-ITALSCAR. Progetto coordinato per l’Università di Catania dal Prof. Giovanni Gallo.
Si autorizza il trattamento dei dati personali ai sensi della legge 675/96 e successive modifiche.
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