PUBMED
INTRODUZIONE
a cura di Giovanna Bruscolini – Biblioteca Area Scientifica, Università di Urbino ‘Carlo Bo’
Pubmed: che cosa è?


Banca dati bibliografica biomedica accessibile
gratuitamente online, sviluppata dal National
Center for Biotechnology Information (NCBI)
presso la NLM (National library of medicine’s)
La NLM è la biblioteca affiliata all’NIH (National
Institute of Health ) punto di riferimento per la
ricerca medica degli Stati Uniti.


E’ la base dati più grande e prestigiosa nel settore
biomedico a livello mondiale
un po’ di storia





1879: INDEX MEDICUS
1964: NASCE IL MEDLARS (Medical
literature Analysis and retrieval system)
1971: Dal MEDLARS AL MEDLINE
1980 Riversamento in CD-ROM
1997: DAL MEDLINE AL PUBMED
MEDLARS
Attualmente è composto da 40 banche dati.
Ricordiamo:
 Pubmed
 Toxnet: base di dati di tossicologia che
permette di interrogare gli archivi CCRIS,
DART,IRIS, GENETOX …
 Cancernet: b.d. per l’oncologia con gli
archivi CANCERLIT (bibliografico) e PDQ
(protocolli di trattamento)
Pubmed: Cosa contiene?
4 database
 MEDLINE :


citazioni dal 1966 ad oggi; abstract; MESH;
aggiornamento settimanale;
OLDMEDLINE:
con citazioni dal 1951 al 1965 , no abstract, no MESH
PREMEDLINE (In Process citations)
per citazioni non ancora indicizzate; no MeSH ;
aggiornamento giornaliero

PUBLISHER SUPPLIED CITATIONS
per citazioni ricevute via elettronica direttamente
dall’editore. Non ancora pubblicate in cartaceo
Medline: Un po’ di numeri:





circa 17 milioni di citazioni di articoli scientifici di
ambito biomedico o scienze affini (dalle 500 alle
3000 ogni giorno)
Copre circa il 25 % dell’intera produzione
mondiale di riviste biomediche (4800 riviste)
Le riviste provengono per il 40% dall’area
statunitense e l’88% degli articoli è in lingua
inglese
Gli abstract sono presenti nel 76 % degli articoli
il testo pieno non è previsto a meno che non si
trovino articoli disponibili gratuitamente online.
Questi sono raggiungibili grazie al sistema di
linking ed al software ENTREZ
PUBMED e non solo : il sistema ENTREZ



ENTREZ (Entrez Molecular Sequenze
Database System) sviluppato dal NCBI.
Sistema che integra la banca dati Pubmed
con archivi sulla biologia molecolare
permette, in un insieme integrato, di
ricercare sequenze molecolari e
informazioni bibliografiche
Accesso agli archivi disponibili
NUCLEOTIDE: sequenze di DNA
PROTEIN: sequenze di proteine
GENOME: dati su genoma
STRUCTURE : strutture a 3D
TAXONOMY
OMIM: catalogo dei geni umani e dei
disordini genetici
PMC (Pubmed central)
PUBMED
http://pubmed.gov
II. LA RICERCA
http://pubmed.gov
Maschera per ricercare
Per raffinare la ricerca
Accesso a servizi aggiuntivi e strumenti utili
La Citazione bibliografica:
autore
Titolo articolo
Rivista, anno, vol,fascicolo, pagine
n. Identificativo del premedline
I record bibliografici:





Base dati è una collezione di dati
organizzati in record
Ogni record è una citazione bibliografica
Record è un insieme di campi
Campo è un singolo specifico dato
Ogni campo è contraddistinto da etichette
o TAG importanti per effettuare ricerche
mirate
TAG PRINCIPALI utili nella ricerca
(elenco completo nell’help)
[AU] campo autore
[TI] campo titolo
[TA] nome della rivista
[LA] lingua di pubblicazione dell’articolo
[MH] Mesh terms (soggetti)
[DP] data di pubblicazione(A/M/G)
[EDAT] data di inserimento nel pubmed (A/M/G)
[AB] abstract
Funzioni di ricerca comuni a tutte
le basi dati




Stopwords (articoli, congiunzioni…):
trascrizione superflua
Troncamento: (*) si cercano le varianti che
hanno radice in comune
Operatori booleani: AND, OR, NOT
n.b. trascriverli in maiuscolo
Parentesi: si stabilisce un ordine di priorità
Tipologie di ricerca: semplice o complessa
RICERCA SEMPLICE




Per cercare gli articoli più recenti
Quando si ha un solo termine di ricerca
Per cercare gli articoli di un autore
Per cercare gli articoli con il titolo di un
periodico
Può essere LIBERA (1) o PER CAMPI (2)
1. RICERCA LIBERA


la maschera di ricerca consente di inserire
liberamente i termini che vengono così
ricercati in tutti i campi.
N.B.: Utile usare la funzione Limits (filtri)
per delimitare la ricerca
Ricerca libera
2. RICERCA PER CAMPI


Serve a limitare i risultati di una ricerca
con termine non qualificato che ha dato
troppi risultati
Come limitare ?
Termine [TAG del campo]
Esempi di ricerca per campi
Cell
Cell [AU]
Cell [TA]
Cell [TI]

Come si ricerca un autore:
Cognome + iniziale/i nome (es Veronesi U)
oppure
Cognome [AU]
RICERCA COMPLESSA:

Quando:
si utilizza più di un concetto e bisogna
combinare più termini o più ricerche

si vogliono usare voci di soggetto (MESH)
Ricerca complessa con più termini
Utilizzare gli operatori booleani (in maiuscolo):



AND (intersezione) per recuperare documenti
che contengono entrambi i termini inseriti in
ricerca
OR (unione) per recuperare documenti che
contengono almeno uno dei due termini
NOT per recuperare documenti che contengono
solo il primo termine di ricerca escludendo l’altro
Ricerca per frase


Racchiudere i termini fra virgolette o
usare il tag [tw]
Automaticamente trova le frasi da una
lista preordinata
Esempio:
- Breast tumours =
così trova i casi di tumore – non
necessariamente al seno - and ghiandola
mammaria (145593)
- “breast tumours” = tumori al seno (1347)
Ricerca con parentesi:
lettura della stringa di ricerca
ordine di priorità nella
Ricerca per soggetto: i MESH
Tesauro MeSH (Medical Subject Headings)
dizionario di termini controllati usati per
sintetizzare i soggetti del documento e descrivere il
contenuto informativo dell’articolo
Vantaggi:

Ricerca completa: non si perdono i sinonimi o voci
affini

Precisione nella ricerca
Svantaggi:

Non si trovano record premedline e publisher
supplied (i più recenti!)
I Mesh



Per ogni articolo vengono assegnati uno o
più intestazioni (max=15)
Per specificare meglio il soggetto o un
aspetto (es: pathology, drug therapy) di
questo vengono inserite sottointestazioni
(subheadings) per ogni mesh
Per visualizzare le intestazioni scegliere il
formato di visualizzazione Medline
Ricerca con il TAG Mesh: risultati 0
Il Mesh database = Archivio dei soggetti
Vantaggi del Mesh Database

Controllo del termine immesso:
se non presente vengono proposte voci simili o
affini e le definizioni

Visualizzazione:
dei sinonimi (entry terms),
della struttura ad albero
delle sottointestazioni

Automatic explosion, No expl

Argomento principale (Major Topic)
Esempio di ricerca con il mesh database
Definizione del
concetto
Mesh database: Struttura ad albero
Ricerca con sottointestazioni, senza esplosione
visualizza come viene
interpretata la
strategia di ricerca da
pubmed
Si possono inserire
altri termini liberi o
intestazioni usando
AND,OR,NOT
Altre funzioni utili nella ricerca:
A. La barra degli strumenti
1.
2.
3.
4.
5.
Limits
Preview/Index
History
Clipboard
Details
3. History (archivio delle ricerche)


Pubmed conserva le strategia di ricerca e i
risultati numerandole e ponendole
nell’ordine in cui sono state eseguite
Si possono combinare le ricerche eseguite
usando gli operatori booleani (si deve
riportare il simbolo cancelletto)

Accetta un massimo di 100 ricerche

Le ricerche vanno perse dopo un’ora
2. Preview/index
(no premedline, né publisher supplied )


Permette di vedere e selezionare i soggetti
presenti nel DB in ordine alfabetico
partendo dal termine in esame
fra parentesi accanto c’è l’indicazione del
numero dei record
Altre funzioni:
B. La barra a sinistra


1.
2.
3.
PUBMED TUTORIAL
(guida ufficiale interattiva)
PUBMED help
(strutturato a capitoli come un libro)
SINGLE CITATION MATCHER
CLINICAL QUERIES ( per articoli che si
riferiscono alla ricerca clinica)
JOURNAL DATABASE
1. Single citation matcher

utile per rintracciare rapidamente una
citazione
si conoscono già alcuni dati del riferimento,
ma la citazione è incompleta o sbagliata

utile anche per trovare gli indici della
rivista indicando la rivista e l’anno
3. JOURNAL DATABASE


Permette di selezionare un periodico tramite
il titolo (anche abbreviato), ISSN.
Serve per cercare citazioni tratte da quel
periodico
PUBMED
http://pubmed.gov
III. I RISULTATI DELLA RICERCA
IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI
I risultati
Quadro sintetico ma esauriente
dello stato della ricerca in
determinati settori
Visualizzazione dei risultati
Risultati
Lista in ordine cronologico inverso (dal più
recente al meno recente)
 Per visualizzarne uno cliccare sugli autori
 Per visualizzarne più di uno: spuntare le citazioni e
cliccare su display dopo aver scelto il formato
 Il formato automatico è il summary
 Altri formati:
Brief (con primo autore parte del titolo e pmid)
Abstract con ‘abstract ma non i mesh
Citation con abstract più mesh
Medline: con tutti i campi

PUBMED: dalla citazione al full-text
(A sinistra di ogni citazione)
Foglio vuoto: citazione priva di abstract
Foglio scritto: citazione con abstract
Foglio evidenziato in arancio e verde:
citazione con fulltext disponibile in
nell’archivio pubmed central
Foglio evidenziato in verde: citazione con
link al sito dell’editore che offre
gratuitamente il full text
Pubmed: i servizi

Related articles
permette di cercare articoli su argomenti simili,
in ordine di somiglianza

Links:
si può accedere a books (libri attinenti), link out
(ulteriori risorse online), composti e altro.
Variano per ogni citazione
Link out: esempio
Selezionando la citazione:
Links al full text
dell’editore e del PMC
= related articles
IV. GESTIONE DEI DOCUMENTI
TEMPORANEA:
Clipboard = blocco appunti
max 500 citazioni selezionate
si svuota dopo 8 ore di inattività


PERMANENTE:
Send to file = salva fino a 10000 record
alla volta in formato .txt o .html
Per
stampare
Per salvare
Anteprima di stampa (selezionando send to print)
Per Stampare

Selezionare send to print
Oppure

Selezionare formato con abstract per le
citazioni che interessano e selezionare il
file
stampa del browser
Per salvare una strategia di ricerca:
MyNcbi




Utile per strategie che hanno dato ottimi
risultati
Occorre registrarsi (gratuita)
Salva fino a 100 ricerche
Permette aggiornamenti:
servizio che ripete periodicamente le ricerche
e invia i risultati alla mail data in fase di
registrazione
TOXNET:
l’informazione tossicologica
http://toxnet.nlm.nih.gov
TOXNET: archivi contenuti
Base dati
Produttore
Contenuto
CCRIS
NCI
Chem. Carc. Res Inform sys
National Cancer Inst
8000 record chimici con risultati di
test di carcinogeneticità e
mutagenicità
CHEMID PLUS
NLM
367000 schede di sostanze
chimiche
DART/ETIC
NLM
> 100000 citazioni bibliografiche
relative alla tossicologia dello
sviluppo e della riproduzione
TOXLINE
NLM
+ di 3 milioni di citazioni
bibliografiche a carattere
tossicologico
GENE-TOX
EPA
Dati di mutagenesi su oltre 3000
sostanze
Develop. Reproductive toxic /
Environ. Terat. Inform center
Environm Protection Ag
IRIS
EPA
Dati relativi al rischio umano da
esposizione a oltre 500 sostanze
chimiche
TRI
EPA
Stime annue dei rilasci di sostanze
chimiche nell’ambiente
HSDB



(Hazardous Substances Data Bank)
Base dati fattuale prodotta dalla NLM
Contiene informazioni sulla tossicità di oltre 4500
sostanze chimiche potenzialmente pericolose
Dati peer-reviewed = revisionati da una
commisione di esperti (fra pari) nominati dalla
NLM
Lactmed
(Drugs and Lactation Database)
Base dati con informazioni riguardanti
l’allattamento al seno e la tossicità dei farmaci ai
quali sono esposte madri e neonati
Basi dati
bibliografiche
Dizionario
chimico
Basi dati
fattuali
ChemIDPlus: l’informazione chimica
LINK UTILI



NLM Gateway: interfaccia unica per la ricerca
contemporanea in tutte le risorse della NLM
http://gateway.nlm.nih.gov
Dizionario dei termini medici in internet
(italiano/inglese)
http://scientifico.pneumonet.it/tradform.asp
Mesh / traduzione italiana
a cura dell’Istituto superiore di Sanità: accesso
gratuito previa registrazione
http://www.iss.it/site/Mesh
LINK utili

SCIRUS (http://www.scirus.com)
motore di ricerca specializzato per informazione
scientifica (selezione di oltre 300 milioni di pag web)
integra ricerca su web con ricerca su basi dati
disponibili online (citazioni Medline, articoli di archivi
come Biomed central,e-prints depositati in ArXiv e
CogPrints)

DOAJ (directory of open access journal)
archivio di oltre 2500 periodici scientifici disponibili
gratuitamente online
http://www.doaj.org/
NLM Gateway:
interfaccia unica
Ricerca nel gateway con linguaggio indicizzato
Esempi
Esempi di ricerca: all’inizio libera
Poi con due termini per specificare l’aspetto che interessa
Poi con frase esatta “”
Associando più termini con operatori
Infine qualificando il termine come soggetto
E associando il soggetto con un altro termine
Riassumendo:
Esempio di ricerca integrata: pubmedOmim

Ricerca di articoli sulla Corea di Huntington
(termine di soggetto)
Invia la ricerca in
Pubmed
Selezionare Linkout
Link al Medline Plus:
l’informazione per il
grande pubblico
Link ad un archivio
del Toxnet
Archivio Hazardous Substances Database (toxnet)
Medline Plus: informazione medica per tutti
Spiegazione del difetto genetico e
link a banche dati genetiche
Link all’archivio OMIM dei disordini
genetici
Per la localizzazione su
cromosoma
Corea di Huntington: localizzazione sul cromosoma
ricerca in archivi GENE e OMIM
Struttura dell’emoglobina
Come impostare una strategia di ricerca:
consigliato l’uso del mesh database

Scrivi la frase che esprime la tua ricerca
Es cerco articoli che parlino del sangue dal naso in
rapporto all’ipertensione)

Dividi il soggetto in concetti essenziali
es. sangue dal naso e ipertensione


Traduci in inglese (nosebleed, hypertension)
Cerca i termini nel Mesh database
(epistaxis, hypertension)

Combina i concetti con AND, OR, NOT
Per approfondimenti:



PubMed Tutorial : guida realizzata dalla National Library of Medicine, contiene
anche dimostrazioni animate delle procedure di interrogazione, un glossario e link
ad altre pagine web
http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmedtutorial/
Pubmed in pillole : (come imparare ad usare PubMed in un'ora o poco più), a cura
di Carlo Drago e Rita Strazzeri, Università di Roma "La Sapienza"
http://w3.uniroma1.it/vrd-medicina/Sommario.htm
La ricerca nelle banche dati bibliografiche: l'esempio di PubMed : (una piccola
introduzione per i non addetti ai lavori), di Caterina Barazia
http://www.aib.it/aib/contr/barazia1.htm