Caratterizzazione Genetica di Razze
Podoliche Italiane e Istriane con
Marcatori Microsatellite
Dalvit C., Maretto F., Cassandro M., De Marchi M., Cecchinato A.,
Bittante G.
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Scopo Ricerca
• Studio della variabilità genetica e
consanguineità media in alcune razze
podoliche mediante marcatori molecolari
microsatellite
• Analisi della struttura delle popolazioni
mediante sw STRUCTURE
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Dataset
• 326 animali, 6 razze ceppo podolico
–
–
–
–
–
–
Chianina (Chi, n=30)
Marchigiana (Marc, n=36)
Romagnola (Rom, n=53)
Maremmana (Mmm, n=54)
Podolica, (Pod, n=46)
Istarsko govedo, bovino Istriano (Isg, n=51)
– Bruna (Brs, n=56)
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Istarsko govedo
Podolica Pugliese (Pojese) del Veneto
• Principale razza bovina da lavoro della
Serenissima Repubblica di Venezia
• Estinta in Veneto agli inizi degli anni ‘70
• Sopravvissuta in Istria come razza
Istarsko govedo
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Materiali e Metodi
• 20 Marcatori Molecolari Microsatellite
(TGLA57, INRA016, ILST008, BM1818, BM203, INRA006, CSSM14, ETH152, RM12,
TGLA122, ETH185, TGLA227, TGLA126, TGLA53, ETH10, MM12, INRA64, INRA023,
SPS115, ETH3)
• Estrazione e Amplificazione in 5 multiplex da FTA
cards.
• Analisi dei frammenti mediante sequenziatore
capillare Beckman Coulter CEQ8000
• Analisi statistica mediante sw GENEPOP 4.0,
FSTAT 2.9.3, MolKin 3.0, STRUCTURE 2.3.1
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Risultati
• 221 alleli identificati (11,1 alleli/locus)
– TGLA122 -> 17 alleli
– ILST008 -> 4 alleli
• 48 alleli razza specifici
– Isg -> 13 alleli
Et. Att.
Et. Oss
NMA
fij
Fis
Bru
0.58±0.22
0.55±0.23
6.2
0.43
0.06
Chi
0.59±0.22
0.50±0.24
5.2
0.43
0.16
Isg
0.61±0.21
0.56±0.23
6.7
0.38
0.08
Mmm
0.71±0.10
0.57±0.14
7.4
0.33
0.21
Marc
0.62±0.20
0.54±026
6.0
0.42
0.14
Pod
0.71±0.10
0.62±0.18
7.7
0.31
0.12
Rom
0.57±0.25
0.53±0.25
6.0
0.46
0.08
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Risultati
W&C
Value
95% CI
FIS
0.1093
0.06689 - 0.15714
FIT
0.2155
0.15802 - 0.28472
FST
0.1193
0.08482 - 0.16036
W&C Genetix – campione intero
Bru
Chi
Isg
Mmm
Marc
Chi
0.1103
Isg
0.1640
0.0854
Mmm
0.1691
0.0999
0.1043
Marc
0.1386
0.0743
0.1161
0.1142
Pod
0.1278
0.0810
0.0708
0.0402
0.0965
Rom
0.1410
0.1039
0.1290
0.1292
0.0900
W&C Stime pairwise Fst - Genepop
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Pod
0.0967
Risultati
STRUCTURE
•Analisi bayesiana basata su modello in cui vi sono K popolazioni
ognuna delle quali caratterizzata da un set di frequenze alleliche
per locus.
•Gli individui sono assegnati probabilisticamente alla popolazione o
a piu’ di una popolazione se il loro genotipo indica admixture
Pr(X|Z,P)
Parametri:
X -> Genotipo
Z -> Popolazione (sconosciuta) di origine
P -> Frequenze alleliche (sconosciute) in
tutte le popolazioni
•
•
•
•
•
•
Modello ADMIXTURE
Frequenze alleliche correlate
40 Corse Indipendenti
2 < K < 12
Burn-in: 10.000
Iterazioni: 100.000
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Risultati
STRUCTURE -> Ln Pr(X|K)
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Risultati
K=2
K=3
K=4
K=5
K=6
K=7
K=8
Bru
Chi
Isg
Mmm
Marc
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Pod
Rom
Conclusioni
• Razze Pod, Mmm e Isg hanno evidenziato la
maggiore variabilità genetica e il più basso livello di
consanguineità media
• Mmm e POD sono risultate le più simili e con
presenza di sottostrutture
• Chi, Mar e Rom sono risultate meno variabili, con un
più alto livello di consanguineità e maggiormente
omogenee
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009
Ringraziamenti
• ANABIC
– Chiara Berti
– Fiorella Sbarra
• AZRRI
– Jasenka Kapuralin
– Gordan Subara
– Igor Jurcic
Sulle Tracce delle Podoliche – Matera 9-12 Luglio 2009