Microbiologia clinica
• Diagnosi eziologica e guida alla terapia
delle malattie infettive
• Per apparati
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Cute e annessi
Orecchio
Occhio
Cavità orale
Tr respiratorio
Tr gastrointestinale
Tr genito-urinario
Sistema circolatorio
Sistema nervoso
Classificazione Infezioni
Generale
• Comunitarie/Ospedaliere
• Esogene/Endogene
• Opportunistiche, Iatrogene
Per apparato
Via di trasmissione
• Respiratoria, Alimentare, Sessuale, Contatto
• Materno-fetale
Serbatoio o vettore
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Zoonosi
Cibo/acqua/ambiente food-borne, water-borne
Sangue blood-borne
Insetti vettori vector-borne arthropod-borne
Infezioni nosocomiali
• Infezioni contratte in strutture
assistenziali
– non in atto né in fase di incubazione al
momento del ricovero
– possono manifestarsi dopo le dimissioni
Convergere di condizioni favorenti
il verificarsi di infezioni
Infezioni nosocomiali
• Esogene
– pazienti, personale, visitatori
– ambiente, alimenti, materiali, strumenti
• Endogene
• Infezioni crociate
• Patogeni opportunisti
• Multiresistenti
Ospite compromesso
soggetto con deficit di uno o più meccanismi di difesa
• In aumento
• Nuove situazioni di rischio infettivo
– patogeni opportunisti
– patogeni condizionati
• Maggiore gravità da patogeni primari
• Maggiore prevalenza da patogeni opportunisti
• Carica infettante più bassa
• Infezioni endogene
• Riattivazioni di inf. latenti infezioni crociate
• Infezioni esogene
Infezioni crociate
• Paziente-paziente
• Portatori
– visitatori
– personale medico e paramedico
Non adeguate misure di controllo
Non seguite norme igieniche
Infezioni nosocomiali
• urinarie
• post-chirurgiche
• respiratorie (basse vie respiratorie)
• del sangue (setticemia)
• intestinali
Diagnostica di laboratorio
Fase
• Pre-analitica
– raccolta del campione
• Analitica
– esame di laboratorio
• Post-analitica
– referto
Fase pre-analitica campione
• Richiesta
– paziente: nome, ecc…
– indicazioni sul paziente
– terapia in corso
– provenienza
– esame richiesto
per alcuni germi richiesta specifica
• Prelievo potenzialmente infetto
contenitore nell’apposita busta, con richiesta
• Conservazione
• Invio
Prelievo
• Sospendere terapia anti-infettiva
• Campione
– dalla sede di infezione o in relazione allo schema
patogenetico
– attenzione alla contaminazione da flora esogena o
endogena
– momento più opportuno
• rialzo febbrile
– quantità adeguata
• Modalità di prelievo in relazione alle
caratteristiche del germe
– anaerobi
• Conservazione ed invio
– temperatura
Prelievi per infezioni genito-urinarie
• Urina
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Tampone uretrale
Tampone cervicale, vaginale
Liquido prostatico
Liquido seminale
Secrezione balano-prepuziale
Urinocoltura
• Prelievo urina preferibilmente al mattino
– evitare prelievi a oltre 6 ore dall’ultima minzione
• Pulizia genitali esterni con acqua e sapone
• Diverse modalità
–
–
–
–
mitto intermedio
catetere
sacchetto adesivo
puntura sovrapubica
• Invio immediato, o frigo per 24 ore
– se con batteriostatici, temp ambiente per 24 ore
• Di norma
– Enterobatteri, Gram neg non fermentanti, Stafilococchi,
Enterococchi
• Richieste particolari da specificare
– Legionelle, Micoplasmi, Clamidie, Micobatteri, …
Emocoltura
Prelievo
• prima dell’inizio della terapia antiinfettiva o
immediatamente prima della successiva
somministrazione del farmaco
• disinfezione della zona di prelievo
– contaminazione da flora cutanea
• in flaconi appositi
– non disinfettare il tappo di gomma con iodofori
• invio immediato
Coprocoltura
Batteri, miceti
• in liquido di conservazione
• tal quale per sporigeni
Richiesta generica
Protozoi
• in formalina
Virus
• tal quale
• Salmonella, Shigella, Campylobacter,
Yersinia, Aeromonas
Richiesta specifica
• E. coli EPEC, ETEC, EIEC, VTEC
• Clostridium difficile, C. perfringens
• Miceti, …
• Virus (Rotavirus, Norovirus)
Campioni da sedi diverse
Cateteri vascolari
 contaminazione dalla zona di inserzione
• prelievo da vena periferica e direttamente dal catetere
Liquidi drenaggio da sedi di norma sterili
• prelievo dalla cavità
• prelievo dal tubo di drenaggio
Ulcere da decubito, ustioni
 strato superficiale colonizzato da flora endogena/esogena
• prelievi multipli con tampone
• prelievo profondo (biopsia, aspirato)
Ascessi
 pulizia e disinfezione della sede
• prelievo con siringa sterile del materiale purulento
– da trasferire nel contenitore idoneo
Campioni per infezioni respiratorie
Alte vie respiratorie
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•
Tampone
Tampone
Tampone
Tampone
Tampone
faringeo
nasale
naso-faringeo
orale
auricolare
Basse vie respiratorie
• Espettorato
• Lavaggio bronchiale,
bronco-alveolare
• Liquido pleurico
Talvolta indicata emocoltura