Documentazione e
Informazione sul Farmaco
CENTRO DI BIOTECNOLOGIE
Daniela Scala
[email protected]
La Società dell’Informazione e della
Comunicazione
La Società dell’Informazione e della
Comunicazione
La Società dell’Informazione e della
Comunicazione
Troppe informazioni =
nessuna informazione
Le riviste scientifiche
La pubblicazione della ricerca
Peer review (revisione tra pari)
pubblicati o rifiutati e generalmente inviati ad
un'altra rivista.
Altmann DG. The scandal of poor medical research. BMJ 1994;308:283-4.
Kassirer JP, Campion EW. Peer review. Crude and understudied, but indispensable. JAMA 1994;272:96-97.
Le riviste scientifiche
Il processo di revisione tra pari non è scevro da
difetti:
◊studi condotti in maniera adeguata non
sopravvivano alla peer review
◊viene pubblicata ricerca di scarsa qualità o che
addirittura riporta risultati errati.
Altmann DG. The scandal of poor medical research. BMJ 1994;308:283-4.
Kassirer JP, Campion EW. Peer review. Crude and understudied, but indispensable. JAMA 1994;272:96-97.
Le riviste scientifiche
La pubblicazione della ricerca
•Hwang WS, Roh SI, Lee BC, Kang SK, Kwon DK, Kim S, Kim SJ, Park SW, Kwon
HS, Lee CK, Lee JB, Kim JM, Ahn C, Paek SH, Chang SS, Koo JJ, Yoon HS, Hwang
JH, Hwang YY, Park YS, Oh SK, Kim HS, Park JH, Moon SY, Schatten G. Patientspecific embryonic stem cells derived from human SCNT blastocysts. Science.
2005 Jun 17;308(5729):1777-83. Retraction in: Kennedy D. Science. 2006
Jan 20;311(5759):335.
• Hwang WS, Ryu YJ, Park JH, Park ES, Lee EG, Koo JM, Jeon HY, Lee BC, Kang
SK, Kim SJ, Ahn C, Hwang JH, Park KY, Cibelli JB, Moon SY. Evidence of a
pluripotent human embryonic stem cell line derived from a cloned
blastocyst.Science. 2004 Mar 12;303(5664):1669-74.
Retraction in: Kennedy D. Science. 2006 Jan 20;311(5759):335.
•Kawasaki H, Taira K Induction of DNA methylation and gene silencing by short
interfering RNAs in human cells. Nature. 2004 Sep 9;431(7005):211-7.
Retraction in: Taira K. Nature. 2006 Jun 29;441(7097):1176.
Le riviste scientifiche
Come è possibile che riviste
accreditate di fama mondiale
pubblichino delle bufale?
Come garantire la riproducibilità
dell'esperimento, quale verifica di
validità scientifica?
Dalla ricerca all'informazione biomedica
Nature ha aperto un dibattito online e ha lanciato un esperimento
per testare un nuovo sistema di revisione: la open peer review.
Le riviste scientifiche
Rigore scientifico e tecnico dei lavori
referee
Originalità e valore
lettori dopo la pubblicazione.
Le riviste scientifiche
Tutta la comunità scientifica, non solo
professori di fama ma anche studenti
di dottorato e ricercatori a contratto,
spesso la parte più vivace e più attenta
alle innovazioni la eserciterà il controllo
delle pubblicazioni
Dalla ricerca all'informazione biomedica
La dimensione open access della
rete sembra essere la carta
vincente per garantire il
collettivismo nella crescita del
sapere scientifico come pure
nella revisione della validità e
della riproducibilità dei risultati.
il più importante portale italiano, che
ha al suo interno un motore di ricerca
che nell’ultimo periodo offre i risultati
della ricerca con la collaborazione di
Google.
La ricerca bibliografica
Il problema linguistico
complessità del linguaggio naturale e alla varietà di
modi esistenti per rappresentare un concetto.
La ricerca bibliografica
Neoplasia
Cancro
Tumore
possono essere usati dall’autore di un articolo sull’argomento
Per reperire quell’articolo esistono due possibilità:
utilizzare tutti e tre i termini
saper quale dei tre è stato adottato dal produttore della bd per
descrivere il contenuto dell’articolo, cioè per indicizzarlo con un
soggetto.
La ricerca bibliografica
Il problema informatico è legato al modo in cui
funziona un archivio elettronico.
Una semplice variante ortografica, come la coppia
ou/o nell’ortografia rispettivamente inglese e
americana, non sarà riconosciuta dal sistema se non
attraverso un comando simbolico che significhi
“accetta sia la dizione ou che la dizione o” all’interno
della parola.
La ricerca bibliografica
Tumour
o
Tumor ?
Il controllo della ricerca.
livello zero o assenza di
controllo
Né a livello linguistico, cioè di
rappresentazione del contenuto, né a livello
informatico, cioè in rapporto alla struttura
dell’archivio, viene attivata alcuna forma di
controllo nell’input e di conseguenza
nell’output.
Ricerca libera
effetto rumore o silenzio.
Il controllo della ricerca.
Parola-chiave
livello intermedio di
controllo
Termine significativo rispetto al contenuto di un
testo, ne rappresenta un aspetto centrale del
contenuto. Riportato al contesto degli archivi
elettronici, può essere soggetto a malintesi e
condurre a risultati non del tutto soddisfacenti.
Il controllo della ricerca.
Autore
Indica
all’editore le
parole-chiave
dell’articolo
Produttore
L’indicizzatore
può usare le
parole-chiave
indicate
dall’autore o può
aggiungerne
nuove o
modificarle
Utente
Ha un proprio bagaglio di
conoscenze e non può
sempre avere la certezza
che le parole chiave che
intende usare siano le più
corrette
Il controllo della ricerca.
Autore
Produttore
Utente
In ogni caso perché le citazioni pertinenti possano
essere recuperate, è necessario che i termini
considerati parole-chiave coincidano per tutti e tre i
soggetti.Questo non necessariamente avviene.
Il controllo della ricerca
Un thesaurus è un insieme di termini collegati tra di loro secondo
relazioni di vicinanza o appartenenza; un soggettario, dove un
concetto viene sempre ricondotto ad un unico termine, un
descrittore MeSH (Medical Subject Heading) indipendentemente
dalle varianti linguistiche che gli autori potrebbero utilizzare per
rappresentarlo.
I termini possono essere ricercati in un indice alfabetico
(Permuted Index) oppure visualizzabili nella posizione da
essi occupata all’interno della struttura gerarchica ad
albero. Questa parte dalle aree concettuali più ampie per
arrivare a soggetti più specifici.
Il controllo della ricerca
I MeSH possono essere major a secondo della
loro rilevanza nell’articolo indicizzato. I
subheadings sono qualificatori più specifici che
applicati ad un determinato descrittore ne
chiariscono l’ambito d’uso
Informazioni di carattere
bibliografico
Quale banca dati?
La scelta dipende dal tipo di quesito cui vogliamo
trovare risposta .
Sicuramente la principale e più famosa banca dati è
Medline, offerto gratuitamente dalla National
Library of Medicine di Bethesda nel Maryland. Essa è
la scelta consigliabile per rispondere ad esigenze di
studio, di ricerca o semplice curiosità professionale.
Il Medline
Il più importante database bibliografico della
National Library of Medicine (NLM).
Il Medline: la storia
1836: nasce la National Library of Medicine (NLM)
1865: un giovane chirurgo militare, John Shaw Billings, fu
mandato a Washington con l'incarico di occuparsi della
biblioteca.
1880: Billings pubblicò il primo volume dell'"Index-Catalogue
of the Library of the Surgeon General's Office".
1956: la NLM diventò un ente del Public Health Service
statunitense
Il Medline: la storia
1962: la libreria viene trasferita nel campus del National
Institute of Health a Bethesda, Maryland.
'60: iniziò il progetto MEDLARS, cioè la progressiva
digitalizzazione delle informazioni contenute nell'Index
Medicus.
1971: MEDLars on LINE (MEDLINE). Il sistema di ricerca
online ebbe un tale successo che vennero creati numerosi
databases quali CANCERLIT, TOXLINE e altri.
1976: il MEDLARS conteneva più di 3,5 milioni di citazioni.
Il Medline: la storia
1988: alla NLM venne istituito il National Center for
Biotechnology Information (NCBI) con lo scopo di sviluppare
nuove tecnologie a supporto dei ricercatori in campo
biomedico e genetico.
Pubmed è il servizio accessibile
gratuitamente, offerto dal
National Center for Biotechnology
Information (NCBI).
Database della National Library of Medicine
1. ELHILL Databases
AIDSDRUGS
AIDSLINE
AIDSTRIAL
AVLINE
BIOETHICSLINE
SERLINE
CANCERLIT
CATLINE
CHEMID
DIRLINE
DOCUSER
SPACELINE
HEALTHSYSTEM
HISTLINE
HSRPROJ
MEDLINE
MESHVOCABULRY
TOXLINE
OLDMEDLINE
PDQ
POLINE
PREMEDLINE
SDILINE
2.TOXNET Files
CCRIS
DART
TRIFACT
EMIC
ETICBACK
GENE-TOX
HSDB
TRI
RTEX
Caratteristiche di Medline
Origini: nasce come l’equivalente elettronico dell’Index Medicus, ma
include citazioni anche di altri indici a stampa.
Tipologia: fonte bibliografica di tipo secondario con rimando, cioè, alle
fonti primarie.
Settori
di
interesse:
medicina, infermieristica, odontoiatria,
medicina veterinaria, sistema sanitario, scienze precliniche.
Contiene circa 15 mln di citazioni di articoli scientifici dagli anni ’50 ad
oggi. Gli abstract sono presenti per il 76% degli articoli.
Permette l’accesso ai full text gratuitamente on line, negli altri casi
collega direttamente al sito della rivista.
Riviste indicizzate: circa 4600 tra quelle pubblicate negli USA (52%)
ed in altri 70 paesi.
Anno di inizio: 1966- solo citazioni, dal 1975- citazioni ed abstracts.
Aggiornamenti: settimanali con un incremento di circa 7000 nuove
citazioni.
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
2. scomposizione dell’argomento;
3. traduzione in inglese;
esecuzione della ricerca
4. individuazione dei termini MeSH;
5. selezione dei subheadings;
6. combinazione dei termini attraverso gli operatori booleani;
7. valutazione dei risultati.
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
“Cerco articoli che parlino del sangue dal naso in
rapporto all’ipertensione”
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
2. scomposizione dell’argomento;
Dividi il soggetto in concetti essenziali (es: sangue
dal naso, ipertensione)
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
3. traduzione in inglese;
epistaxis, hypertension
Metodologia della ricerca
Costruire la ricerca :
fase preliminare
1. messa a fuoco dell’argomento;
2. scomposizione dell’argomento;
3. traduzione in inglese;
esecuzione della ricerca
4. individuazione dei termini MeSH;
5. selezione dei subheadings;
6. combinazione dei termini attraverso gli operatori booleani;
7. valutazione dei risultati.
Come impostare la ricerca
Utilizzare il thesaurus MeSH che permette di:
ridurre la dispersione dei record sotto sinonimi,
di essere molto selettivi (con l'utilizzo delle sottovoci)
ridurre al minimo il "rumore" che si otterrebbe lavorando
solo con la parola libera (che viene infatti rintracciata in ogni
campo del record).
MeSH Database
Subheadings
MeSH Tree
Limits
Lo strumento "Limits" (Filtri) permette di orientare la
ricerca solo su alcuni campi. (per es. tipo di
pubblicazione, lingua, età, genere, uomo o animale, data
di pubblicazione
History
Results
Results
Ricerca complessa
Ricercare "complications associated with
hypertension" tramite l'Indice
Ricerca complessa
•cliccare su "Preview/index"
Ricerca complessa
•scegliere "MeSh Terms" dal menu a tendina
Ricerca complessa
•cliccare su "Index"
Ricerca complessa
•Selezionare "hypertension/complications" dalla
lista e evidenziarlo. Quindi cliccare sul
pulsante AND che permetterà di aggiungere il
termine sulla striscia di ricerca.
Ricerca complessa
Si può continuare a cercare altri termini in questo
modo e aggiungerli alla striscia di ricerca anche con
OR o NOT
Alla fine cliccare su “Go”
Ricerca complessa
“Cerco articoli che parlino degli effetti negativi dell’uso
dei sedativi”
Le parole chiave saranno: “sedatives” e “negative effects”
Per raffinare la nostra ricerca possiamo usare il MeSH
Database
Ricerca complessa
Uso il termine “Sedatives”, ma dal momento che non è un
termine MeSH, il programma mi mostrerà i termini simili e
anche dei suggerimenti (suggestions). Cliccare sul termine più
rilevante per la ricerca, in questo caso Hypnotics and
Sedatives. Si apre la pagina che mi mostra, oltre alla
definizione del termine, la struttura ad albero dei vari
concetti e i subheading (cioè i vari aspetti relativi a quel
concetto).
Ricerca complessa
Ricerca complessa