TECNICHE DELLA
RICERCA NELLE
BANCHE DATI ONLINE
Gaetano Grillo
Biblioteca “Rosmini” dei Corsi di Laurea Professioni Sanitarie
<[email protected]>
Corso di formazione Tutoriale – 4° ed.
Torino, 17 ottobre 2008
Il Programma di oggi
• Breve introduzione
• Medline (OVID)
• Cinahl (OVID)
• Embase (OVID)
• The Cochrane Library (OVID)
• Reperire la letteratura trovata
Le esigenze informative di
partenza
- Tenermi aggiornato
su un argomento?
- Tesi di laurea o altro
lavoro scientifico?
- Relazione per un
esame?
- Descrizione o gestione
di casi clinici?
- Relazione sulla
propria attività o su
quella del reparto?
- altro… ?
I tipi di documento:
-libri monografici
(trattati, manuali,
raccolte di saggi)
- periodici
- linee guida
- atti di congressi
- immagini (fisse e in
movimento)
- documenti
multimediali
altro...?
I formati
possono essere:
-Cartacei
- elettronici con
accesso locale (CDROM, Floppy disk,
…)
- elettronici con
accesso remoto (CDROM in rete, siti
Internet, fulltext
online)
Strumenti di ricerca
- Database bibliografici
- Cataloghi
- Subject gateways
- Motori di ricerca
- Mailing list e rispettivi archivi
- Forum di discussione
- Siti di associazioni professionali
Le fonti per la ricerca bibliografica online in ambito biomedico:
<http://www.lib.unito.it/web/tutorial/fonti.html>
I database: definizione
La gestione dell’informazione è lo
scopo principale di un database
Esso è un insieme di descrizioni
standard, strutturate e organizzate,
accessibile all'utenza attraverso
interfacce che ne permettano
l'interrogazione e il recupero di dati
Una tabella di database
Sono visibili i campi (colonne) in verticale
e i record (righe) in orizzontale
Relazione tra tabelle
Esempio di database relazionale, in cui le
tabelle sono collegate tra loro
Ricercare in un database
bibliografico
Vanno distinti:
- la struttura del database
- il software di IR
(= information retrieval,
recupero dell’informazione)
Cosa sono i database bibliografici?
Per ogni articolo viene prodotta una
citazione bibliografica che comprende
una serie di elementi (metadati).
Questi riferimenti bibliografici sono
relativi alla letteratura biomedica
(prevalentemente periodici)
Struttura del record o citazione
bibliografica (che deriva dallo spoglio di
articoli di riviste prese in considerazione dal
database)
campi
In un database bibliografico i
dati sono divisi in campi e
record.
MEDLINE: La NLM
• MEDLINE è la più importante banca dati
bibliografica mondiale di argomento biomedico e
contiene citazioni e abstract di più di 5000 riviste
biomediche (in 37 lingue) pubblicate negli Stati Uniti e
in altri 80 paesi
Prodotto dalla National Library of Medicine in lingua
inglese e contiene argomenti di medicina, infermieristica,
odontoiatria, medicina veterinaria …
Contiene oltre 16.000.000 di riferimenti bibliografici di
articoli pubblicati su riviste dal 1950 a oggi
Aggiornamento quotidiano
E‘ gratuita tramite l‘interfaccia di Pubmed dal 1997
Caratteristiche di MEDLINE 1
• Lingua
d’interrogazione è l’inglese, anche
per reperire riferimenti ad articoli
pubblicati in lingue diverse (il titolo
dell’articolo, in questi casi, è tradotto in
inglese)
• Presenza di abstract: tutti i riassunti
presenti sono in inglese, indipendentemente
dalla lingua in cui è scritto l’articolo
• Frequenza
di aggiornamento? Quotidiana;
ogni giorno vengono aggiunti 2000 – 4000
nuovi record. Nel 2007, ne sono stati
aggiunti 670.000.
Caratteristiche di MEDLINE 2
• Tipo
di documenti indicizzati: articoli
di rivista (gli atti di congresso
compaiono solo se pubblicati su
riviste).
• Copertura
geografica: circa il 50%
degli articoli appartiene a riviste
pubblicate negli Stati Uniti, il restante
50% a riviste pubblicate in 80 altri
Paesi
• Copertura
linguistica: il 78% degli articoli
indicizzati in MEDLINE è scritto in lingua
inglese, ma questa percentuale sale all’89%
per gli articoli inseriti tra 2000 e 2003
Caratteristiche di MEDLINE 3
•
Quali tipi di studio si trovano?
• Tendenzialmente
tutti quelli pubblicati sulle riviste:
lettere che esprimono opinioni
• report di casi singoli o di più casi
• studi qualitativi
• sperimentazioni non controllate
• studi di eziologia, studi prospettici
•
• sperimentazioni precliniche e cliniche controllate:
studi caso-controllo, sperimentazioni randomizzate controllate, ecc.
• Revisioni narrative e sistematiche
• Linee guida
Esistono diverse piattaforme per
interrogare il database MEDLINE:
Gratuite : Entrez PUBMED
A pagamento: OVID
In OVID e in PUBMED sono interrogabili anche altre
banche dati.
OVID è accessibile da tutti i PC aziendali e universitari
Da casa: tramite il proxy (Nome utente e password sono gli stessi
usati per l'accesso al servizo di posta elettronica dell'Ateneo)
accesso alle banche dati dal sito
della biblioteca „Rosmini“
accesso alle banche dati dal sito
della facoltà di Medicina e chirurgia
accesso alle banche dati da
casa tramite proxy università
Varie sezioni di
Medline
Ricerca di base
Entro nel tesauro
Come ritrovare
un articolo, un
autore…
Finestra di
ricerca di base
Avvio la ricerca
Ricerco tra i vari
campi del record
Vado in ricerca
avanzata
Struttura
di una
citazione:
autore (fino a 25 cognomi);
titolo dell'articolo
alcuni
elementi
fonte bibliografica (titolo della
rivista, volume, fascicolo, pagine,
anno, mese)
descrittori di soggetto (MeSH)
Riassunto del documento
Struttura
di una
citazione:
alcuni
elementi
tipo di pubblicazione (ad es.
lettera, editoriale, rassegna).
lingua originale in cui l'articolo è
stato pubblicato
I descrittori di soggetto:
I MeSH, ("Medical Subject Headings")
MESH è l'acronimo di Medical Subject Headings,
ovvero intestazioni di soggetto per la medicina e servono
ad identificare i termini più appropriati per la ricerca.
Ne esistono circa 24,767 (ott. 2007) e
sono scelti da specialisti di ogni area
della biomedicina.
L’albero
MeSH
Si tratta di un tesauro … (Thesaurus =
vocabolario controllato).
I suoi descrittori fanno parte di una
struttura gerarchica che permette di
ricercare a vari livelli di specificità.
Breve descrizione del
termine MeSH
broader terms
narrower terms
Termine del MeSH
(descrittore di soggetto)
i termini sono disposti in una gerarchia
“ad albero”, in cui i “broader terms”
(termini più generali) contengono i
“narrower terms”, termini più ristretti)
I MeSH, ("Medical Subject Headings")
Breve descrizione del MeSH che permette di valutare la scelta
Gli articoli sono indicizzati utilizzando questo tesauro e quindi:
i termini sono in forma normalizzata (tutti i sinonimi sono
ricondotti ad un unico termine accettato. Es: ulcer, pressure –
bed sore – decubitus ulcer – sore pressure – sore, pressure …
“Pressure ulcer”)
i termini sono collegati con una rete di rinvii.
In particolare:
“vedi”: rinvio da voce non accettata a voce accettata: es.:
“ diseases, skin”  vedi Skin Diseases oppure
“Vedi anche”: per i termini, entrambi accettati, che hanno una
relazione importante. es.: Skin Diseases vedi anche
Dermatologic Agents / Skin Manifestations
Conoscere la struttura dei MeSH può
essere molto utile per elaborare una
ricerca efficace
MeSH relativo
Categoria principale
Le 16 categorie principali del MeSH :
1. Anatomy [A]
2. Organisms [B]
3. Diseases [C]
4. Chemicals and Drugs [D]
5. Analytical, Diagnostic and Therapeutic
Techniques and Equipment [E]
6. Psychiatry and Psychology [F]
7. Biological Sciences [G]
8. Natural Sciences [H]
9. Anthropology, Education, Sociology and
Social Phenomena [I]
10. Technology, Industry, Agriculture [J]
11. Humanities [K]
12. Information Science [L]
13. Named Group [M]
14. Health Care [N]
15. Publication Characteristics [V]
16. Geographicals [Z]
I MeSH : accorgimenti
I MeSH non sono disponibili su:
• premedline
• “record as supplied by publisher”
I MeSH non vengono creati per argomenti che ricorrono raramente
I MeSH non esistono ancora per i termini “nuovi”
N.B. In tutti questi casi usare la ricerca libera con operatori logici.
RIASSUMENDO:
Ogni articolo indicizzato riceve un certo numero di descrittori MeSH che
definiscono il suo intero contenuto semantico.
Alcune voci di soggetto hanno una particolare rilevanza (indicate, nei
record bibliografici, con l'asterisco (*)). Queste voci si ricercano
specificando come qualificatore [MAJR] (Focus).
PRIMA DI INIZIARE LA
RICERCA FORMULARE IL
QUESITO USANDO IL PICO
Patient group(s) (paziente)
Il quesito riguarda chi o che cosa (problema)?
Intervention (intervento)
Che cosa è stato fatto o succede ai pazienti?
Comparison(s) (comparazione)
Che cosa potrebbe essere fatto in alternativa?
Outcome(s) (esito)
Come influisce l’intervento sulla popolazione/pazienti?
ricerca di base
ricerca di base
Inserisco una o più parole libere per la ricerca
Storia e risultati della ricerca
Posso utilizzare i risultati per trovare una citazione vicina al mio
argomento di ricerca e poi andare in ricerca avanzata per cercare i
termini (descrittori di soggetto) che trovo nel campo dei Mesh
Oppure ….. inserisco sempre la stessa parola libera e il
DB mi suggerirà un termine del tesauro dei Mesh
Ricerca avanzata
il DB suggerisce a quali termini MeSH si lega,
e seleziono il termine che mi interessa
Parola libera inserita
L’albero
MeSH
I SUBHEADINGS
Le "sotto-intestazioni" rappresentano un aspetto particolare del
singolo descrittore MeSH a cui si applicano. Sono utili per
rendere efficace una strategia di ricerca.
Se cerchiamo, ad esempio, una sostanza farmacologica, potremmo
essere interessati a circoscrivere i risultati della ricerca all'aspetto
tossicologico, oppure agli effetti collaterali, al suo uso diagnostico o
terapeutico, al suo assorbimento e metabolizzazione da parte
dell'organismo, agli avvelenamenti, alla posologia, e via dicendo.
Non tutti i subheadings sono applicabili a tutti i MESH
Possiamo restringere i risultati della nostra
ricerca utilizzando il bottone dei limiti
i “Limits”: come limitare una ricerca
Scelta limiti metodologici
Scelta limiti veloce,
es: solo Full Text
Normalmente conviene sempre partire da una ricerca più
ampia e poi restringerla con l’aiuto dei limiti, ad es. :
• per gruppi d’età (attenzione alle definizioni!)
• per data di pubblicazione dell’articolo
• per data d’inserimento del record nel database (Entrez
date, per le novità)
I limiti metodologici
Possono indicare il tipo di pubblicazione, ad es.:
Clinical Trial
Editorial
Randomized Controlled Trial
Servono a individuare il livello di evidenza presentato in uno studio
Ottenuto il risultato della ricerca posso salvare le
citazioni attraverso il “Results Manager”
Posso salvare i records selezionati o tutti
Posso scegliere quali campi del record salvare
Includere la storia della ricerca e salvare tutte le
citazioni bibliografiche in formato testo
L’uso degli operatori
boleani: AND, OR, NOT
• Per una buona strategia di ricerca utilizzando i MeSH è
necessario l’uso metodico degli operatori logici boleani.
• La combinazione di AND, OR e NOT per associare più termini nella stessa
ricerca, permette di risolvere il problema dei risultati con troppi record (è sbagliata
l’idea che tanti articoli recuperati equivalgano ad una buona ricerca)
Per comprendere l'"algebra" booleana (AND, OR e NOT) si tengano presenti le
seguenti relazioni grafiche:
L'AND "restringe" l'insieme ai risultati comuni ad un secondo insieme a AND b
l'OR lo "allarga" sommandovi il
secondo insieme
a OR b
In pratica:
• l’AND equivale
ad un'intersezione;
• l'OR ad una
sommatoria;
• il NOT ad una
sottrazione.
il NOT elimina dal primo quanto
appartiene anche al secondo
a NOT b
CINAHL : che cosa contiene?
CINAHL
Il Cumulative Index to Nursing & Allied Health è un database
comprendente riferimenti bibliografici da pubblicazioni appartenenti
alle discipline infermieristiche e alle scienze alleate
Discipline collaterali:
Le varie specialità
dell’infermieristica:
Chirurgia
Chirurgia plastica
Fisioterapia e
riabilitazione
Gastroenterologia
Ginecologia
Nutrizione e dietetica
Oncologia
Assistenza medica
Optometria
Pediatria
Pronto soccorso
Servizio sociale
nella cura della salute
Tecnica radiologica
Terapia occupazionale
Tecnica chirurgica
Ricorda: Ogni DB presente in OVID ha
la stessa interfaccia di interrogazione
CINAHL: : un po’ di storia
E’ tra i più vecchi e completi repertori
bibliografici delle scienze infermieristiche
Prodotto dall’American Nurses Association e dalla National
League for nursing
Nato nel 1961 (indicizzando 35 periodici) con il nome di
CINL vede la sua veste definitiva nel 1977, integrato con la
letteratura di discipline collaterali
CINAHL: contenuti
Copertura temporale: dal 1982 in poi
Copertura geografica: Africa, Asia, Australia, Canada, Europa,
Sud America, Regno Unito e Irlanda, Stati Uniti
Indicizza 2,593 riviste, di cui 1,798 includono il riassunto
dell’autore;
cita inoltre: tesi, linee guida (a volte in testo completo), atti di congressi,
materiali audiovisivi, software e libri
Sono presenti 1,328,745 record (dato dic. 2006)
Il database è indicizzato con un tesauro. Il 70% del CINAHL
subject headings (12,414 ) corrisponde ai MeSH del
MEDLINE; gli altri termini sono specifici per l’infermieristica e
le scienze alleate
Inserisco sempre la parola libera e il DB mi suggerirà un
termine del tesauro di CINAHL
•Dal 1/1/2009 CINAHL, la banca dati per le scienze
infermieristiche attualmente consultabile attraverso OVID,
migrerà su una nuova piattaforma gestita da EBSCO
•In previsione di tale cambiamento è stato attivato, fino al
31/12/2008, un trial sulla versione "base" e su quella
"Plus" della banca dati. L’accesso è disponibile
collegandosi, da tutti gli IP di Ateneo, all'indirizzo:
http://search.ebscohost.com
Embase: che cosa contiene?
•Banca Dati bibliografica che copre i settori della medicina,
con particolare riguardo alla farmacologia e alla tossicologia
•Piú di 11.000.000 records a partire dal 1974 (nella versione
OVID dal 1988)
Indicizza 5000 riviste, di prevalenza europea
aggiornamenti giornalieri
•Europa
Thesauro: EMTREE (52,500 termini)
•A pagamento
Paragone tra EMTREE e MeSH
The Cochrane Library
La Cochrane Library é una pubblicazione elettronica finalizzata a
rendere disponibile la migliore evidenza per le domande terapeutiche.
E’ il principale prodotto della Cochrane Collaboration e raccoglie tutte
le sue revisioni sistematiche (RS) prodotte ed i protocolli delle revisioni
in corso.
“Si tratta di un'efficiente e valida fonte di informazione per
professionisti impegnati in scelte di governo clinico, utili nell'orientare
le attività mediche ed infermieristiche, nell'educazione continua e
nell'organizzazione dei servizi”
Cochrane Database of Systematic Reviews
(Cochrane Reviews)
Le revisioni Cochrane sono esclusivamente revisioni di studi clinici randomizzati,
identificati su tutte le più importanti riviste mediche pubblicate nelle diverse lingue.
L’inclusione o l’esclusione degli studi è basata su espliciti criteri di qualità in modo da
ridurre gli errori sistematici. Total Records 5171
Spesso i dati vengono combinati statisticamente (con le meta-analisi) per raggiungere
risultati più affidabili ( a volte i singoli studi includono casistiche troppo piccole).
Nuove revisioni sono rese disponibili ad ogni edizione della Cochrane Library con
l'obiettivo finale di coprire tutte le aree della assistenza sanitaria.
Database of Abstracts of Reviews of Effectiveness
(DARE)
Il DARE contiene 5758 abstract strutturati di revisioni sistematiche pubblicate sulle
maggiori riviste mediche e analizzate qualitativamente da esperti del NHS Centre for
Reviews and Dissemination della University of York, Inghilterra. Total Records 7048
The Cochrane Centre Register of Controlled
Trials (CENTRAL)
E’ una bibliografia di 479.462 trial clinici identificati dai membri della Cochrane
Collaboration tramite la ricerca manuale delle riviste biomediche internazionali. Lo
scopo finale è creare una banca dati esaustiva degli studi clinici controllati.
CENTRAL si basa sull'esame sistematico di atti dei congressi e su molte altre fonti
non incluse in MEDLINE o in altre banche bibliografiche. Total Records 527,885
Health Technology Assessment Database (HTA)
Questa banca dati, prodotta dal NHS Centre for Reviews and Dissemination della
University of York, raccoglie informazioni in merito a studi internazionali di health
technology assessment. Contiene record riferibili a studi già completati o in corso. I
riassunti provengono dall’International Network of Agencies for Health Technology
Assessment (INAHTA) ed hanno un carattere più descrittivo che analitico. Non
riportano valutazioni critiche del contenuto. Total Records 7177
NHS Economic Evaluation Database (NHS EDD)
L’ NHS Centre for Reviews and Dissemination della University of York produce
questa banca dati di 19.722 riassunti sulla valutazione economica degli interventi
sanitari.. Total Records 22,978
Un po‘ di storia
1972 Archie Cochrane (Epidemiologo)
sosteneva l‘importanza di creare un registro
centrale internazionale di studi clinici in
particolare quelli Randomizzati, i soli che
erano il più possibile esenti da “bias”.
Egli scriveva:“E' davvero una critica giusta
quella che viene fatta alla nostra professione,
di non aver organizzato un sommario critico,
specialità per specialità, aggiornato
periodicamente, di tutti gli Studi
Randomizzati Controllati rilevanti”.
Alcuni anni dopo la sua morte questa
riflessione portò alla creazione della
Cochrane Collaboration
La Cochrane Collaboration é una rete internazionale di scienziati e medici. Il fine
di questa istituzione é di produrre revisioni sistematiche per poter valutare terapie,
tenerle aggiornate e diffonderle
La Cochrane Collaboration è un organizzazione senza scopo di lucro
Le revisioni vengono prodotte da diversi gruppi di revisione
Esempi di gruppi di revisione
• Anaesthesia Group
• Back Group
• Bone, Joint and Muscle Trauma Group
• Breast Cancer Group
• Childhood Cancer Group
• Colorectal Cancer Group
• Consumers and Communication Group
• Cystic Fibrosis and Genetic Disorders Group
• Dementia and Cognitive Improvement Group
• Depression, Anxiety and Neurosis Group
• Developmental, Psychosocial and Learning
Problems Group
• Drugs and Alcohol Group
Medline
(in OVID)
CINAHL
(in OVID)
EMBASE
(in OVID)
CHOCHRANE
LIBRARY
(in OVID)
16.000.000
dal 1950
1.328.000
dal 1982
11.000.000
dal 1988
594.559
5.000 riviste
2.600 riviste
5.000 riviste
Fonti diverse
angloamericana
internazionale
europea
internazionale
MeSH
CINAHL headings
EMTREE
keywords
Parola libera
Articoli di riviste
Articoli di riviste,
libri, tesi,
audiovisivi
Articoli di
riviste
Revisioni
sistematiche, studi
clinici
Biomedicina,
infermieristica,
odontoiatria,
medicina
veterinaria
Infermieristica e
scienze affini
Biomedicina,
farmaci e
farmacologia
Terapie
Linee Guida per la pratica clinica:
NGC - National Guideline Clearinghhouse
E’ un database di linee guida americane
Tutte hanno un abstract strutturato
Di alcune esiste anche il full text
Una certa quantità *non* si trova in PubMed
(non sono pubblicate su riviste)
Navigabili per:
Disease/Condition
Treatment/Intervention
Organization
Usare la “detailed
search”
Altre risorse: NELH's Guidelinesfinder (FT gratuito)
Programma Nazionale Linee Guida
OVID: manuali online
•In OVID ho la possibilità di
accedere a 41 libri in versione
elettronica, di cui 22 hanno
pertinenza infermieristiche
OVID: manuali online
In OVID ho la possibilità di accedere a 41 libri in
versione elettronica, di cui 22 hanno pertinenza
infermieristiche
I cataloghi delle biblioteche
Come recuperare la documentazione scientifica selezionata?
Nei cataloghi cartacei e in linea delle biblioteche biomediche trovo
principalmente i riferimenti bibliografici a libri, periodici cartacei ed
elettronici.
Attraverso il sito della Biblioteca del Rosmini accesso a:
• Catalogo periodici della Biblioteca del Rosmini
• Catalogo periodici Biblioteche biomediche Università di Torino (OCAP in
dismissione)
• TROVA@unito (per le riviste disponibili in formato elettronico dell‘Ateneo di Torino)
• Catalogo periodici e dei libri delle Biblioteche d’Ateneo di Torino
I cataloghi delle biblioteche
Ulteriori strumenti di recupero dell’informazione:
CATALOGO ITALIANO DEI PERIODICI (ACNP)
LibrinLinea (SBN - Catalogo collettivo delle biblioteche della Regione
Piemonte)
SBN-ONLINE Catalogo collettivo delle biblioteche nazionale
I Periodici elettronici
Strumento utile per reperire i loro siti è la lista alfabetica del PEB
(Periodici Elettronici Biomedici) creata da bibliotecari biomedici
Il periodico elettronico, in alternativa al formato cartaceo, fornisce il testo
completo di un documento (solitamente per leggere a video un articolo è
preferibile usare il formato HTML e per la stampa il formato PDF)
I Periodici elettronici
Possibilità d’accesso al full-text (testo integrale):
Gratuita es.: BMJ (Vedi lista dei periodici elettronici biomedici ad accesso
gratuito Free Medical Journal )
A pagamento con licenza o abbonamento:
Nella nostra realtà istituzionale, le riviste elettroniche biomediche (e non)
dell’Ateneo di Torino (le licenze con gli editori)* sono disponibili in
TROVA@unito e solo per le riviste biomediche (fino a giugno 2008) in OCAP
*Per accedere ai FT dei periodici elettronici occorre andare in biblioteca,
oppure consultarli dai computer dell’Università e delle Molinette (solo accesso
al testo integrale di OVID FULL TEXT) oppure da casa tramite l’ uso del
servizio “Off Campus Library”
Le risorse di PREFERITO
coprono anche i siti infermieristici selezionati dalla biblioteca
del Rosmini.
RISORSE INTERNET SELEZIONATE