Case studies
Reaxys
Elena Bernardini
Esempio n. 1
Cercare delle sostanze che abbiano una
Biblioteca centrale di Farmacia
– densità compresa tra 0,9-1,1 g/cm3
– Viscosità compresa tra 0,2-0,12 Poise
(g/cm*s)
– Tensione superficiale compresa tra 55-65
dyn/cm
Tutti questi parametri sono da considerarsi a
20° C
DN.DEN=‘0,9-1,1’ PROXIMITY DEN.T=’20’ AND
DV.DV between 0,2 and 0,12 PROXIMITY
DV.T=’20’ AND ST.ST=’55-65’ PROXIMITY
ST.T=’20’
Esempio n. 2
Biblioteca centrale di Farmacia
Cercare tutte le strutture bicicliche con le
seguenti caratteristiche
Anelli del tipo 6-6, 6-5, 5-5
Gli atomi possono essere C,N, O o S
Possono essere anche aromatici
Esempio n. 3
Biblioteca centrale di Farmacia
Cerco informazioni sulla sublimazione di
composti come in figura a pressione
atmosferica
Disegnare la struttura del composto, quindi
nelle proprietà avanzate impostare la
pressione di sublimazione a 760 mmHg
Esempio n. 4
Biblioteca centrale di Farmacia
Sintetizzare dei pirroli 4-eteroaril-3 sostituiti
utilizzando come solvente l’etanolo,
possibilmente con una resa superiore al 85%.
Vorrei che almeno uno dei reagenti fosse
disponibile per l’acquisto. Come si può fare?
Esempio n. 5
Biblioteca centrale di Farmacia
Identificazione di alcuni composti attivi come
antimicobatterici, di derivazione naturale
Recuperare degli spettri relativi alle stesse
sostanze
Come fare?
Ricerca di spettri di farmaci
Ricerca per proprietà:
Properties (Form-based)
1
3
2
1. Selezionare la
ricerca per proprietà
(Form-based)
2. Cercare le
caratteristiche
identificative di
interesse
2
3. Lanciare la ricerca
Biblioteca centrale di Farmacia
1
Biblioteca centrale di Farmacia
Ricerca per proprietà: Properties
(Advanced)
3
2
Anituberculotic effect è un altro
termine con cui cercare
antimycobacterial activity si
possono cercare in OR
1. Selezionare la ricerca
per proprietà
(Advanced)
2. Scrivere nel campo
Check Syntax
3. Lanciare la ricerca
Combinazione dei risultati delle
ricerche
Biblioteca centrale di Farmacia
Utilizzando la History è possibile combinare
in vario modo i risultati di 2 o più ricerche
effettuate
Filtrare i risultati di una ricerca
2
Biblioteca centrale di Farmacia
1
1. Selezionare il filtro
sui prodotti
naturali
2. Lanciare la ricerca
3. Visualizzare i
risultati
Biblioteca centrale di Farmacia
Esempio n. 6
La reazione thio-Michael porta alla
formazione di legami carbonio-zolfo
attraverso l’addizione dello zolfo
nucleofilo sul centro elettrofilo di un
alchene
Molte molecole chirali contenenti legami C-S
hanno dimostrato proprietà farmacologiche
Cercare delle sintesi in ambiente acquoso
con catalizzatori come b-ciclodestrina o
albumina serica bovina
Addizioni stereoselettive thio-Michael
1
Biblioteca centrale di Farmacia
2
1. Disegnare lo schema della
reazione di interesse
utilizzando l’editor
configurato
3
4
2. Selezionare le voci di
interesse
3. Lanciare
la ricerca
December 19, 2015
4. Attendere la risposta
Slide 12
Filtrare i risultati della ricerca
Biblioteca centrale di Farmacia
3
1
December 19, 2015
2
Applico al set di risultati il
filtro sul solvente H2O
1.Selezionare il solvente
2.Limitare la ricerca
13
3.Attendere laSlide
risposta
Il filtro sui risultati (catalizzatore)
Biblioteca centrale di Farmacia
1
2
Applico al set di risultati il
filtro sul catalizzatore
1.Selezionare il catalizzatore
2.Aprire l’elenco completo
3.Lanciare la ricerca
3
2
Biblioteca centrale di Farmacia
1
3
1. Risultati della ricerca
2. Briciole di pane per ritornare
indietro ai passi precedenti
3. Visualizzare i dettagli del
prodotto della reazione
Esempio n. 7
Cercare composti contenenti il Vanadio (V)
Biblioteca centrale di Farmacia
IDE.MF=‘*V*’
Esempio n. 8
Biblioteca centrale di Farmacia
Cercare composti naturali con proprietà
antimalariche associate ad alcune piante
Genus:
–
–
–
–
–
–
Cunonia
Dysoxylum
Croton
Garcinia
Calophyllum
Morinda
PHARM.E = 'anti-malaria';'anti-malarial
activity';'anti-malarial' AND INP.INP =
'*cunonia*' ; '*dysoxylum*' ; '*croton*' ;
'*garcinia*' ; '*calophyllum*' ; '*morinda*'
Esempio n. 9
Trovare ligandi per il solco minore del DNA
con bassi valori di IC50. Esistono composti
isolati da fonti naturali?
Biblioteca centrale di Farmacia
Questo quesito ha vari approcci possibili
•
Cerco nei basic Index
BI.BISUB = 'minor' NEXT BI.BISUB = 'groove' PROXIMITY
BI.BISUB = 'bind*'
Quindi applico il filtro sulle sostanze naturali
Biblioteca centrale di Farmacia
• Oppure effettuo tutta la ricerca nelle proprietà
BI.BISUB = 'minor' NEXT BI.BISUB = 'groove' PROXIMITY
BI.BISUB = 'bind*' PROXIMITY PHARM.TY = 'ic50’
• Oppure effettuo la ricerca partendo dalla
letteratura e applicando i filtri
Citation Basic Index: 'minor AND groove AND bind*') AND
(Publication Year: All years) filtered by Natural Product
available filtered by Bioactivity
Esempio n. 10
Biblioteca centrale di Farmacia
Cercare reazioni catalizzate da complessi
cationici del Rodio (I). Un esempio di
catalizzatore di questo genere è bis(1,5cyclooctadiene)rhodium (I)
Biblioteca centrale di Farmacia
Disegnare la struttura da ricercare
Dopo aver disegnato la
struttura nell’editor
trasferirla nella schermata di
ricerca
1
1. Copiare la molecola
nel reaction tab
Biblioteca centrale di Farmacia
Biblioteca centrale di Farmacia
1
3
2
December 19, 2015
Applico al set di risultati il filtro
sul catalizzatore
1.Selezionare le caratteristiche
del composto
2.Impostare ulteriori filtri
Slide 23
3.Lanciare la ricerca
Quando si esegue
una ricerca per
"similarity" i risultati
vengono prima
presentati in formato
riassunto. 1. cliccare
per vedere
2. dettaglio dei
risultati
1
2
December 19, 2015
Slide 24
Biblioteca centrale di Farmacia
Esempio n. 11
Biblioteca centrale di Farmacia
Disegnare con l’editor di Reaxys la seguente
struttura
Questo legame si ottiene
selezionandolo, tasto destro del
mouse, edit bondany
Cercare i catalizzatori nel db che hanno
questa struttura
Biblioteca centrale di Farmacia
Disegnare la molecola e selezionare la
funzione di Catalyst nel Search text in all
facts
Esempio n.12
Biblioteca centrale di Farmacia
Cercare le sostanze riportate all’interno di
una lista di brevetti e da queste esportare i
dati sugli enzimi con i valori di IC50
Biblioteca centrale di Farmacia
Una lista di brevetti si importa da un file di
testo con il formato
CIT.PN=ep1193256;ep1193252;wo200/123113
;us101004
Quindi Load Query/Batch dal file
In questo modo vengono cercati i documenti
desiderati
Successivamente si selezionano i dati di
interesse per l’output. Prima di fare
l’output, selezionare i filtri di interesse sulla
Bioactivity e su IC50
Esempio n. 13
Formazione di una catena di-npropilamminoetilica su un anello condensato
Biblioteca centrale di Farmacia
Vorresti cercare in Reaxys reazioni simili e vedere
le procedure sperimentali e i dettagli di reazione,
per trovare la sequenza migliore e più veloce per
ottenere il tuo risultato.
Sei anche interessato agli aspetti di sicurezza,
reattività, costo dei reagenti utilizzati
Esempi di addizione per
di-n-propilammina
Biblioteca centrale di Farmacia
Risultati ottenuti
Si ottengono varie
reazioni:
prendiamo 2
differenti
sostituenti
1. bromo
2. tosil
Biblioteca centrale di Farmacia
Esplorare le procedure sperimentali
Biblioteca centrale di Farmacia
La procedura sperimentale contenuta in un
brevetto è nel record di Reaxys e spiega
esattamente come condurre l’esperimento
Biblioteca centrale di Farmacia
I brevetti in Reaxys
I record dei brevetti possono anche includere
informazioni del frontespizio come il Patent
family members (tutti i numeri del brevetto,
il numero di applicazione), codici di genere,
reazioni, sostanze, comprese le strutture
Markush
Biblioteca centrale di Farmacia
Esempio di brevetto in Reaxys
Quali altri metodi sono
stati usati per sintetizzare
questa sostanza?
Il record di questa
sostanza contiene
ulteriori informazioni.
Oltre alle proprietà
visualizzabili in Reaxys si
può trovare una lista di
38 preparazioni
Biblioteca centrale di Farmacia
Quali altri metodi sono
stati usati per sintetizzare
questa sostanza?
Biblioteca centrale di Farmacia
Creare un Synthesis
Plan (1)
Dopo aver selezionato una reazione, pianifica il
tuo percorso personalizzato per ottenere il
prodotto cliccando il link “Synthetize”, per
visualizzare o pianificare lo schema di reazione
Biblioteca centrale di Farmacia
Creare un Synthesis
Plan (2)
Clicca sul link Synthetize per vedere e
selezionare le reazioni del secondo step
Trova dei modi per sintetizzare
il precursore bromoetilico
Biblioteca centrale di Farmacia
Synthesis Plan: i reagenti
Guarda i reagenti e i
catalizzatori per
ciascuno step e il link
ai dati sui reagenti e
il catalizzatore
Yield
Biblioteca centrale di Farmacia
Step 2
Conditions
1
Stage #1: in water; acetonitrile T=065– 70 C;1.25 h;
50% Stage #2: With hydrogen chloride in water pH=2
Show Experimental Procedure
2
95%
With Sodium hypophosphite; palladium on activated
charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating
With Sodium hypophosphite; palladium 10
88.97%
percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate
1h Heating/reflux; Show Experimental Procedure
References
Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1
2005 Locate inPatent Page/Page column 23
Title/ Abstract Full Text
Show Details
Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et
al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875882 Title/Abstract
Full Text View Citing Articles Show
Details
Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1
2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract
Full Text
Show Details
Quanto è sicuro questo
reagente?
Hazmat Navigator permette di
visualizzare i rischi di reazione,
ma non abbiamo l’abbonamento
L’evaporazione di soluzioni
acquose per riscaldamento può
causare esplosioni, si sviluppa
fosfina
Biblioteca centrale di Farmacia
Synthesis Plan: le fonti
Aggiungi un 3° step del tuo
piano: ciclizzazione del betanitrostirene a 3cloroossiindolo indotta da
cloruro ferrico.
Yield
1
50%
2
95%
Biblioteca centrale di Farmacia
Step 3
Conditions
Stage #1: in water; acetonitrile T=065– 70 C; 1.25 h; Torrent Pharmaceuticals LTD
Stage #2: With hydrogen chloride in water pH=2
2005 Locate inPatent Page/Page column 23
Show Experimental Procedure
Title/ Abstract Full Text
Show Details
With Sodium hypophosphite; palladium on activated
charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating
With Sodium hypophosphite; palladium 10
88.97% percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate
1h Heating/reflux; Show Experimental Procedure
3
53%
References
Vedi il full text
dell’articolo....
.....o vedi la lista di
articoli che citano
questo
Patent: WO2005/
80333 A1
With iron (III) chloride; acetyl chloride in dichloromethane T=0 – 5 C; 3 h;
Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.;
et al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p.
875-882 Title/Abstract
Full Text View Citing Articles
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Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1
Torrent Pharmaceuticals LTD
2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/
Patent:
A1, 2005
Abstract Full
TextWO2005/80333
Show Details
Location in Patent: Page/Page column 22;
Title/ Abstract
Full Text
Show Details
Hayler, J.D. Howie,
S.L.B.;Giles,
R.G.; Negus,
A; Oxley, P.W.;
et al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p.
875-882 Title/ Abstract Full Text View Citing Articles
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La lista di articoli che citano:
“Some Synthetic Approaches to Ropinirole (SK and F 101468-A): A
Potent Dopamine Receptor Agonist ”
Biblioteca centrale di Farmacia
può essere visualizzata in Reaxys
Il progetto
Step 4
Yield
1
2
Biblioteca centrale di Farmacia
Aggiungi lo step
finale allo
schema di
reazione
Conditions
Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1
2005 Locate inPatent Page/Page column 23
Title/ Abstract Full Text
Show Details
With Sodium hypophosphite; palladium on activated
95% charcoal in ethyl acetate 0.583333h; Heating
Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et
al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875882 Title/Abstract Full Text View Citing Articles Show Details
88.97%
With Sodium hypophosphite; palladium 10
percent on activated carbon in H2O; ethyl acetate
1h Heating/reflux; Show Experimental Procedure
3
4
References
Stage #1: in water; acetonitrile T=065– 70 C;1.25 h;
50% Stage #2: With hydrogen chloride in water pH=2
Show Experimental Procedure
53% With iron (III) chloride; acetyl chloride in dichloroMethane T=0 – 5 C; 3 h;
With Sodium methylste in methanol
80% T=0 C; 1h
Torrent Pharmaceuticals LTD Patent: WO2005/ 80333 A1
2005 Locate inPatent Page/Page column 23 Title/ Abstract
Full Text
Show Details
Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et
al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875882 Title/Abstract
Full Text View Citing Articles Show
Details
Hayler, J.D. Howie, S.L.B.;Giles, R.G.; Negus, A; Oxley, P.W.; et
al. Journal of Heterocyclic Chemistry, 1995, Vol 32, #3 p. 875882 Title/Abstract
Full Text View Citing Articles Show
Details
Sintetizzare o
comprare?
NMR
IR
Melting Point
Crystal Property Description
Usa i dati analitici in Reaxys e confrontali con le tue sostanze sintetizzate
Biblioteca centrale di Farmacia
Sintetizzare o
comprare?
Acquistare i reagenti?
Biblioteca centrale di Farmacia
Creare un report da un Synthesis Plan
Biblioteca centrale di Farmacia
I dettagli per ciascun passaggio possono
essere salvati o esportati in un report
Cercare uno spettro NMR
Biblioteca centrale di Farmacia
Cercando uno spettro NMR particolare in un solvente
specifico (ad esempio Cp*H in THF-d8), il modo più
veloce per ottenere risultati è usare le
Properties (Advanced) nella “substance query page”.
selezionare la voce “NMR Spectroscopy” e quindi il
solvente desiderato