Reaxys
Elena Bernardini
Biblioteca di Scienze del Farmaco
L’agenda di oggi
Biblioteca centrale di Farmacia
Cos’è Reaxys
Come si accede
Come si usa
Case studies
Cos’è Reaxys?
Biblioteca centrale di Farmacia
Banca dati con interfaccia web per il
recupero di informazioni su composti chimici,
reazioni chimiche e citazioni bibliografiche
Contiene informazioni bibliografiche
provenienti da diverse fonti (riviste e
brevetti) e dati fattuali dalle stesse fonti
–Dati sperimentali misurati e non quelli calcolati
–Reazioni
–Dati sulle sostanze
Biblioteca centrale di Farmacia
Che ambiti di ricerca in Reaxys?
Chimica organica
Chimica inorganica
Chimica metallorganica
Chimica farmaceutica
Biochimica e scienze biologiche
Chimica analitica
Chimica fisica
Chimica ambientale
Chimica dei materiali…
Interoperabilità con Sciverse Scopus
I prodotti dello stesso publisher contengono
link reciproci
Biblioteca centrale di Farmacia
Attraverso il link a SciVerse Scopus, ai fulltext sul sito dei publisher e delle banche dati
brevettuali
È possibile l’accesso alla propria biblioteca
digitale configurando l’OpenURL resolver
Reaxys e SciVerse Scopus:
usare approcci diversi
Ricerca
chimica
• Dati sulle proprietà
sperimentali
• Dati di bioattività
• Informazioni sulla sintesi
• Sostanze correlate con attività
simile
Dati sulle
sostanze
Dettagli in
letteratura
Dettagli chimici
• Informazioni sugli autori
• Campi di ricerca attivi – citato da,
nuovi articoli
Pubblicazioni
Ricerca
bibliografica
Biblioteca centrale di Farmacia
• Keywords, abstract
• Multidisciplinarietà
• Ricerca per area disciplinare
Copertura bibliografica
Biblioteca centrale di Farmacia
I dati storici risalgono al 1771, attraverso la
copertura di riviste e brevetti. I dati vengono
estratti dalle pubblicazioni solo se
contenenti la struttura chimica, dati
sperimentali e citazioni affidabili
La copertura delle riviste può non essere del
100%, qualora ci siano pubblicazioni che
mancano di queste informazioni
La ricerca in Reaxys
Ricerca
bibliografica
tradizionale
Come avrei
dovuto
lavorare?
Leggere ogni singolo articolo
Ricerca
fattuale con
reaxys
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I dati fattuali e bibliografici
1H
NMR
300
MHZ
Cosa contiene Reaxis
Sono inclusi solo dati validati
sperimentalmente, non dati
calcolati o estrapolati
Organic
Da Beilstein: informazioni su
strutture, reazioni, proprietà di
composti organici del carbonio
da riviste dal 1771. Brevetti
1869-1980
Reaxys
Inorganic &
Organometallic
Patents
Da Gmelin: informazioni su
strutture e proprietà di composti
inorganici e matalloorganici da
riviste e brevetti dal 1772
Informazioni su brevetti selezionati in
lingua inglese (WO, US, EP; dal 1976)
appartenenti alle principali classificazioni
chimiche: C07, A61K , A01N, C09B
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Integrazione con Pubchem
PubChem è un db gratuito che fornisce
informazioni su composti chimici e
bioattività
La sia integrazione con Reaxys permette la
ricerca in parallelo della stessa struttura nei
due db con I risultati presentati
nell’interfaccia di Reaxys
I TOC sono linkati a Pubchem
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I vantaggi dell’integrazione di
Pubchem
Stessa query e ricerca parallelo in entrambi i db con una
sola interfaccia e una copertura di circa 40 M di
composti
I risultati sono suddivisi in due set, filtrati e visualizzati
nel contesto
Sovrapposizione tra i due bd del 16%-20%
Ci sono link diretti da Reaxys a PubChem
Sono disponibili le reazioni di Reaxys per i composti che
non fanno match in PubChem
Con un’unica interfaccia è possibile creare dei synthesis
plans attraverso composti simili di Reaxys per ciò che è
unico in Pubchem, con un’unica interfaccia tra i
database
“Synthesize” hyperlink to Reaxys Synthesis Planner and
Xcelerate AutoPlan
Approved drug filter
È ora disponibile un filtro che consente di
selezionare i composti che già hanno la licenza
per l’uso farmaceutico (FDA e EMA)
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Come si accede?
Biblioteca centrale di Farmacia
Banche dati d’Ateneo
Biblioteca centrale di Farmacia
Selezionare la
banca dati
Consultabile anche da casa,
previa autenticazione
nell’home page della
Biblioteca Digitale
Biblioteca centrale di Farmacia
Registrarsi per usare
servizi personalizzati
Solo in questo modo è possibile configurare
l’editor di struttura, salvare strategie e risultati
della ricerca, creare alert
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Application settings
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Come si usa? 3 tipologie di ricerca base
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Ricerca di
letteratura
Ricerca per
reazioni
Ricerca per
sostanze
Come si usa
Query: Reactions tab, Substances tab, Literature tab
In Reaction Query tab e Substances Query tab si può
ricercare usando le strutture o testo
Le strutture possono essere disegnate con un editor, o
si possono ricercare per nome
In Literature tab si può ricercare per dettagli
bibliografici e keyword
Le query si possono salvare e lanciare successivamente
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3 tipologie di ricerca
2
1
3
Biblioteca centrale di Farmacia
4
1.Ricerca per reazione
2.Ricerca per sostanza o proprietà
chimico fisica
3.Ricerca bibliografica
4.Ricerca per nome
5.Lanciare la ricerca
5
La ricerca per
formula è la più
consigliata
Ricerca per condizioni base e avanzata
Biblioteca centrale di Farmacia
1
1.Ricerca per reazione
1.Ricerca
per nome della
2.Ricerca per Condizioni di reazione base e avanzata
struttura
2
Ricerca per proprietà base e avanzata
1
Biblioteca centrale di Farmacia
1.Ricerca per sostanza e proprietà
2.Ricerca per Proprietà base e avanzata
2
Ricerca bibliografica base (1)
7
1
Biblioteca centrale di Farmacia
2
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
Quick Search
Authors/Assignees
Journal Title
Patent Number
Patent Country
Publication Year
Advanced Searching
3
4
6
5
Ricerca bibliografica base (2)
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1. Aprire l’elenco per
cercare la voce di
interesse
1
Ricerca bibliografica avanzata
1
Biblioteca centrale di Farmacia
2
3
1. Ricerca avanzata
2. Cercare il campo
scrivendo il nome
3. Cercare il campo
espandendo l’elenco
Ricerca bibliografica avanzata
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1. Espandere l’elenco delle
proprietà ricercabili
2. Attenzione: alcune
proprietà ricorrono in
più gruppi con sintassi
diverse: meglio cercarle
per nome che
espandendo gli elenchi
1
2
I risultati della ricerca
I risultati appaiono in modo diverso a seconda del tipo di
ricerca
Ogni reazione o sostanza è accompagnata dalla
bibliografia già de-duplicata
– Reaction Results Tab
• Reaction Tab
• Citations Tab
– Substances and Properties Results Tab
• Grid Tab
• Table Tab
• Citations Tab
– Literature Results Tab
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Risultati della Ricerca
per reazioni: tabulare
4
7
5
2
1
8
6
3
1. Dettagli di reazione
2. Link a Reagenti e catalizzatori
3. Dettagli sperimentali: con i brevetti
4. Visualizza/nascondi i dettagli di reazione
5. Trova reazioni simili
6. Visualizza il dettaglio sulla sostanza
7. Zoom
8. Disponibilità commerciale
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Risultati della Ricerca
per reazioni: tabulare
4
1
2
3
1. Ordinamento
2. Filtri
3. Filtro per sottostruttura
4. Limita ai selezionati
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Risultati della Ricerca
per reazioni: tabulare
1. Full Text and View Citing Articles
2. Briciole di pane per la navigazione
3. Reazioni Multi -Step
1
1
2
3
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Visualizzazione di una
reazione Multi-Step
Le icone hanno lo stesso significato
in ogni schermata
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Risultati della ricerca
per reazioni:
citazionale
3
2
1
2
1
1. Contenuto dei documenti
2. Full Text e citazioni
3. Markush Viewer (Show all substances)
Biblioteca centrale di Farmacia
Risultati della ricerca
per sostanze: tabulare
4
1
3
1. Informazioni sulla sostanza
2. Vedi dati specifici disponibili
3. Vedi tutti I dati
4. Dati di reazione
Biblioteca centrale di Farmacia
2
Risultati della ricerca
per sostanze: griglia
Le icone e i tipi di informazione
recuperabili sono sempre rappresentati
dalle stesse icone e etichette
Biblioteca centrale di Farmacia
Risultati della ricerca
per sostanze:
citazionale
2
1
Le icone sono sempre le stesse. Nel
formato citazione si vede la referenza del
documento, il numero di citazioni di
Scopus, link al full text
1. Cliccando sui termini si aprono e si
visualizzano l’abstract, le reazioni, le
condizioni di reazione ecc..
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Risultati della ricerca
bibliografica
2
Nel formato citazione si vede la referenza del
documento, il numero di citazioni di Scopus, link
al full text. Le informazioni possono essere
leggermente diverse se provengono da Brevetti o
da riviste
1
1
1. Cliccando sui termini si aprono e si
visualizzano l’abstract, le reazioni, le
condizioni di reazione ecc..
Biblioteca centrale di Farmacia
History
La History permette di ritornare sui propri passi
–
–
–
–
–
Rivedere i risultati di una ricerca precedente
Ritornare alla stringa ricerca precedente
Combinare i risultati di due o più ricerche
Salvare i risultati
Cancellare i risultati salvati
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History
1
2
1
1. Risultati ricerca bibliografica
2. Risultati ricerca per sostanza
3. Risultati ricerca per reazione
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Alert
Un Alert si ottiene salvando una ricerca nel
proprio spazio personale sul server remoto di
Reaxys
Si può scegliere di lanciarla una volta al mese o
ogni volta che il db viene aggiornato
Si riceve un email con il link a Reaxys
Si possono salvare al massimo 50 Alerts
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Creare un alert
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Gli Alert salvati
Se non si vuole attendere il momento
dell’aggiornamento, è possibile lanciare la stessa
query cliccando su Edit query
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Ricerca per sostanza
La ricerca per sostanze può essere condotta
in vari modi
Oltre alla struttura chimica, il db contiene
informazioni sulle proprietà delle sostanze,
dei composti e delle reazioni, da riviste e
brevetti
I campi ricercabili sono moltissimi. Quando
un dato esiste nelle fonti indicizzate, il dato
diventa chiave di ricerca
Ricerca avanzata per proprietà
Biblioteca centrale di Farmacia
La ricerca avanzata per proprietà richiede
esperienza e una buona conoscenza della
materia. Meglio cominciare espandendo le
voci per farsi un’idea della disponibilità
Fare anche attenzione allo spelling dei
termini
L’elenco dei termini è disponibile nell’Help
in linea
https://www.reaxys.com/reaxys/WebHelp/R
eaxys_Help.htm?ver=0.2.11926#All_Files/Que
ry_Page.htm
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Operatori Booleani (1)
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Operatori Booleani (2)
Gli editor di struttura chimica
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Si utilizzano degli editor per disegnare le molecole,
o si possono importare strutture salvate
Disponibili ChemAxon MarvinSketch (basato su
Java), Dotmatics Elemental che non richiede
installazione
Reaxys può essere configurato con altri editor. Gli
editor esterni non sono supportati sui Macintosh
–
–
–
–
–
CrossFire Structure Editor
Accelrys ISIS Draw
Accelrys Draw
CambridgeSoft ChemDraw
InfoChem ICEdit
Maggiori dettagli nell’Help in linea
Ricerca per struttura
Biblioteca centrale di Farmacia
Ricerca semplice: di default ricerca la struttura
esatta, inclusi isotopi, miscele, sali, ioni, radicali,
stereochimica
È possibile modificare l’impostazione punto per
punto
Usare l’editor per disegnare. In alternativa usare la
funzione Generate Structure from Name
Combinare struttura e proprietà
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La ricerca per struttura può combinarsi con i dati di
proprietà utilizzando l’apposito comando (semplice
o avanzato)
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I dettagli di ricerca struttura (1)
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I dettagli di ricerca struttura (2)
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Ulteriori opzioni di ricerca per
struttura
La ricerca parallela in Pubchem e
eMolecules
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La ricerca per sostanze viene
automaticamente estesa anche a Pubchem
ed eMolecules. È sufficiente spostarsi da un
tab all’altro per visualizzare i risultati
Risultati della ricerca
Reaxys
Pubchem
E-Molecules
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Ricerca per reazione
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I composti chimici possono essere disegnati
con l’editor o ricercati per nome, formula
bruta, CAS RN… (vedi ricerca per sostanza)
Si può cercare per prodotto, reagente,
catalizzatore ecc..
Importare la formula da ricerca
precedente
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È possibile recuperare una formula da una
precedente ricerca e copiarla nel modulo di
ricerca per reazione e viceversa
Ricerca per similarità
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Il grado di similarità tra due reazioni è
determinato da:
– Natura delle trasformazioni coinvolte (centri di
reazione)
– Natura degli atomi immutati immediatamente
attorno ai centri di reazione
(vedi Help in linea)
Combinare la reazione con la scelta
delle condizioni
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La ricerca di reazioni associate ad un
particolare composto può essere combinata
con le condizioni di reazioni (semplice e
avanzata)
Ricerca bibliografica
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Si possono utilizzare gli operatori booleani
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I campi della ricerca bibliografica (1)
Authors/Assignees Si possono utilizzare gli *.
Usare la lista consigliata o digitare il nome
come nell’esempio: Snyder,Carroll A.
È possibile selezionare più di un nome alla
volta
Journal Title Digitare il nome e scegliere
dall’elenco. L’* funziona da wildcard e si può
usare prima o dopo la parola.
*cta*scand* trova "Acta Chem. Scand., Ser. A".
Si possono cercare più riviste insieme
Cercare ache tra le abbreviazioni, i nomi non
sono standardizzati
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I campi della ricerca bibliografica (2)
Brevetti La sintassi dipende dal brevetto US
Applications: US<year> / <number (no leading
zeros)> Es.: US2003/225075
US granted patents: US<number (no leading
zeros)> Es.: US6337346
EP patents: EP<number (no leading zeros)>
Es.: EP8755
WO patents: WO<year> / <number (no
leading zeros)> Es.: WO2002/61194
Oppure digitare il numero del box
I campi della ricerca bibliografica (3)
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Patent Country Digitare le due lettere
dell’abbreviazione del paese del brevetto nel
query box o digitare e selezionare
dall’elenco
Si possono selezionare più paesi in una volta
Collegamento tra
Reaxys e Scopus
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Synthesis Planner
Si usa per creare uno schema di reazione
partendo da composti a scelta trovati da una
precedente ricerca in Reaxys, fino al
prodotto desiderato
Si può cominciare da qualunque composto
visibile nei risultati di una ricerca
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Schema di sintesi dell’Indometacina
Ricercare per nome la sostanza nel tab
reaction, o nel nel reaction tab
Tra i risultati, scegliere il composto di
interesse e cliccare su “Synthesize”
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Personalizzare la visualizzazione
Scegliere come
si vogliono
visualizzare i
dati, lo zoom,
l’orientamento
della reazione
…
Costruzione del Synthesis Plan usando gli
strumenti di ricerca
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Per la creazione del Synthesis Planner è
possibile eseguire ricerche, applicare filtri,
cercare reagenti all’interno di cataloghi
commerciali, selezionare i reagenti in base a
condizioni sperimentali scelte …
Ora è possibile effettuare ricerche per
sottostrutture mentre si predispone un
synthesis planner
Output del progetto di
sintesi
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Sintesi indometacina
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Stampare ed esportare i risultati (1)
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I risultati si possono stampare e salvare in
vari formati
I documenti esportati contengono il link a
Reaxys e l’ID identificativo di sostanza o
reazione
Il comando Print permette la stampa della
videata. Selezionare prima ciò che si intende
stampare (se si scelgono solo alcuni risultati)
Nell’Help in linea sono disponibili esempi di
esportazione nei vari formati
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Stampare ed esportare i risultati (2)
Scelta dei dettagli di
esportazione
Limiti di esportazione: 5000 per i formati ML, SD,
RD e SMILES, 1000 per altri tipi di file
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SLIDE (sul sito SBA)
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SLIDE (in Ariel)
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CONTATTI
Biblioteca centrale di Farmacia
[email protected]
02 503 18425
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