sessione “La Sepsi”
La Microbiologia Clinica
nella diagnosi di sepsi
C. Giraldi
La SEPSI è una delle più gravi sindromi infettive
La SEPSI è una malattia progressiva
REVIEW
Clinical Microbiology and Infection, Volume 19 Number 6, June 2013
The three most common aetiologies of BSI are
E. coli, S. aureus and S. pneumoniae,
which occur at approximate rates of 35, 25 and 10
per 100 000 population, respectively.
Ruolo del laboratorio di Microbiologia
nella diagnosi di sepsi
 identificazione agente eziologico e ATB
 tempestività step by step risultato
 epidemiologia locale
Diagnosis
Obtain appropriate cultures before starting antibiotics
provided this does not significantly delay antimicrobial
administration
Obtain two or more BCs
One or more BCs should be percutaneous
One BC from each vascular access device in place > 48 hrs
Culture other sites as clinically indicated
Sample any source of infection, if safe to do so
identificazione agente eziologico e ATB
 Emocoltura
isolamento
colturale
del
 Coltura sito
d’infezione
microrganismo dal sangue
Ruolo del laboratorio di Microbiologia
nella diagnosi di sepsi
EMOCOLTURA
 batteriemia
 batteriemie in corso di IVU
 endocardite infettiva
 febbri di origine sconosciuta
 sepsi associate a catetere endovascolare
 batteriemie associate a polmonite
 meningiti
Frequenza di Positività di Emocolture da
Pazienti Adulti con Differenti Infezioni
Cellulite acuta
2%
Infezione del piede diabetico/vascolare
10%
Malattia febbrile acuta in neutropenico
20%
Pielonefrite
20%
Polmonite acquisita in comunità
30%
Meningite batterica acuta
50%
Osteomielite acuta
50%
Cellulite necrotizzante
80%
Endocardite batterica
95%
Tromboflebite batterica suppurativa acuta
100%
Stratton CW Antimicrobics Infect Dis Newsletter 2000; 18:9-13
EMOCOLTURA
Efficacia e significato clinico dipendono da:
 fase pre-analitica
 interpretazione del risultato
EMOCOLTURA
Ottimizzazione della procedura
What is OUTSIDE the Box?
Ehmeyer S., Laessig R. Clin Chem Lab Med 2007; 4(6):766-773
Personale che effettua il prelievo
Sede del prelievo
Sterilizzazione della cute
 Momento del prelievo
 Numero dei prelievi
 Volume del sangue
EMOCOLTURA
prelievo
Antiseptic skin preparation
 Lavare le mani prima e dopo il prelievo
 Indossare guanti nei passaggi di raccolta e trasporto
 Ricerca del sito di prelievo mediante palpazione
 Disinfezione della cute:
• sgrassare con alcool 70% (o Clorexidina)
• disinfettare con Iodoforo (Iodiopovidone)
• applicare con movimento circolare verso l’esterno, l'azione
disinfettante è tempo-dipendente
QUANDO LA CUTE È ASCIUTTA È PRONTA PER IL PRELIEVO
MAI PUNGERE PRIMA DI 1-3 MINUTI
EMOCOLTURA
team addestrato e dedicato per il prelievo
riduzione della contaminazione
da 4,8% a 1%
Weinbaum, J Clin Microbiol, 2001
da 4,2% a 2,2%
Shifman, Arch Pathol Lab Med, 1996
EMOCOLTURA
Tempo del prelievo
 Prima di iniziare la terapia antibiotica
 Prima della sommistrazione dell’antibiotico
 Nell’arco di 5-10’
eccezione: infezioni endovascolari, quali endocardite o sepsi CVC correlate*
(*) As a practical matter, blood cultures should be obtained simultaneously (or over a short timeframe). Drawing blood at intervals
is only indicated when it is necessary to document continuous bacteremia in patients with suspected infective endocarditis or
other endovascular (e.g., catheter-related) infections.
CLSI publication M47-A—Principles and Procedures for Blood Cultures
EMOCOLTURA
Numero di emocolture
2 - 3 set (anaerobi + aerobi):
 per aumentare la possibilità di isolare il microrganismo in causa
 differenzia la vera batteriemia dalle contaminazioni
163 malati (non endocarditi) 20 mL per set (Cockerill FR, 2004)
blood cultures
n.
1
2
3
diagnostic (%)
63
80
96
EMOCOLTURA
Optimal volume of blood for culture
“The volume of blood is the single most important factor for successful
recovery of microorganisms from the blood stream of patients”
The volume of blood sample:
40-60 ml”
Towns ML, Infect Dis Clin N Am, 2002
EMOCOLTURA
Ottimizzazione della procedura
What is in the Box?
Ehmeyer S., Laessig R. Clin Chem Lab Med 2007; 4(6):766-773
 Sistemi di coltura
 Tempi di incubazione
 Identificazione e ATB
 Interpretazione dei risultati
Sistemi commerciali automatizzati
metabolismo
del microorganismo
Sistemi commerciali automatizzati
Strumento modulare
TIPOLOGIA FLACONI
• Prelievo con modalità di tipo Vacutainer
• Dopo il prelievo nessuna manipolazione dei flaconi
Sistemi commerciali automatizzati
VANTAGGI ATTESI
• Monitoraggio continuo
• Precocità dei risultati
• Misura indiretta della carica batterica
(batteriemia correlata ai cateteri vascolari)
• Tempo massimo di incubazione (5 -7gg)
Sistemi commerciali automatizzati
MICROORGANISMI “FASTIDIOUS”
► tempi più lunghi di coltura, almeno 2 - 3 settimane di incubazione
► alcuni microorganismi possono generare segnali molto deboli
o anche nessun segnale di crescita
Microscopia (colorazione di Gram)
Subcoltura cieca delle emocolture negative
Towns ML, Infect Dis Clin N Am, 2002
EMOCOLTURA
Efficacia e significato clinico dipendono da:
 fase pre-analitica
 interpretazione del risultato
Emocoltura positiva
Interpretazione del risultato
RUOLO PATOGENO
DEL MICRORGANISMO
ISOLATO
IDENTIFICAZIONE
DEI MICROORGANISMI
CONTAMINANTI
12 Steps to Prevent Antimicrobial Resistance: Hospitalized Adults
Step 7: Treat infection, not contamination
Interpreting a “Positive” Blood Culture
True Bacteremia:
Unlikely
• Corynebacterium spp.
• Non-anthracis Bacillus spp.
• Propionibacterium acnes
pre-test probability
patient risk factors
prosthetic
devices
clinical evidence
Uncertain
• S. coagulase-negative
staphylococci
Likely
•
•
•
•
•
post-test probability
# positive / # cultures
compare antibiograms
compare genotypes
Source: Kim SD, et al: Infect Control Hosp Epidemiol 2000;21:213-7
S. aureus
S. pneumoniae
Enterobacteriaceae
P. aeruginosa
C. albicans
Emocoltura positiva
intepretazione del risultato
Algoritmo di Weinstein
N° emocolture +
N° emocolture eseguite
Emocoltura positiva
intepretazione del risultato
Algoritmo di Weinstein
N° 1 emocoltura +
N°1 emocoltura eseguita
“ significato indeterminato” (se CoNS)
Weinstein MP et al.
J Clin Microbiol 2003, 41: 2275-2278
Emocoltura positiva
intepretazione del risultato
Algoritmo di Weinstein
N° 1 emocoltura +
N°2-3 emocolture eseguite
‘probabile contaminante’ (se CoNS)
no identificazione di specie, no antibiogramma
Weinstein MP et al.
J Clin Microbiol 2003, 41: 2275-2278
Emocoltura positiva
intepretazione del risultato
Algoritmo di Weinstein
N° 2 o >2 emocolture + entro 48 h
per un probabile contaminante # da CoNS
IDENTIFICAZIONE DI SPECIE
• stessa specie → ATB
• specie diverse → probabili contaminanti → No ATB
Weinstein MP et al.
J Clin Microbiol 2003, 41: 2275-2278
Emocoltura positiva
intepretazione del risultato
Algoritmo di Weinstein
N° 2 o >2 emocolture + per CoNS
IDENTIFICAZIONE DI SPECIE
• Isolati con = profilo biochimico → ATB
• Isolati con ≠ profilo biochimico → probabili contaminanti → No ATB
Weinstein MP et al.
J Clin Microbiol 2003, 41: 2275-2278
EMOCOLTURE NEGATIVE
Why?
Prior antibiotic therapy
Fastidious extracellular bacteria such as Abiotrophia, HACEK group bacteria,
Clostridium, Brucella, Legionella, Mycobacterium, and Bartonella spp.
 Cell-dependent organisms, i.e. Coxiella burnetii
Fungi
identificazione agente eziologico e ATB
 Emocoltura
 Coltura sito d’infezione
CRBSI:
Catheter Related Blood Stream Infection
BATTERIEMIE e SEPSI ASSOCIATE alla
PRESENZA
di CATETERE VENOSO CENTRALE (CVC)
contaminazione superficie esterna catetere
colonizzazione microbica all’interno del lume del catetere
Sepsi CVC-correlata
diagnosi
Isolamento dello stesso microrganismo da emocolture di CVC e vena periferico prelevate
contemporaneamente da CVC che da vena periferica e con un differenziale di tempo di 2hr
DTP >120 minuti
da CVC
da vena periferica
Mermel LA Clin Infect Dis 2001
Ruolo del laboratorio di Microbiologia
nella diagnosi di sepsi
 identificazione agente eziologico e ATB
 tempestività step by step risultato
 epidemiologia locale
Sepsi e diagnosi precoce
Attività lavorativa di Microbiologia su 7 giorni
Proposta di Percorso Diagnostico presentato durante il
XXXVII Congresso Nazionale AMCLI - Stresa, 5-8 ottobre 2008
EMOCOLTURA
NEGATIVO
Referto
definitivo
POSITIVO
Esame
microscopico
Identificazione
diretta
Antibiogramma
diretto
Referto
preliminare
Referto
preliminare
Sottocolture
Identificazione
Antibiogramma
MIC
Ceppoteca
Referto
definitivo,
commentato
o
Gram +
Gram E test antibiotici in terapia
Se IO: E test glicopeptidi
E test antibiotici in terapia
Se IO: E test ESBL +
E test Carbapenemici
INFORMAZIONI CLINICHE:
Se in terapia
Quali antibiotici
 Portatore di valvole protesiche
Sospetto di Infezione Ospedaliera (IO)
Sospetto di Community-Acquired
Identificazione
Antibiogramma
automatizzato
Bacilli Gram -
VRE
MRSA
Identificazione
Antibiogramma
automatizzato
Cocchi Gram +
identificazione agente eziologico e ATB
 Diagnosi molecolare
Risultati definitivi
Colonie
ID + ATB
24 h
72-96 h
Colorazione
di Gram => 2 h
DIAGNOSTICA MOLECOLARE
e/o
PROTEOMICA
ID + ATB
24 ore
TECNOLOGIA MICROARRAY
IBRIDAZIONE TRAMITE TECNOLOGIA MICROARRAY
Substrato del Test
Empio di lettura
del Microarray
Il test viene ripetuto diverse volte sul Microarray, se tutti i risultati
sono concordi viene prodotto il referto
PNA FISH
Peptide Nucleic Acid Fluorescent In Situ Hybridization
Tecnologia FilmArray DID
Emocoltura +
E.coli
102 pozzetti,in ogni pozzetto primer specie specifici, tutti I target testati in 3 pozzetti diversi, per
ogni pozzetto vengono generate curve di Melting
TAT 1h
Pannello per emocoltura
Gram + :
• S. aureus
• S. pyogenes
• S. agalactiae
• S. pneumoniae
• Coagulase Neg. Staph.
• Enterococcus spp.
• Streptococcus spp
• L. monocytogenes
Funghi:
• C. albicans/dubliniensis
• C. parapsiolosis/tropicalis
• C. glabrata
• C. krusei
Gram - :
• H. influenzae
• N. meningitidis
• P. aeruginosa
• E. coli
• A. Spp
• A. baumannii
• E. Cloacae
• Enteric spp. Pan
• K. pneumoniae
• K. oxytoca
• S. marcescens
Resistenze:
• mecA
• Van A/B
• KPC
MALDI-TOF-MS
Vacuum
lock
Principle
Vacuum system
Sample
plate
Acceleration
Drift tube
grids
Analyte molecules
in matrix substance
Ion detector
Mass spectrum
Mass spectrum essentially reflects
analyte molecules
Septifast : Analytical Concept
Sample
whole blood
Sample
Preparation
Bacterial Lysis &
DNA Extraction
PCR
Analysis
Gram (-)
Gram (+)
Fungi
• Escherichia coli
• Klebsiella (pneumoniae, oxyt.)
• Serratia marcescens
• Enterobacter (cloacae, aerog.)
• Proteus mirabilis
• Pseudomonas aeruginosa
• Acinetobacter baumanii
• Stenotrophomonas maltophilia
• Staphylococcus aureus
• CoNS
• Streptococcus pneumoniae
• Streptococcus spp.
• Enterococcus faecium
• Enterococcus faecalis
• Candida (albicans,
tropicalis
parapsilosis)
• Candida (krusei, glabrata)
• Aspergillus (fumigatus)
MRSA (mecA)
VRE (van A, B)
48
n. 46 pz con sospetto clinico di sepsi
UU.OO di Medicina e Oncologia Pediatrica
range età 2-80 anni (età media 40 28,9)
TOT
septifast
emocoltura
Concordanza Septifast
ed emocoltura
K. pneumoniae
6
6 (1)
5
83,3%
E. aerogenes/ cloacae
E.coli
1
7
1
5
1
7
100%
71,40%
S.aureus
2
2
2
100%
L. monocytogenes*
1
0
1
0%
P. mirabilis
P. aeruginosa
1
1
1
1
1
1
100%
100%
E. faecalis
1
1
0
0%
A. fumigatus
1
1 (2)
0
0%
M. morganii*
1
0
1
0%
P. stuartii*
1
0
1
0%
Negativi
31
30
28
93%
* Microrganismi non rilevabili mediante Septifast
(1) Prelievo eseguito successivamente all’inizio della terapia
(2) Emocoltura con flora polimicrobica, presenza di DNA di A. fumigatus confermata dalla positività
dell’Ag galattomannano
MICROBIOLOGIA – CS
Campioni per sospetto clinico di sepsi
Anno 2012
indagine
neg
POS
totale
PUNTA CATETERE VASCOLARE
166
93
259
TAMPONE DA EXIT SITE
42
19
61
EMOCOLTURA
3450
579
4029
EMOCOLTURA PER MICETI
210
0
210
691 (15%)
4559
TOTALE
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
Agenti eziologici
rilevati nel sospetto clinico di sepsi
E.faecalis E.faecium Candida sp.A.baumannii
4% E.cloacae
3%
3%
6%
2%
S.agalactiae
2%
E.coli
18%
S. non aureus
25%
K.pneumoniae
11%
S.aureus
20%
P.mirabilis
1%
P.aeruginosa
5%
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
RIANIMAZIONE 2012
% (n.28) microorganismi isolati da emocolture e CVC
FUNGHI
11%
ALTRI
7%
bb Gram39%
Co Gram+
43%
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
RIANIMAZIONE 2012
% (n.28) microorganismi isolati da emocolture e CVC
C.striatum
4%
C.albicans
11%
L.monocitogenes
4%
A. baumannii
7%
E. aerogenes
3% E.coli
3%
K.pneumoniae
7%
E.faecalis
4%
P.mirabilis
7%
CoNS
14%
P.aeruginosa
11%
S.aureus
25%
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
Ruolo del laboratorio di Microbiologia
nella diagnosi di sepsi
 identificazione agente eziologico e ATB
 tempestività step by step risultato
 epidemiologia locale
Gestione Informatica
del laboratorio di Microbiologia
Azienda Ospedaliera - Cosenza
SISTEMA INFORMATICO
ACCREDITATO
DI GESTIONE DEI LABORATORI
PROGRAMMA DEDICATO DI ELABORAZIONE
EPIDEMIOLOGICA
Epidemiologia locale
 Impostazione terapia empirica
 Limitare la diffusione dei MDR
Azienda Ospedaliera di Cosenza
UOC Microbiologia e Virologia
Direttore dr. Cristina Giraldi
700
isolati 2012
600
500
400
300
200
100
0
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
% RESISTENZA
ANNI
2009-2010-2011-2012
E. coli
50
45
40
ESBL 22 %
35
30
25
2009 % R
20
2010 % R
15
2011 % R
10
2012 % R
5
0
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
Klebsiella pneumoniae
80
70
ESBL 65%
CPE 30%
60
50
40
2009 % R
30
2010 % R
20
2011 % R
10
2012 % R
0
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
ALERT KLEBSIELLA PNEUMONIAE
2009
2011/12
KLEB 1
KLEB 2
KLEB 3
KLEB 4
KLEB 5
Ampicillina
R
R
R
R
R
Amox ac.clav
I
R
R
R
R
Piperacillina
R
R
R
R
R
Pipe/tazob
S
R
R
R
R
Cefazolina
R
R
R
R
R
Cefotaxime
R
R
R
R
R
Gentamicina
S
R
S
S
R
Nitrofurantoina
R
R
R
R
R
Norfloxacina
R
R
R
R
R
Ciprofloxacina
R
R
R
R
R
Tetraciclina
S
I
S
S
R
Amikacina
S
S
R
R
R
Ceftazidime
R
R
R
R
R
Imipenem
S
S
R
R
R
Meropenem
S
S
R
R
R
Cefepime
R
R
R
R
R
Cefoxitina
S
R
R
R
R
Trim/sulf
S
R
R
R
R
Tigeciclina
S
S
S
S
R
Levofloxacina
R
R
R
R
R
Acinetobacter baumannii
100
80
60
40
20
0
2009
2010
2011
2012
Pseudomonas aeruginosa
100
80
60
40
20
0
2009 % R
2010 % R
2011 % R
2012 % R
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
Staflococco aureo
MRSA
35%
40
30
20
10
0
2009 % R
2010 % R
2011 % R
2012 % R
Enterococcus faecalis
2009 % R
50
40
30
20
10
0
2010 % R
2011 % R
2012 % R
LINEZOLID
GENTAMICINA
HL
TEICOPLANINA VANCOMICINA
IMIPENEM
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
Microbiologia
elaborazione dati epidemiologici
 N. campioni positivi e negativi/anno
 N. microrganismi identificati/indagini/anno
 Chemio sensibilità-resistenza microorganismi isolati/anno
 Report di confronto antibiotico- resistenza (%) vs anni precedenti
 REPARTI
 CAPI DIPARTIMENTO
 CIO
indagine
neg
pos
totale
ANTIGENE CLOSTRIDIUM DIFFICILE
0
1
1
ANTIGENE HELICOBACTER PYLORI
1
0
1
ANTIGENE LEGIONELLA
1
0
1
ANTIGENE STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
1
0
1
BILE
1
0
1
BRONCOASPIRATO
209
112
321
COLTURE DI SORVEGLIANZA
31
18
49
COPROCOLTURA
8
1
9
DNA CHLAMYDIOPHILA PNEUMONIAE
1
0
1
DNA LEGIONELLA PNEUMOPHILA
1
0
1
DNA MYCOPLASMA PNEUMONIAE
1
0
1
EMOCOLTURA
295
34
239
ESSUDATO FARINGO-TONSILLARE
16
0
16
LIQUIDO DA DRENAGGIO
2
3
5
LIQUIDO PERITONEALE
1
0
1
LIQUOR CEFALORACHIDIANO
27
16
43
PROTESI
3
3
6
PUNTA CATETERE VASCOLARE
9
11
20
PUNTA CATETERE VESCICALE
5
51
56
PUS DA RACCOLTA PROFONDA
0
1
1
RICERCA CLOSTRIDIUM DIFFICILE NELLE FECI
3
0
3
TAMPONE DA FERITA PROFONDA
1
5
6
TAMPONE FARINGEO PER RICERCA MRSA
2
0
2
TAMPONE NASALE PER RICERCA S. AUREUS
1
0
1
TAMPONE RETTALE PER RICERCA VRE
1
0
1
TOSSINA A,B CLOSTRIDIUM DIFFICILE
1
2
3
URINOCOLTURA
239
71
310
totale
861
329
1100
RIANIMAZIONE 2012
Report “indagini”
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
RIANIMAZIONE 2012 - Report “microorganismi isolati/ campioni”
CANDIDA
ALBICANS E NONA
microrganismo
HAEMOPHILUS INFLUENZAE
ACINETOBACTER BAUMANNII
CAMPYLOBACTER JEJUNI
AEROMONAS HYDROPHILA
BURKOLDERIA
CEPACIA
CORYNEBACTERIUM
STRIATUM
CITROBACTER FREUNDII
LISTERIA
CITROBACTER
SPP. MONOCYTOGENES
ENTEROBACTER AEROGENES
ENTEROCOCCUS FAECIUM
ENTEROBACTER CLOACAE
ESCHERICHIA COLI
ENTEROCOCCUS FAECALIS
KLEBSIELLA OXYTOCA
STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
KLEBSIELLA PLANTICOLA
KLEBSIELLA PNEUMONIAE
CoNS
MORGANELLA MORGANII
STAPHYLOCOCCUS AUREUS
PROTEUS MIRABILIS
PROTEUS
PENNERI
STENOTROPHOMONAS MALTOPHILIA
PSEUDOMONAS AERUGINOSA
SERRATIA MARCESCENS
SERRATIA MARCESCENS
STENOTROPHOMONAS MALTOPHILIA
PSEUDOMONAS AERUGINOSA
STAPHYLOCOCCUS AUREUS
STAPHYLOCOCCUS EPIDERMIDIS
PROTEUS SPP.
STAPHYLOCOCCUS HAEMOLYTICUS
MORGANELLA
STAPHYLOCOCCUS
HOMINIS MORGANII
STREPTOCOCCUS
PNEUMONIAE
KLEBSIELLA PNEUMONIAE
ENTEROCOCCUS FAECALIS
ESCHERICHIA COLI
ENTEROCOCCUS FAECIUM
LISTERIA MONOCYTOGENES
ENTEROBACTER SPP.
CORYNEBACTERIUM STRIATUM
CITROBACTER SPP.
CAMPYLOBACTER JEJUNI
HAEMOPHILUS INFLUENZAE
BURKOLDERIA CEPACIA
CANDIDA ALBICANS
CANDIDA FAMATA
AEROMONAS HYDROPHILA
CANDIDA GLABRATA
ACINETOBACTER BAUMANNII
CANDIDA KRUSEI
CANDIDA PARAPSILOSIS
0
CANDIDA TROPICALIS
punta
colture di
liquido da emocol urinoc
catetere
sorveglian
drenaggio tura oltura
vascolare
za
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
2
0
1
0
0
1
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
2
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
2
0
0
0
0
0
0
1
0
0
2
0
0
0
2
0
0
6
2
0
0
0
1
0
1
1
0
0
2
0
0
1
0
40
3
0
0
0
0
0
0
16
1
0
11
3
1
1
6
0
0
0
0
0
0
0
4
0
0
0
0
0
4
1
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
2
0
0
0
2
0
0
2
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
8
0
2
1
1
6 0
LCR
2
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
08
punta
catetere
vescicale
2
0
0
0
0
2
0
4
0
0
6
1
3
0
11
0
0
1
0
0
0
0
2
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0 10
tamp ferita broncoas
coprocol
protesi
profonda
pirato
tura
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
1
12
13
0
1
1
0
0
1
8
0
1
6
0
2
0
17
1
1
21
0
0
0
1
0
0
0
0
0
6
1
0
3
1
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
140
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
0
0
0
0
0
0
0
16
totale
23
1
1
1
1
3
2
29
1
1
27
4
8
1
39
1
1
32
4
1
1
1
7
1
1
1
1
6
16
1
5
3
1
2
18
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
RIANIMAZIONE 2012
Report “pattern chemiosensibilita’ e resistenza”
Acinetobacter baumannii
antibiotico
R S TOT
CEFEPIME
22 0 22
LEVOFLOXACINA
7 0 7
AMOXIC/AC.CLAV
22 0 22
IMIPENEM
17 5 22
MEROPENEM
3 2 5
TRIMETHOSULFAM.
4 2 6
PIPERAC/ TAZOBAC
21 0 21
COLISTINA
0 17 17
GENTAMICINA
21 1 22
Escherichia coli
antibiotico
R
CEFEPIME
5
LEVOFLOXACINA
5
AMIKACINA
0
AMOXIC/AC.CLAV
12
CEFTAZIDIME
7
IMIPENEM
0
MEROPENEM
0
CEFOTAXIME
9
GENTAMICINA
2
PIPERAC/ TAZOBAC
2
S
24
7
29
17
22
23
24
20
27
15
TOT
29
12
29
29
29
23
24
29
29
17
%R
100
100
100
77
67
100
0
95
%R
17
42
0
41
24
0
0
31
7
12
Klebsiella pneumoniae
antibiotico
R S
CEFEPIME
22 4
AMIKACINA
18 8
LEVOFLOXACINA
10 2
AMOXIC/AC.CLAV
22 4
CEFTAZIDIME
23 3
IMIPENEM
11 5
MEROPENEM
18 5
CEFOTAXIME
23 3
GENTAMICINA
3 23
PIPERAC/ TAZOBAC
20 3
TOT
26
26
12
26
26
16
23
26
26
23
Pseudomonas aeruginosa
antibiotico
R S TOT
CEFEPIME
11 27 38
LEVOFLOXACINA
1 13 14
AMOXIC/AC.CLAV
38 0 38
IMIPENEM
3 34 37
MEROPENEM
3 35 38
TRIMETHOSULFAM.
19 0 19
GENTAMICINA
6 32 38
COLISTINA
0 34 34
PIPERAC/ TAZOBAC
11 15 26
%R
84
69
83
84
88
69
78
88
11
87
%R
29
7
100
8
8
100
16
0
42
Staphylococcus aureus
antibiotico
R S TOT % R
OXACILLINA
4 25 29 14
LINEZOLID
0 29 29
0
ERITROMICINA
5 24 29
17
LEVOFLOXACINA
3 26 29
10
TEICOPLANINA
0 29 29
0
DAPTOMICINA
0 21 21
0
CLINDAMICINA
VANCOMICINA
5 24 29
0 29 29
17
0
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
RIANIMAZIONE 2012
% resistenza 2009-10-11-12
Pseudomonas aeruginosa
Acinetobacter baumannii
100
100
90
90
80
80
70
70
60
60
50
50
40
40
30
30
20
20
10
10
0
0
Stafilococcus aureus
35
30
25
20
15
10
E.coli
Klebsiella pneumoniae
70
90
60
80
50
70
40
60
30
50
20
40
10
30
0
20
5
0
10
0
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
Microbiologia e CIO
Alert organisms
rilievo tempestivo di germi sentinella ad elevata pericolosità
 diffondersi rapidamente anche con cluster epidemici
 causare infezioni gravi
 diffusione di resistenze agli antimicrobici
Alert organisms Report
IFIC 2008
MICRORGANISMI AD ELEVATA
DIFFUSIBILITÀ E PERICOLOSITÀ
MICRORGANISMI CHE POSSONO
DIFFONDERE RESISTENZE ATB
• S.pyogenes
 Methicillin-resistent S.aureus (MRSA)
• Legionella spp.
Vancomycin-intermediate S.aureus (VISA)
• Micobatteri
Vancomycin –resistent enterococci (VRE)
• Bacillus anthracis
MDR P.aeruginosa
• Aspergillus spp.
• Salmonella e Shigella
• Clostridium difficile
• S.maltophilia
MDR A.baumannii
MDR M.tuberculosis
ESBL enterobacteria
 CPE enterobacteria
Clostridium difficile
azienda ospedaliera Cosenza
alert organims 2011/12
S.gr.A
Listeria
TBC
Legio
Campil
Enteroco
Salmo
E.coli
Enterob
Proteu
MRSA
Pseud
Acin
C.diffic
Klebs
0
10
20
30
40
ceppi 2012
50
60
ceppi 2011
70
80
90
MICROBIOLOGIA E VIROLOGIA
Direttore dr. Cristina Giraldi
RIANIMAZIONE
Alert organism
C.difficile
L.monocitogenes
E.faecalis
MRSA
P.aeruginosa
2012
A.baumannii
2011
S.maltophilia
C.freundii
P.mirabilis
E.coli
81% KPC
22% KPC
K.pneumoniae
0
5
10
15
20
25
30
35
40
%
RIANIMAZIONE
Alert organism
C.difficile
L.monocitogenes
E.faecalis
MRSA
P.aeruginosa
2013
A.baumannii
2012
S.maltophilia
2011
C.freundii
P.mirabilis
E.coli
70% KPC
22% KPC
K.pneumoniae
0
5
10
15
20
25
81% KPC
30
35
40
%
www.laboratoriovirologiacs.it
grazie