• • • • • più generazioni interessate tramissione da parte di entrambi i sessi circa il 50% dei soggetti affetti maschi e femmine affetti non segni di consanguineità Ereditarietà autosomica dominante Trasmissione ereditaria dei caratteri mendeliani Dominante - ogni tratto o carattere che si esprima nell’ eterozigote - nel caso di malattia: una sola copia del gene mutato è sufficiente per esprimere il fenotipo affetto Genotipo : eterozigote Fenotipo : affetto Codominante: l’eterozigote esprime un fenotipo distinto da quello dei due stati omozigoti per es. gruppi sanguigni, enzimi eritrocitari, etc. Eredità autosomica dominante Se un genitore è normale (bb) e l’altro è affetto (Bb) da una malattia autosomica dominante, il 50% dei figli sarà eterozigote affetto (Bb), ed il 50% sarà omozigote normale (bb). Nelle malattie autosomiche dominanti, la lettera maiuscola indica il gene che dà la malattia: un solo allele mutato dà origine al fenotipo affetto Rischio di ricorrenza = 50% (0.5) Eredità autosomica dominante Se entrambi i genitori sono affetti (Bb) da una malattia autosomica dominante, allora il 75% dei figli sarà affetto (BB o Bb), e il 25% sarà omozigote normale (bb). Nota: è raro che un individuo affetto da una malattia autosomica dominante sia omozigote per il gene che dà la malattia. Eredità autosomica dominante • si manifesta in uguale misura nei due sessi • la trasmissione non dipende dal sesso • il figlio di un genitore affetto e di uno sano ha il 50% di probabilità di essere affetto • un individuo affetto ha comunemente un genitore affetto …………….mutazioni de novo • individui non affetti non trasmettono la malattia ….……penetranza incompleta III-1 III-2 Carattere AD a penetranza completa tasso m di “ nuove mutazioni ” Carattere AD a penetranza incompleta (penetranza del 70%) R = 0.5 (50%) R (III-1) = 0.5 ??? R (IV-1) = 0.25 ??? Teorema di Bayes: Rischio di ricorrenza III-1 III-1 III-2 Ipotesi 1 Portatore 1/2 3 / 10 ½ x 3/10= 3/20 3/20 3/20 + 1/2 = 3/13 (23%) Ipotesi 2 Non Portatore 1/2 prior p. 1 conditional p. ½ x 1=1/2 joint p. 1/2 1/2 + 3/20 posterior p. = 10/13 (77%) R (III-1) di trasmettere = ½ x 3/13 = 3/26 (11.5%) R (III-1) di avere un figlio affetto = 3/26 x 7/10 = 8% Mutazioni nuove o “de novo” identificate nelle malattie dominanti o recessive X-linked, molto raramente producono malattie autosomiche recessive (entrambe le copie del gene devono essere mutate) il rischio di ricorrenza è basso ma leggermente superiore all’incidenza della malattia nella popolazione a causa del mosaicismo della linea germinale spermatogenesi oogenesi Nuova mutazione mosaicismo Aspetti da considerare nelle malattie AD • Penetranza - completa – incompleta - diversa per fasce di età • Espressività - presenza – assenza - espressività variabile • Tasso di nuove mutazioni casi sporadici – famigliari • Percentuale di mosaicismi germinali Retinoblastoma (1:15.000-20.000) 60% dei casi 40% dei casi penetranza >90% Ipotesi: mosaicismo germinale o somatico Rb Rb Rb Retinoblastoma sporadico monolaterale unico Rb bilaterale Rb Rb multifocale monolaterale espressività variabile Retinoblastoma • f 1 : 15.000-20.000 nati • 60% dei casi: tumore monolaterale unico – inattivazione somatica di Rb1 (-/-) • 40% dei casi: tumore multifocale e/o bilaterale • con storia famigliare POSITIVA – trasmissione AD di mutazione Rb1 (-/+) : RR=0.5, RT=0.5 – inattivazione somatica del secondo allele (-/-) • con storia famigliare NEGATIVA – mutazione de novo in un gamete (maschile) – mosaicismo germinale in un genitore (6-10%) – mosaicismo somatico nell’affetto (10%) RR=??, RT=?? Gene Rb1 • 13q14: 27 esoni, mRNA 4,840 , proteina 928 aa • più di 400 mutazioni note – 85-90% mutazioni troncanti (NS, FS, SS): esoni 2-25 SCA : - che tipo di ereditarietà 75 58 62 SCA 2 35 (22-36 CA G) 27 (22-23 CA G) 30 SCA 2 29 (23-44 CA G) - qual’è la probabilità di essere portatore per il padre e per la probanda - è possibile eseguire un test genetico ? A che scopo ? - a chi offrirlo 63 SCA 2 35 35 65 SCA 2 34 (22-37 CA G) 28 32 68 27 78 74 34 36 73 71 42 7 75 73 36 44 2 Dow n 4 2 SCA : - che tipo di ereditarietà - qual’è la probabilità di essere portatore per il padre e per la probanda - è possibile eseguire un test genetico ? A che scopo ? - a chi offrirlo Autosomica Dominante Ipotesi 1 Ipotesi 2 Portatore Non Portatore 1/2 1/2 prior p. 2 / 10 1 condit. p. ½ x 2/10= 2/20 ½ x 1=1/2 joint p. 1/10 1/10 + 1/2 Test ai membri affetti - conferma della diagnosi - esclusione certa dei non portatori - definizione del RR della probanda = 1/6 (16.6%) 1/2 1/2 + 1/10 post. p. = 5/6 (83.3%) Probanda: 1/6 x ½ = 1/12 (8.3%) Malattia Locus (9 forme) Ripetizioni Ripetizioni Frequenza patologiche tra le ADCA normali Caratteristiche distintive (Italia) segni piramidali, neuropatia periferica SCA1 6p23 CAG/6-44 39-83 21% SCA2 12q24.1 CAG/14-31 36-400 23% SCA3 14q21 CAG/13-43 55-86 <1% SCA6 19p13.1 CAG/ 4-18 (19)20-33 <1% atassia episodica, decorso molto lento 37->300 <1% perdita della vista con neuropatia DTR vivaci e diminuzione della sensibilità vibratoria SCA7 3p21.1-p12 CAG / 4-19 movimenti saccadici lenti, neuropatia periferica nistagmo, retrazione delle palpebre, fascicolazioni amiotrofiche SCA8 13q21 CTG/ 15-50 80-250 <1% SCA10 22q13 ATTCT/ 10-22 800-4500 assente attacchi epilettici occasionali SCA12 5q31 CAG / 6-26 66-78 assente tremori precoci, demenza tardiva SCA17 6q27 CAG/ 30-42 45-63 <1% deterioramento mentale Yellow: loci with published markers SCA : 13 loci noti N° di famiglie descritte Malattia Locus SCA4 SCA5 SCA9 SCA11 SCA13 SCA14 SCA15 SCA16 SCA18 SCA19 SCA20 SCA21 SCA22 16q22.1 >5 (japan/scand.) 11p12 1 (Lincoln) Caratteristiche distintive neuropatia assonale sensitiva insorgenza precoce, decorso lento X (riservato) 15q14 -q21 2 (U.K.) 19q13 1 (french) 19q13.4 2 (japan/english) 3pter-24.2 1 (australian) 8q22-24 1 (japan) 7q31-32 1p21-q21 ? lieve, rimane la deambulazione lieve ritardo mentale, bassa statura mioclono assiale precoce atassia pura e progressione lenta neuropatia sens., atrofia musc. tremore della testa 1 (dutch) lieve atassia, segni piram., dist. cogn. 1 (french) progressione lenta, rigidità, tremore riservato 7p21.3-p15.1 1q22 (riservato) • • • • una sola generazione interessata ramo paterno a materno sani maschi e femmine affetti talora segni di consanguineità Ereditarietà autosomica recessiva Trasmissione ereditaria dei caratteri mendeliani Recessiva : ogni tratto o carattere che si esprima solo nell’ omozigote nel caso di malattia: entrambe le copie del gene mutato devono essere presenti per esprimere un fenotipo affetto Genotipo : omozigote Fenotipo : affetto Genotipo : eterozigote Fenotipo : portatore sano I fenotipi possono essere analizzati e misurati a differenti livelli. Es. malattie metaboliche: gli eterozigoti sono sani ma l’enzima responsabile della malattia può avere nel siero una concentrazione intermedia rispetto a quella dei due stati omozigoti. Eredità autosomica recessiva a a a Se un genitore è normale (AA) e l’altro è portatore (Aa), allora il 50% in media dei figli sarà omozigote normale (AA), e l’altro 50% sarà portatore eterozigote non affetto (Aa). Non vi sono figli affetti. Nel caso di malattie autosomiche recessive, le lettere minuscole stanno ad indicare i geni che in omozigosi danno la malattia, perché entrambi gli alleli devono essere mutati perché si osservi il fenotipo patologico. Qual’è la probabilità di avere un figlio affetto se entrambi i genitori sono portatori? Eredità autosomica recessiva Se entrambi i genitori sono portatori sani (Aa), in media il 25% dei figli sarà omozigote normale (AA), il 50% sarà eterozigote non affetto (Aa), e il 25% sarà omozigote affetto (aa). Se un genitore è un portatore sano (Aa) e l’altro è affetto (aa), allora il 50% in media dei figli sarà eterozigote non affetto (Aa), e l’altro 50% sarà omozigote affetto (aa). Eredità autosomica recessiva • gli individui affetti sono omozigoti (o eterozigoti composti) • nella maggior parte dei casi, entrambi i genitori sono portatori sani – in media, 1 su 4 figli è affetto • la trasmissione non dipende dal sesso • matrimoni tra individui affetti e non affetti genera solo figli eterozigoti sani – a meno che il partner non affetto sia eterozigote • più è rara la malattia, più è probabile che l’individuo affetto sia figlio di genitori tra loro consanguinei (inbreeding) AA+Aa Aa Aa Probabilità di essere portatore: ½ III-2 ? Qual è la probabilità di avere un figlio affetto per III-2 ? aa Probabilità che la coniuge sia portatrice: f portatori nella popolazione ½xfx¼ Frequenza (f) dei portatori nella popolazione generale Legge di Hardy-Weinberg p frequenza allele “normale” (A) q frequenza allele “mutato” (a) i genotipi nella popolazione saranno : p2 + q2 + 2pq = (p + q)2 dove p + q = 1 Conoscendo la frequenza degli affetti : q2 (aa) p = 1 - q2 2pq (f portatori) = 2 (1 - q2 ) q2 Legge di Hardy-Weinberg p2 : q2 : 2pq La distribuzione binomiale presume che : • la popolazione sia ampia • gli incroci siano casuali • le frequenze alleliche siano costanti - frequenza di nuove mutazioni - fitness riproduttiva degli omozigoti affetti - “deriva genetica” - vantaggi degli eterozigoti - migrazioni AA+Ay Ax ? Ay xy Qual è la probabilità di avere un figlio affetto per III-2 ? ½xfx¼ Se l’individuo IV-2 ha un genotipo noto: mutX/mutY -> testing genetico risolutivo Se III-2 è Ay = RR= 1 x f x ¼ Se III-2 è AA = RR pressochè nullo Qual è la probabilità di avere un figlio affetto per III-2 ? ½xfx¼ Ax ? A? x? Se nell’individuo IV-2 il test genetico ha permesso di identificare una sola mutazione (mutX) Stato genetico di III-2 indeterminato RR= ½ x f x ¼ Se III-1 (coniuge) ha un test genetico negativo : RR = ½ x f (sensibilità del test) x ¼ Dominanza o Recessività Dipende da : • caratteristiche della malattia ? • caratteristiche del gene ? • effetto biologico delle mutazioni ? effetto biologico delle mutazioni in relazione alle caratteristiche funzionali della proteina (prodotto genico) Malattie ereditarie recessive Mutazioni che inducono una perdita di funzione Gli eterozigoti (portatori) sono normali, una riduzione del prodotto proteico del 50% viene tollerato se il rimanente 50% è sufficiente per una funzione normale Esempio: tratto falcemico, bA bS Gli omozigoti sono affetti perché non viene prodotta proteina o quella che è prodotta non funziona normalmente Esempio: anemia falciforme, bS bS difetti enzimatici recessivi, fibrosi cistica Mutazioni delle “serpine” (inibitori delle serin-proteasi) a1-antitripsina anti-elastasi dei neutrofili antitrombina anti-proteasi della coagulazione inibitore di C1 anti-attivazione del complemento inibitori della plasmina anti-fibrinolisi Mutazioni dell’ a1-antitripsina (AR) (inibitore dell’elastasi dei neutrofili) mutazioni “loss of function” : ins o del (frame shift) deficit di enzima circolante eccesso di attività dell’elastasi leucocitaria enfisema mutazioni missenso del ”sito reattivo” : Met358Arg conversione in antitrombina malattia emorragica fatale mutazioni missenso nella ”regione mobile o b sheet” : Glu342Lys polimerizzazione della serpina accumulo negli epatociti (ER) fibrosi portale cirrosi ed epatocarcinoma (colangiocarcinoma) Connessina 26 GJB2 (Gap Junction Beta 2) • proteina di 226 aa • esamero (connessone): canale del potassio • espressione: stria vascolare, legamento spirale, tra le cellule di sostegno nella coclea, cute • elevato contenuto di K+ nell’endolinfa Connessina 26 GJB2 (Gap Junction Beta 2) 35DG In Italia : frameshift e stop in omozigosi o in eterozigosi composta nel 40% circa di tutti i casi di sordità congenita non sindromica recessiva Connessina 26 GJB2 (Gap Junction Beta 2) W44C C202F Alleli dominanti : sordità post-linguale progressiva AD Connessina 26 GJB2 (Gap Junction Beta 2) G59A D66H R75W Alleli dominanti : Sindrome di Vohwinkel : • sordità congenita AD • ipercheratosi palmo-plantare Fibrosi cistica (AR, 1/2500) • malattia cronica polmonare – ostruzione diffusa delle vie aeree di piccolo calibro – infezioni polmonari ricorrenti, fibrosi, cisti, ascessi • anomalie gastrointestinali e malassorbimento – – – – – Ileo da meconio (15-20%) insufficienza pancreatica, pancreatite cronica (92%) malattia epato-biliare cronica (6%) ostruzione intestinale, prolasso rettale malassorbimento (vit. liposolubili), ritardo di crescita • azoospermia ostruttiva – assenza dei vasi deferenti – azoospermia, ridotto liquido seminale, pH<7 • sindromi da perdita di Sali • sopravvivenza: 31.6 aa (56aa ps – 20-25aa pi) Fibrosi cistica (AR, 1/2500) • Tripsinogeno immunoreattivo – screening neonatale • Test del sudore – Cl > 60mEq/L in due separati dosaggi – in una quantità di almeno 75mg (30 minuti) • Potenziale nasale di trans-membrana – dopo i sei anni (potenziale più negativo) • Analisi genetica per la ricerca di 25-31-33 mutazioni “frequenti” • Ricerca di mutazioni di secondo livello Fibrosi cistica (AR, 1/2500) 7q31.2 27 esoni gene CFTR mRNA: 6128 b 1480 aa Mutazioni CFTR e Fibrosi cistica 230 kb 27 esoni 1480 aa proteina ABC ATP-binding cassette Mutazioni CFTR e Fibrosi cistica Test OLA (31-33 mutazioni): sensibilità del 75% f = 1/28 RA = 1/28 • 1/28 • 1/4 = 1/3100 ~ PORTATORE Test OLA negativo 27/28 probabilità a priori 1/4 1 test OLA negativo 1/28 • 1/4 27/28 • 1 = 1/112 = 27/28 1/28 3/4 P mut+ (75%) 1/112 1/112 + 27/28 1/4 P mut(25%) = 1/109 NON PORTATORE RA = 1/109 • 1/109 • 1/4 = 1/47500 ~ DF508 e test OLA Oligonucleotide Ligation Assay CFTR cDNA Esone 10 1561 CCTTCAGAGGGTAAAATTAAGCACAGTGGAAGAATTTCATTCTGTTCTCAGTTTTCCTGG 477 -P--S--E--G--K--I--K--H--S--G--R--I--S--F--C--S--Q--F--S--W1621 ATTATGCCTGGCACCATTAAAGAAAATATCATCTTTGGTGTTTCCTATGATGAATATAGA 497 -I--M--P--G--T--I--K--E--N--I--I--F--G--V--S--Y--D--E--Y--R1681 TACAGAAGCGTCATCAAAGCATGCCAACTAGAAGAGGACATCTCCAAGTTTGCAGAGAAA 517 -Y--R--S--V--I--K--A--C--Q--L--E--E--D--I--S--K--F--A--E--K1741 GACAATATAGTTCTTGGAGAAGGTGGAATCACACTGAGTGGAGGTCAACGAGCAAGAATT 537 -D--N--I--V--L--G--E--G--G--I--T--L--S--G--G--Q--R--A--R--IEsone 11 TTTCTTTTATAGTAGAA ATTATGCCTGGCACCATTAAAGAAAATATCATCTTTGGTGTTTCCTATGATGAATATAGA TAATTTCTTTTATAGTA ATTATGCCTGGCACCATTAAAGAAAATATCATTGGTGTTTCCTATGATGAATATAGA Seq. wt Seq. mut TTTCTTTTATAGTAGAAACCACAAAGGATACTACTT ATTATGCCTGGCACCATTAAAGAAAATATCATCTTTGGTGTTTCCTATGATGAATATAGA TAATTTCTTTTATAGTAACCACAAAGGATACTACTT ATTATGCCTGGCACCATTAAAGAAAATATCATTGGTGTTTCCTATGATGAATATAGA Reazione di Ligasi e amplificazione mediante PCR con primers specifici per le code: Pannello di prodotti di PCR di dimensioni diverse a seconda della specificità dell’oligonucleotide separati con elettroforesi capillare Es. F508 wt : 74 bp DF508 : 70 bp 4 3 1958 2 2 2 1965 1986: diagnosi di azoospermia associata ad assenza dei vasi deferenti. Prelievo di spermatozoi e tentativi di fecondazione assistita falliti….in attesa di ICSI. Marito: CFTR D1270N-5T introne 8 Moglie: CFTR negativo per le 31 mutazioni più frequenti e analisi di 10 esoni in DGGE rischio residuo di essere portatrice: 1/200 Rischio per la coppia di avere un figlio affetto da una forma lieve di fibrosi cistica o CBAVD di 1/400 Mutazioni CFTR e CBAVD Sono spesso presenti (70%) segni sub-clinici di fibrosi cistica: - test al sudore alterato (> 40 mEqu/l) - ostruzione nasale, polipi nasali, sinusiti - infezioni respiratorie ricorrenti Mutazioni dominanti Mutazioni dominanti negative • proteina che non funziona • e che inibisce o interferisce con la funzione della proteina normale codificata dall’allele sano tipico delle proteine multimeriche Osteogenesi imperfetta (AD) Collagene tipo I - 2 molecole di Col a 1 (17q) - 1 molecola di Col a 2 (7q) (338 ripetizioni GXY) Osteogenesi imperfetta (AD) OI lieve (tipo I) statura normale, scarse deformità sclere blu e sordità, fratture OI letale-grave (tipo II-III) fratture multiple accorciamento delle ossa lunghe deformità ossee, sordità mut de novo in Gly 5-10% : mosaicismo germinale OI moderata (tipo IV) bassa statura, deformità osteoporosi, dentinogenesi imperfetta Mutazioni dominanti Mutazioni che inducono un eccesso di funzione : • proteina con funzione o espressione alterata es. malattia di Charcot-Marie-Tooth (17p11.2): duplicazione di 1.5 Mb di DNA (3 copie) sovraesprime la proteina della mielina periferica (PMP22) es. neoplasie endocrine multiple tipo 2 (10q11.2): mutazioni missenso del recettore RET con attivazione costitutiva ligando indipendente Mutazioni nel FGFR3 Recettore III per fattore di crescita dei fibroblasti Fenotipi: Acondroplasia Ipocondroplasia Displasia tanatofora Acondroplasia Severa con ritardo di sviluppo e acantosi nigricans Mutazioni dominanti Insufficienza del corredo aploide (aploinsufficienza) : • la perdita di funzione di una copia del gene (50%) comporta una riduzione critica della proteina es. ipercolesterolemia: mutazioni nel recettore della lipoproteina a bassa densità (LDL) con diminuzione dei livelli di recettore ->circa il doppio di colesterolo rimane in circolo es. mutazioni RET nella malattia di Hirchsprung es. delezioni del locus PMP22 nella neuropatia tomaculare Mutazioni dominanti Proteine “ tossiche “ per alcuni tessuti : • L’espansione di triplette CAG nella regione codificante di alcuni geni producono lunghi tratti di poli-Glu es. Corea di Huntington e Atassie spino-cerelellari: proteine con poli-Glu che sono tossiche per le cellule nervose dei nuclei della base con formazione di inclusioni nucleari e morte cellulare Malattie associate ad espansioni di triplette ripetute Le espansioni ripetute di trinucleotidi interferiscono con l’espressione del gene o della proteina codificata Mutazioni dominanti effetto “tossico” dell’RNA messaggero Gene FMR1 CGG: 50-200 - POF - FXTAS CGG > 200 - FMR Mutazioni dominanti Mutazioni germinali dominanti ma “recessive a livello cellulare” : • Mutazioni che causano perdita di funzione di un allele conferiscono un “rischio di malattia”. Le cellule “patologiche” perdono per mutazione somatica l’allele WT es. Suscettibilità al cancro da mutazioni in geni onco-soppressori. Inattivazione di geni onco - soppressori : perdita di funzione Inattivazione di un allele Inattivazione del secondo allele per mutazione o delezione (10-10 x bp x mitosi in 6x1012 bp di genoma) Gene onco-soppressore Rb1 Rb Rb Rb Rb Alleli Rb normali Rb Mutazione germinale mutazione somatica mutazione somatica Retinoblastoma unico mono-laterale mutazione somatica Retinoblastomi multipli bilaterali ad insorgenza precoce Inattivazione di geni onco - soppressori con perdita di eterozigosità (LOH) Prima mutazione: puntiforme seconda mutazione: delezione Allele Allele 1 5 8 2 3 6 Allele Allele 1 5 8 2 3 6 Allele Allele 8 2 3 6 Inattivazione di geni onco - soppressori con perdita di eterozigosità (LOH) Tessuto sano Allele 3 1 5 8 Allele 3 2 3 6 Allele 1 4 6 8 Allele 3 2 3 6 Allele 5 3 4 6 Allele 3 2 3 6 Allele Allele 3 2 3 6 Allele 1 Allele 3 2 3 6 Allele 5 3 Allele 3 2 3 6 Tessuto tumorale 8 Loci studiati: Caso 1 Caso 2 Caso 3 8 1 ni + + 2 + 3 - 4 + + ni Sede del gene onco-soppressore D1S3669 SDHB exon 1 45_46insCC TTGCCGGCCCCACAACCCTTG D1S170 PBL GIST PGL 436 kb centr 50 kb telom