lezione 27-28
martedì 15 Dicembre 2009
corso di genomica
a.a. 2009/10
aula 6a ore 14.00-16.00
corso di laurea specialistica
magistrale Biotecnologia
lezione tenuta dal prof. Pietro d’Addabbo
Bioinformatica
per la Genetica e la Genomica
Bioinformatica per la Genomica
Operazioni classiche
con differente punto di vista:
1) Ricerca di informazioni nelle banche dati
2) Analisi di dati nuovi ed originali
3) Meta-analisi di dati noti
Carrellata di strumenti
per la ricerca di
informazioni
Entrez
PubMed
OMIM e OMIA
2) Analisi di dati originali
preparazione degli esperimenti
Primer3
Sequence Manipulation Site
analisi (multiallineamento)
dei risultati
Blast2seq
ClustalW
Primer3
Sequence Manipulation
Suite
ClustalW
Blast2seq
Blast2se
q
è sufficiente per confrontare genomi???
Genalyze
r
Mauve
3) Meta-analisi
Analizzare dati disponibili
estraendone
nuovi
risultati...
Meta-analisi
con metodi rapidi!!!
BLAST
EMBL, Ensembl, UCSC Genome Browser...
BLAST
siete certi di conoscerlo???
BLAST
siete certi di conoscerlo???
GenBank: un mito...
siete certi
di conoscerlo???
è ancora
omnicomprensivo?
Nucleotide Sequence Databases
* nr
All GenBank + RefSeq Nucleotides + EMBL + DDBJ + PDB sequences
(excluding HTGS0,1,2, EST, GSS, STS, PAT, WGS). No longer "non-redundant".
* refseq_rna
RNA entries from NCBI's Reference Sequence project
* refseq_genomic
Genomic entries from NCBI's Reference Sequence project
* est
Database of GenBank + EMBL + DDBJ sequences from EST Divisions
* gss
Genome Survey Sequence, includes single-pass genomic data, exon-trapped sequences, and
Alu PCR sequences.
* htgs
Unfinished High Throughput Genomic Sequences: phases 0, 1 and 2 (finished, are in nr)
* pat
Nucleotides from the Patent division of GenBank.
* pdb
Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank
* month
All new or revised GenBank + EMBL + DDBJ + PDB sequences released in the last 30 days.
* dbsts
Database of GenBank+EMBL+DDBJ sequences from STS Divisions .
* chromosome
A database with complete genomes and chromosomes from the NCBI Reference Sequence
project.
* wgs
A database for whole genome shotgun sequence entries.
* env_nt
Nucleotide sequences from environmental samples.
TRACES Archive
EMBL Genome Browser
Ensembl Genome Browser
Ensembl Genome Browser
1000 Genomes Browser
}
UCSC
Genome Browser
Sezione grafica (Genome viewer)
Scelta delle annotazioni visualizzate:
Mapping and Sequencing (gap, STS)
Genes and Gene Prediction (RefSeq)
mRNA and EST
Expression and Regulation (CpG)
Comparative Genomics (mouse, chimp)
ENCODE (functional DNA)
Variation and Repeats
Posizione sul genoma
STS markers
Geni Genbank
Geni RefSeq
Predizione genica
mRNA (Full-length)
EST umane
Geni di altre specie
Conservazione interspecie
Repeats (Alu, satellite)
Differenti specie, differenti tracks
Comparative genome track
Visualizzazione delle “BAC ends”: