Università degli Studi di Padova
C.L. Biologia Molecolare
A.A. 2010/2011
Corso di Biologia Molecolare 2
Relazione di Laboratorio
Studentessa:
Silvia Bacco
È un tool di Expasy;
permette di ricercare motivi proteici nel
database di Prosite;
si può utilizzare nelle modalità: Quick Scan
o Advanced Scan;
è disponibile all’indirizzo web:
http://expasy.org/tools/scanprosite/
Dopodiché si può avviare la
ricerca contro i motivi di
Prosite premendo
Si inseriscono da 1 a un massimo di 8
sequenze per riga in formato FASTA
UniprotKB oppure il CA identificativo
o la carta d’identità nell’apposito
spazio.
1
- Sequenza in formato FASTA
- codice identificativo della sequenza AC o ID
- un profilo di Prosite tramite codice identificativo
dello stesso (AC o ID)
- inserire sequenze multiple una sotto l’altra (fino ad
un massimo di otto se confrontate con tutti i profili
Prosite o fino a 16 se confrontate con più di un profilo
e 1000 se confrontate con un solo profilo)
Se dobbiamo inserire pattern
bisogna considerare l’altro box
dell’interfaccia come indicato in 2
Per inserire sequenze proteiche
bisogna considerare l’apposito box
dell’interfaccia del programma e
attenersi alle regole indicate in 1
(per Default si escludono i motivi
con alta probabilità di occurrence;
si può anche scegliere di non
scansionare profili)
2
-inserire il pattern (usando la convenzione di Prosite)
-inserire i profili multipli uno dopo l’altro con il proprio
AC/ID o pattern compilato a mano (al massimo 8 se li
cerco in riferimento a un database oppure 16 se contro
una proteina)
Nella sezione Protein
Database(s) è possibile
selezionare database
diversi (come
UniprotKB/Swiss-Prot,
UniProtKB/trEMBL, PDB)
nei quali effettuare la
ricerca e si possono
eventualmente includere
le varianti di risposta
dovute a splicing
alternativo (ed escludere
i frammenti).
Randomize database: (no per Default) nel caso in cui
abbiamo inserito dei pattern da confrontare con le
banche dati si può utilizzare per avere un riscontro di
maggiore accuratezza tramite la modalità reverse di
sequenze o tramite la modalità shuffle.
Nella sezione
Filter(s) si
possono inserire
dei filtri di
ricerca sulla
tassonomia o
sulla descrizione.
Per Default sono
inseriti quelli per
UniProtKB.
Nella sezione
Pattern si può
ridurre il campo
di ricerca a hits
che sono stati
trovati al
massimo un
numero X di volte
(per Default è
uguale a 1).
Il Match mode permette di compiere delle ricerche scegliendo la
combinazione di queste tre opzioni a seconda del nostro interesse:
greedy che estende gli elementi alle lunghezze più variabili dei
pattern; overlap che considera zone di sovrapposizione; includes
che considera i match di riscontro di zone sovrapposte.
Il formato può essere quello
selezionato con rappresentazione
grafica oppure simple HTML; plain
text output; plain text FASTA output
È possibile inserire un numero
massimo di riscontri ottenibili e
stabilire una soglia di hits per
escludere quelli meno probabili
che hanno punteggio basso.
Mostra risultati
con punteggi più
bassi rispetto al
valore soglia
Se abilitato inserisce le
informazioni complete
della proteina di
partenza accanto ai
risultati
Permette di ricevere le informazioni
richieste direttamente nella propria
casella di posta (soprattutto
quando i riscontri sono più di quelli
stabiliti per Default)
La prima parte dell’output riguarda la
ricerca di hits by profiles
Passando col mouse sopra il
dominio TDH si evidenzia in
giallo la parte di sequenza
associata al dominio
La seconda parte dell’output riguarda
la ricerca di hits by patterns.
Ancora una volta passando
col mouse sopra ADH_ZINC
si evidenzia in giallo la parte
di sequenza associatagli.
In entrambi i casi cliccando sopra il dominio evidenziato dal riscontro degli
hits (sia per i profiles che per i patterns) si apre una nuova schermata…
… con la descrizione di struttura,
funzioni, relazioni evolutive della
proteina e i relativi link ad altre
fonti…
… la scheda tecnica in
cui possiamo visualizzare
ad esempio i consensus
pattern, le strutture che
si possono visualizzare
con PDB…
… con le referenze su
autori che hanno
studiato l’argomento e
relativi link.
Per ulteriori informazioni è disponibile il manuale d’uso on-line all’indirizzo:
http://expasy.org/tools/scnpsit3.html