SOFTWARE
NLM 7506
VER 13/10/2015
DO015
Software
Real Gene
Versione 1.0
NUCLEAR LASER MEDICINE S.r.l.
UFFICI OPERATIVI: Viale delle Industrie, 3 – 20090 SETTALA MI (Italy)
Tel (+39) 02/95. 24. 51 - Fax (+39) 02/95. 24. 52. 37
SITO INTERNET: www.nlm.it – E-MAIL: [email protected]
Sommario
Sommario ................................................................................................................................................... 2
CARATTERISTICHE DEL COMPUTER ............................................................................................... 2
INSTALLAZIONE DEL PROGRAMMA ................................................................................................ 2
AVVIO DEL PROGRAMMA................................................................................................................... 2
PERSONALIZZAZIONE DEL REFERTO .............................................................................................. 3
UTILIZZO DEL PROGRAMMA ............................................................................................................. 4
RISOLUZIONE DEI PROBLEMI .......................................................................................................... 10
CARATTERISTICHE DEL COMPUTER
-
Processore Intel Pentium 4 o AMD, RAM 512, HDD 60Gb
Sistemi operativi: Windows 2000/XP/7
Attenzione: nel caso dell’esistenza di un server di rete, chiedere consiglio all’esperto informatico
locale.
INSTALLAZIONE DEL PROGRAMMA
1. Inserire il CD.
2. Eseguire il file “RealGene installer”, premere il tasto “Avanti” fino a installazione
completata.
3. Successivamente premere “Chiudi”: l’icona del programma apparirà sul desktop.
4. Se nel Cd fornito è presente un file di configurazione .rg, copiare tale file nella cartella
C:\Programmi\Real Gene.
AVVIO DEL PROGRAMMA
1. Aprire il programma cliccando due volte sull'icona “Real Gene”. Al primo avvio si apre la
seguente schermata:
2. Selezionare il file di configurazione corrispondente allo strumento di Real Time PCR in uso:
il nome del file comparirà in alto a sinistra.
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PERSONALIZZAZIONE DEL REFERTO
Dal menù a tendina selezionare “Strumenti: → Dati referto”: comparirà la finestra “Dati generali sul
referto”, dove inserire le informazioni relative al laboratorio che compariranno sui singoli referti.
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UTILIZZO DEL PROGRAMMA
1
APRIRE IL PROGRAMMA
Cliccare 2 volte sull’icona, apparirà la seguente schermata:
2
INSERIRE LE INFORMAZIONI RELATIVE ALLA SEDUTA E SELEZIONARE IL TIPO
DI FATTORE RICERCATO
3
INSERIRE I RISULTATI
3.1 Inserimento manuale dei risultati
Cliccare sul pulsante
per inserire i campi corrispondenti al numero di campioni da
analizzare.
Inserire la posizione del campione sulla piastra, il nome e le temperature dei picchi ottenuti: a
procedura ultimata nella tabella comparirà la genotipizzazione dei campioni.
3.2 Inserimento automatico dei risultati
3.2.1 Creare il file da esportare
Creare un file diverso per ogni singola mutazione da analizzare.
E’ utile avere una cartella di destinazione in cui salvare tutti i text report delle sedute ed è
altrettanto utile assegnare al file un nome che identifichi la mutazione ed eventualmente la
data.
 MX3005P
Dal software dello strumento MX3005P aprire la schermata “Analysis” della seduta che si
vuole analizzare.
Nella finestra “Analysis Selection/Setup” attivare solo i campioni da analizzare per la
mutazione/assay impostata nel software RealGene.
Nella finestra “Results” verificare che nella voce “Dissociation curve” sia impostato il
parametro “Product melting temperature (Tm), Max number 2” (solo per il codice di
prodotto AA978 impostare 3); alzare/abbassare la Threshold in modo che i picchi siano al
di sopra di essa.
Selezionare “Text report” e verificare che nel menu “column” siano selezionate le seguenti
voci: Well, Well Name, Tm Product 1 (-R’(T)) e Tm Product 2 (-R’(T)). Solo per AA978
selezionare anche Tm Product 3 (-R’(T)).
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Cliccare quindi con il tasto destro del mouse sulla tabella dei risultati, selezionare Export text
report/Export text report to text file e salvare i dati esportati nella cartella di destinazione.
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 CFX 96
Dal software dello strumento CFX 96 aprire la schermata “Melt Curve” della seduta di
RealTime FRET che si vuole analizzare.
Attivare solo i campioni da analizzare per la mutazione/assay impostata nel software
RealGene.
Impostare Negative nella casella Peak Type e alzare/abbassare la Threshold in modo che i
picchi siano al di sotto di essa.
Di seguito verrà riportata la procedura di esportazione del file con i risultati della seduta a
seconda della versione del software “Bio-Rad CFX Manager”.

Versione 3.0
Cliccare con il tasto destro del mouse sulla tabella dei risultati, selezionare Export to Text e
salvare i dati esportati nella cartella di destinazione. Il file da esportare, di default, verrà
nominato nel seguente modo: “nomesedutadicorsa – Melt Curve Summary”.
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Versione 3.1
Nella barra dei menu Cliccare “Export”, selezionare “Export All Data Sheets” in formato
Text (*.txt) e salvare i dati esportati nella cartella di destinazione. Verranno automaticamente
esportati tutti i files relativi alla seduta, il file contenente le informazioni necessarie per
l’analisi, di default, verrà nominato nel seguente modo: “nomesedutadicorsa – Melt Curve
Summary”.
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3.2.2
Importare i file nel software Realgene
Nella schermata sotto riportata, dal menu a tendina “Tipo di fattore ricercato” indicare il
fattore per il quale è stata eseguita la seduta da analizzare. Premere il tasto in basso “importa
dati”. Si aprirà una finestra in cui si dovrà cercare la cartella di destinazione contenente i file
.txt salvati e selezionare il file di testo specifico per la mutazione che si sta analizzando.
A procedura ultimata, nella tabella comparirà la genotipizzazione dei campioni.
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Attenzione
Se il picco di un campione cade al di fuori del range atteso, nella tabella comparirà il simbolo “!”
4. SALVARE E STAMPARE IL REFERTO
Dopo aver inserito tutti i dati e terminata l’analisi, si potrà bloccare il modulo cliccando su
“Approvazione del responsabile (blocco referto)”.
Dal menù a tendina selezionare:
- “File → salva” per salvare l’analisi effettuata e ed eventualmente modificarla in seguito;
- “File → stampa” per stampare il referto.
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5. ULTERIORI FUNZIONI
-
Per cercare i dati relativi ad un referto già salvato, dal menù a tendina cliccare “File Apri”.
Per procedere con una nuova analisi dal menù a tendina cliccare “File Nuovo” e procedere
allo stesso modo cambiando il fattore ricercato.
Il software chiede sempre conferma circa il salvataggio dei dati prima di passare ad una nuova
analisi o prima di richiamare un file già salvato.
RISOLUZIONE DEI PROBLEMI
Contattare Nuclear Laser Medicine:
- Per problemi in fase di installazione chiedere del CED;
- Per problemi di interpretazione chiedere di uno specialista prodotto.
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