APPLIED BIOLOGY AND MICROBIOLOGY IN THE AGRICULTURAL INDUSTRY RESEARCH AND INNOVATION Microrganismi per le produzioni lattiero-casearie Giorgio Giraffa, Domenico Carminati Centro di Ricerca per le Produzioni Foraggere e LattieroCasearie (CRA-FLC, Lodi) CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Ruolo dei microrganismi nelle produzioni lattiero-casearie Il settore lattiero-caseario … Fatturato dell’industria lattiero-casearia: 15 miliardi di euro 1° comparto alimentare italiano per fatturato (15% del food) 50.000 addetti, circa 3000 imprese 200.000 ton. latte fermentato 1.200.000 ton formaggi 42% formaggi DOP (soprattutto Grana e Parmigiano) Export formaggi: circa 300.000 ton, valore 2 miliardi di euro CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Microrganismi: origine e ruolo Materia prima (centinaia di specie, decine di generi) Ambiente lavorazione Colture starter Microrganismi: origine e ruolo latte microrganismi Derivati del latte: prodotti fermentati: microrganismi (LAB) dominanti latti fermentati, panne, formaggi (qualità (qualità) tecnologia - Colture acidificanti: avviano un rapido pH; guidano il processo fermentativo della materia prima; indirizzano maturazione (formaggi) - Colture con funzioni «aggiuntive» (complementari? funzionali?) CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Colture tradizionali Coltura starter per formaggi tipo Grana Padano, Parmigiano Reggiano, Provolone Latte (crudo) starter (sieroinnesto) backslopping siero CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Colture industriali - Impoverimento microbico materia prima - Esigenze di controllo del processo di fermentazione e di miglioramento/standardizzazione del prodotto finale - Necessità di innovazione di prodotto Industria specializzata colture selezionate composte da batteri isolati da habitat naturali e prodotte in larga scala Ceppi studiati per caratteristiche di interesse tecnologico e funzionale (functional foods, designer foods, medicinal foods, nutraceuticals, therapeutic foods, superfoods, foodceuticals and medifoods (Shah, Food Technol., 2001) CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Categorie «funzionali» VANTAGGI ORGANOLETTICI E TECNOLOGICI MIGLIORAMENTO QUALITATIVO E DIVERSIFICAZIONE PRODUTTIVA - Colture aromatiche (metaboliti primari e secondari: aldeidi, alcoli, a. organici, composti solforati, ..) - Proteolisi - Lipolisi maturazione - Trasformazioni di aminoacidi e acidi grassi - Esopolisaccaridi SICUREZZA - Colture protettive (antimicrobici naturali) - Colture resistenti ai batteriofagi HEALTH-PROMOTION - Diretta: probiotici - Indiretta: prodotti dei metabolismi, microbial cell factories Starters funzionali per vantaggi tecnologici Formaggi: accelerazione della maturazione La fase di maturazione richiede tempo ed ha un costo notevole, pertanto da tempo si sta cercando come poter accelerare il processo. Selezione di colture starter e co-colture NSLAB ad elevata capacità autolitica rilascio anticipato enzimi intracellulari riduzione tempi di maturazione CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Starters funzionali per vantaggi tecnologici Starters lattosio-negativi per produzione di yogurt Nella produzione di yogurt, il lattosio viene convertito in acido lattico fino a pH finale di 4,2-4,5. Durante la conservazione, il pH può diminuire al di sotto di 4.0 post-acidificazione (da Lb. delbrueckii subsp. bulgaricus): effetto indesiderato, gusto troppo acido e amaro. Mutanti lattosio-negativi permettono di ottenere yogurt meno acidi poiché queste cellule possono crescere solo in presenza di S. thermophilus lattosio fermentanti (protocooperazione) Starters funzionali per vantaggi tecnologici Struttura e consistenza LAB produttori di polisaccaridi (EPS esopolisaccaridi) sono utilizzati per la produzione di yogurt, panna acida, gelati, e di formaggi a basso contenuto di grassi Polisaccaridi aumentano la viscosità e la consistenza, migliorano la struttura, riducono la sineresi (spurgo di siero in latticini e formaggi), esaltano il gusto di prodotti a basso contenuto di grassi CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Conservazione e sicurezza Rimozione fattori anti-nutrizionali ammine biogene in particolari alimenti fermentati: ossidazione a NH4, H2O2 e aldeidi Antimicrobici naturali Batteri lattici selezionati per attività antimicrobiche: lotta biologica, limitazione/eliminazione additivi LAB producono diversi antimicrobici naturali: acidi organici (acido lattico, acetico, butirrico, caproico, formico, fenil-lattico) biossido di carbonio (CO2) acqua ossigenata diacetile etanolo batteriocine (sostanze di natura proteica) Conservazione e sicurezza Composti ad attività antifungina prodotti da batteri lattici Conservazione e sicurezza Conservazione e sicurezza Adattamento allo stress: la resistenza ai batteriofagi I batteriofagi costituiscono un serio problema per l'industria degli alimenti fermentati (yogurt, formaggi, probiotici!) probiotici una delle principali cause di fallimento del processo di fermentazione Soluzione: rotazione di colture starter fago resistenti Meccanismi di fago resistenza: Inibizione adsorbimento, restrizione-modificazione, infezione abortiva, CRISPR Selezione in laboratorio: ceppi con resistenza acquisita in presenza di particelle virali: - selezione di varianti già presenti nella popolazione; - stress adaptation Applicati ampiamente a livello industriale; NB: performance tecnologica varianti φR Health promotion Microrganismi probiotici Microbial cell factories Produzione enzimi, vaccini, citochine, metaboliti, .. Produzione di vitamine come riboflavina, acido folico. Un uso controllato di ceppi over-produttori: produzione di alimenti naturalmente arricchiti. I geni per la biosintesi di folato identificati in alcuni LAB (Lc. lactis , L. plantarum, L. bulgaricus). Via biosintetica include 7 steps, dal precursore guanosina trifosfato a tetraidrofolato. Assenza di alcuni geni nel genoma no sintesi (L. gasseri, L. acidophilus, L. johnsonii). Studi recenti di ingegneria metabolica aumento sintesi Peptidi bioattivi Il sistema proteolitico di alcuni LAB (es. Lb. helveticus) può contribuire alla liberazione di peptidi bioattivi agendo sulla caseina del latte, con effetti benefici quali: migliorano l'assorbimento nel tratto intestinale; stimolano il sistema immunitario esercitano effetti antiipertensivi o antitrombotica possono avere attività antimicrobica agiscono come vettori di minerali, specialmente calcio CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Starters funzionali e diversificazione di prodotto - CANADAIR WP2: Sviluppo di prodotti lattiero-caseari con elevato valore bio-funzionale Latte vacca scremato (≠% grasso) Formaggio dietetico S. thermophilus (SLAB, primario) - acidificazione - EPS - acido folico - gal+ L. plantarum (NS-LAB, accessorio) - peptidasi - riboflavina - (att. decolesterolizzante) Proteine: 1,5% (caseina ≈40%) Grasso: 0,4% Lattosio: 7% Lisozima: ≈ 4 g/L studio resistenza al lisozima - selezione lysR - adattamento - verifica caratteri Latte d’asina fermentato Impatto sulla qualità qualità! CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Prospettive: nuova generazione di colture “tailor-made” Pre-genomica 1. “Campagne” di isolamento da nuove fonti LAB con proprietà funzionali per applicazioni industriali da: (nuove) matrici/alimenti, prodotti artigianali, colture naturali, .. Key issue: ruolo e valorizzazione delle working collections Inconvenienti - Proprietà ceppo-dipendenti: bassa frequenza di biotipi utili (Parente e Cogan, 2004) - Approccio multistep .. lavoro enorme! CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Main selection criteria for LAB probiotics to be used in the food industry Category Selection criteria Specific requirement(s) Safety aspects Origin specification Taxonomic identity Human origin Belonging to Lactobacillus spp. (most species) and Bidifidobacterium spp. (most species) Absence of β-haemolytic, β-glucosidase, N-acetyl-β-glucosaminidase, and βglucuronidase activities Search for harmful activities Antibiotic susceptibility testing Clinical trials before marketing Absence of acquired resistance(s) Lack of toxicity and infectivity Functional aspects Search for in vitro properties Search for in vivo properties (by ingestion in animals or humans) Technological aspects Viability into food .. stepwise selections Functionality into food Impact on food quality .. subtractive selections Stress response Presence of defense mechanisms to enhance survival Prospettive: nuova generazione di colture “tailor-made” Pre-genomica 1. “Campagne” di isolamento da nuove fonti LAB con proprietà funzionali per applicazioni industriali da: (nuove) matrici/alimenti, prodotti artigianali, colture naturali, .. Key issue: ruolo e valorizzazione delle working collections Inconvenienti - Proprietà ceppo-dipendenti: bassa frequenza di biotipi utili (Parente e Cogan, 2004) - Approccio multistep .. lavoro enorme! - Microbi e stress! CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Prospettive: nuova generazione di colture “tailor-made” Microbi e stress Conseguenze: Caratteri poco stabili nel passaggio da selezione in laboratorio ad applicazione industriale: scala pilota necessaria Key issue: la coltivabilità coltivabilità! CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Prospettive: nuova generazione di colture “tailor-made” Microbi e stress 2. Improving robustness Composizione del mezzo es. glucosio e tween-80: > resistenza al succo gastrico Pre-adattamento esposizione a stress subletali (acido, bile, ..) Cross-protection overlap di diversi reguloni stress (es. pre-esposizione a temperature sub-letali aumenta tolleranza alla bile o all’acido) Instabilità Instabilità fenotipica! CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013 Prospettive: colture “tailor-made” Post-genomica 1. Selezione genomica - sequence availability, genomica comparativa e funzionale associata a piattaforme genotipiche HT (DNA/RNA arrays) e fenotipiche (es. GC MS/LC-MS di profili aromatici) Targeted selection es.: screening mirato di collezioni per la risposta cellulare globale allo stress 2. MGM - tecniche indirette (random mutagenesi, UV, coniugazione o trasduzione): no DNA esogeno/ricombinante; - modificazione genetica diretta/presenza DNA esogeno: ostacoli legislativi CRA Open Workshop on Applied biology and microbiology in the agricultural industry: research and innovation. CRA-NUT, Roma, 29 Ottobre 2013