Proteina intatta
1
2
3
4
Ala-Leu-Thr-Pro ... ... ... ...
Endoproteinasi Arg-C
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
a) Ile-Lys-Val-Trp-Glu-Gly-Thr-Gly-Leu-Val-Pro-Arg
1
2
3
b) Ser-Thr-Val
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
c) Ala-Leu-Thr-Pro-Val-Ser-Glu-Met-Val-Arg
Endoproteinasi Glu-C
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
d) Gly-Thr-Gly-Leu-Val-Pro-Arg-Ser-Thr-Val
1
2
3
4
5
6
7
e) Ala-Leu-Thr-Pro-Val-Ser-Glu
1
2
3
4
5
6
7
8
f) Met-Val-Arg-Ile-Lys-Val-Trp-Glu
Allineamento per sovrapposizione zone comuni:
e) Ala-Leu-Thr-Pro-Val-Ser-Glu
c) Ala-Leu-Thr-Pro-Val-Ser-Glu-Met-Val-Arg
f)
Met-Val-Arg-Ile-Lys-Val-Trp-Glu
a)
Ile-Lys-Val-Trp-Glu-Gly-Thr-Gly-Leu-Val-Pro-Arg
d)
Gly-Thr-Gly-Leu-Val-Pro-Arg-Ser-Thr-Val
b)
Ser-Thr-Val
Sequenza:
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
Ala-Leu-Thr-Pro-Val-Ser-Glu-Met-Val-Arg-Ile-Lys-Val-Trp-Glu-Gly-Thr-Gly-Leu-Val-Pro-Arg-Ser-Thr-Val
____________________________ ___________ ____________________ ___________________________ ___________
Anno
Quantita'
Tempo
196O
10 g
3 anni
1970
1 g
1 anno
1980
1 mg
1 settimana
1990
0.05 mg
1 giorno
2000
0.02 mg
1 giorno
Quantita' e tempi richiesti negli anni per sequenziare
un peptide di 50 residui amminoacidici
-Sequenziatore automatico di peptidi Applied Biosystem Procise 492 che opera
secondo il metodo di Edman della degradazione con fenilisotiocianato
Schema di un sequenziatore di peptidi
A)
Allineamento 1, 1, 1
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11
Ala Lys Thr Pro Glu Ser Thr Met Leu Val Pro
Ile Leu Val Trp Val Gly His Gly Val Arg
B)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
Val Leu Glu Pro Val Gly His Met Pro Arg Ile Lys
Ala Trp Thr Gly Thr Ser Leu Val Val
C)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12 13 14 15
Ala Leu Gly Leu Val Pro His Met Val Arg Ile Lys Val Trp Glu
Gly Thr Thr Pro
Ser
Estensione sequenza 1-10 Ala-Leu-Thr-Pro-Val-Ser-His-Met-Val-Arg
A)
Allineamento 1, 11, 11
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11
Ala Lys Thr Pro Glu Ser Thr Met Leu Val Pro
Ile Leu Val Trp Val Gly His Gly Val Arg
B)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
Val Leu Glu Pro Val Gly His Met Pro Arg Ile Lys
Ala Trp Thr Gly Thr Ser Leu Val Val
C)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12 13 14 15
Ala Leu Gly Leu Val Pro His Met Val Arg Ile Lys Val Trp Glu
Gly Thr Thr Pro
Ser
Estensione sequenza 11-12 Ile-Lys
A)
Allineamento 3, 1, 13
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11
Ala Lys Thr Pro Glu Ser Thr Met Leu Val Pro
Ile Leu Val Trp Val Gly His Gly Val Arg
B)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
Val Leu Glu Pro Val Gly His Met Pro Arg Ile Lys
Ala Trp T hr Gly Thr Ser Leu Val Val
C)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
13 14 15
Ala Leu Gly Leu Val Pro His Met Val Arg Ile Lys Val Trp Glu
Gly Thr Thr Pro
Ser
Estensione sequenza 13-15 Val-Trp-Glu
A)
Allineamento 6, 4, 1
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11
Ala Lys Thr Pro Glu Ser Thr Met Leu Val Pro
Ile Leu Val Trp Val Gly His Gly Val Arg
B)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
Val Leu Glu Pro Val Gly His Met Pro Arg Ile Lys
Ala Trp Thr Gly Thr Ser Leu Val Val
C)
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12 13 14 15
Ala Leu Gly Leu Val Pro His Met Val Arg Ile Lys Val Trp Glu
Gly Thr Thr Pro
Ser
Estensione sequenza 16-22 Gly-Thr-Gly-Leu-Val-Pro
Sequenza completa
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10 11 12
13 14 15 16 17 18 19 20 21
Ala-Leu-Thr-Pro-Val-Ser-His-Met-Val- Arg-Ile-Lys-Val-Trp-Glu-Gly-Thr-Gly-Leu-Val-Pro
Spettrometro di massa
Standard PTH-a.acidi Degradazione di Edman
Primo passo degradazione Edman
Peptide singolo
Secondo passo degradazione Edman
Peptide singolo
Degradazione di Edman su miscela di peptidi
Tre passi
Ciclo di
Edman
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
RESIDUI (miscela Lys-C)
D
N
S
Q
T
G
E
A
H
Y
R
P
M
V
C
W
F
I
K
L
203
32
11
9
9
7
7
6
5
5
1046
985
165
23
9
8
6
6
5
6
83
16
11
9
9
9
8
7
217
36
17
13
13
14
12
11
10
10
9
9
9
1774
290
47
23
13
11
9
9
9
9
8
8
7
7
7
6
5
5
4
5
575
94
17
13
12
11
10
8
8
7
7
7
5
5
5
6
5
5
5
4
4
4
1
1
1
776
93
11
7
5
3
3
3
2
2
2
1
2
1
1
1
2
1
1
1
1
68
8
43
5
4
4
2
2
2
2
1
3
2
2
1467
276
42
13
9
7
7
7
6
6
7
5
5
6
5
5
6
5
5
4
4
4
3
3
4
4
3
3
3
2
2
3
3
2
2
3
2
2
1
1
1
932
852
817
110
14
7
3
2
2
2
1
1
521
64
393
41
6
3
2
2
1
1
179
21
5
3
3
2
2
1
1
1
1
1
1
-
6
5
5
4
3
3
3
1316
1331
234
31
12
9
8
911
154
23
9
7
7
7
6
5
6
6
5
5
4
4
5
4
4
4
147
21
9
7
7
7
6
6
1837
1797
314
175
34
15
7
7
5
5
5
5
942
153
27
12
9
6
5
772
118
17
11
8
8
5
5
5
6
4
4
4
4
4
4
3
3
4
3
3
3
4
5
1693
317
49
1456
1471
264
41
16
10
9
9
7
7
7
5
5
5
4
5
4
4
4
5
4
4
4
4
4
4
4
5
4
4
4
4
87
13
7
6
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
69
11
5
3
2
2
3
1
1
2
1
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
-
1341
1285
209
35
13
7
827
116
17
694
106
19
8
6
6
5
5
492
426
68
17
9
7
285
43
15
9
7
7
5
5
5
4
4
4
4
4
3
3
3
3
3
3
2
2
2441
391
64
23
1293
226
48
22
12
9
9
8
8
8
8
7
7
587
543
89
19
13
11
11
10
10
9
163
27
17
15
11
95
12
10
10
9
3
2
4
1594
284
47
15
12
11
10
10
9
9
9
8
884
153
27
15
694
124
19
17
13
12
11
11
268
43
13
11
11
10
9
9
9
8
7
7
7
6
3
3
1711
305
52
15
13
11
11
9
9
1004
176
27
14
12
11
10
10
9
9
8
8
7
7
7
7
8
7
183
25
14
11
10
10
9
9
9
9
8
8
2
1632
1568
254
43
11
10
9
9
978
914
147
26
796
778
122
694
115
19
16
15
12
487
82
383
65
295
51
18
17
15
13
12
12
124
19
17
13
79
17
11
17
15
17
16
16
16
17
1322
221
39
25
17
18
831
146
23
17
16
18
17
17
18
16
17
16
16
16
17
17
18
17
17
18
17
16
17
16
18
17
17
17
3
3
3
2
2
2
2
2
3
2
2
2
912
156
26
15
13
11
10
10
9
563
89
19
16
14
13
12
11
10
10
10
9
9
9
9
9
9
8
8
8
2
2
2
1
1
1
2
2
2
1
2
1
1
2
2
1
2
2
879
124
643
87
15
12
9
9
9
8
8
7
7
6
7
6
7
6
6
5
5
5
5
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
3
412
67
14
9
9
7
6
5
5
5
5
6
5
5
5
5
61
11
3
2
2
2
2
3
1478
256
41
17
12
11
10
10
9
9
903
136
21
10
9
9
9
7
7
6
6
6
6
6
5
5
6
5
5
4
4
3
3
3
3
Ciclo di
Edman
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
RESIDUI (miscela Asp-N)
D
N
S
Q
T
G
E
A
H
Y
R
P
M
V
C
W
F
I
K
L
2723
472
75
19
11
9
7
7
6
6
49
43
21
10
8
8
7
7
6
6
5
5
5
3
2
2
3
2
4
3
3
2
3
322
57
255
43
13
9
7
5
5
4
5
5
4
4
1
544
62
432
397
45
8
3
2
2
2
1
2
2
2
1
1
2
1
2
2
2
3
2
2
2
1
2
1
3
1
2
2
2
1
2
2
187
31
13
11
9
9
7
7
1
1
1
1
477
51
351
39
9
6
4
4
3
4
143
19
98
177
23
9
6
5
5
7
5
5
902
169
752
123
19
9
9
8
8
7
7
6
6
7
5
6
128
121
15
11
1013
1987
362
63
16
12
9
9
8
422
76
27
31
15
9
23
11
10
8
8
8
7
7
3
2
986
147
23
13
698
112
18
411
77
15
13
13
12
9
9
9
8
131
15
9
9
1
1
1
561
87
16
5
4
3
3
3
2
2
2
1
1
1
1
1
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
-
2
2
1
1
1
2
5
983
169
25
11
8
266
43
217
186
29
11
7
6
83
77
11
3
2
2
834
811
132
21
12
962
143
369
344
63
16
13
12
12
10
142
24
17
13
12
2
2
3
882
142
737
119
19
477
87
17
11
9
8
8
7
173
29
11
9
10
9
9
4
2113
381
64
15
11
9
7
6
5
6
5
5
5
221
31
12
11
9
9
8
8
7
3
3
956
143
795
761
701
111
17
393
713
98
277
523
79
193
188
23
15
13
11
10
10
16
15
18
853
146
19
18
584
96
25
19
20
18
17
19
17
16
16
18
17
16
16
16
3
3
988
178
29
12
10
9
9
7
7
338
49
17
11
10
11
10
9
9
7
8
7
2
2
3
2
3
2
2
4
493
433
71
15
13
12
11
10
9
9
9
8
7
7
6
1
1
1
2
1
1
1
1
2
1
1
321
48
239
31
12
10
9
9
9
8
7
7
2
1
2
2
2
2
721
112
16
11
10
10
9
9
9
8
7
7
158
21
14
10
9
Ciclo di
Edman
D
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
RESIDUI (miscela CNBr)
N
1123
5
221
4
43
5
17
4
198 1036
35
192
12
34
775
11
121
7
26
6
9
5
5
4
83
411
14
68
5
18
3
7
5
5
4
4
4
5
3
5
3
3
4
4
213
3
32
4
14
4
9
3
7
4
5
4
5
3
S
Q
T
G
4
611
623
57
431
32
6
3
3
2
3
2
2
2
2
1
2
2
2
1
1
2
1
2
1
1
1
1
1
3
2
2
2
3
3
2
2
2
2
2
2
3
2
2
324
64
13
7
5
5
4
4
3
3
3
2
2
2
2
2
1
528
42
494
33
321
28
7
5
497
36
224
23
178
183
180
15
5
3
2
1
2
1
2
2
77
11
7
5
5
4
4
914
148
24
7
5
672
97
14
6
5
5
6
4
4
277
264
46
11
7
7
5
5
5
5
E
A
1376
9
1425
3
234 2524
1067 432
178
69
36
14
9
11
7
10
753
9
101 712
17
98
9
17
7
11
5
497
5
67
72
13
11
9
6
9
5
9
4
8
4
9
3
8
4
7
4
7
4
7
3
6
4
5
4
6
4
6
H
Y
R
P
M
1
1
1
3
589
92
13
5
5
5
4
3
3
4
3
3
3
2
2
2
2
3
2
2
2
2
2
1
2
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
1
-
9
987
152
766
93
17
11
7
466
421
51
12
7
9
393
44
8
5
3
3
5
103
13
7
3
2
1
2
1
1422
1489
1476
1398
1363
243
52
14
812
134
28
10
496
75
16
11
9
9
10
8
8
7
8
6
6
5
6
6
6
2
4
3
16
5
3
3
2
2
2
2
1
2
2
2
2
2
2
2
2
4
2
2
2
2
2
1
3
2
V
C
5
2
1317
1
182
2
42
2
9
966
7
973
6
2673
6
463
7
82
5
698
5
1073
4
177
4
511
3
499
454
93
77
14
14
8
6
7
5
6
5
7
4
8
4
6
5
5
187
6
29
6
11
6
7
107
6
12
6
7
W
16
14
17
921
176
32
18
17
18
17
18
16
16
17
18
15
16
17
16
15
15
16
16
17
18
143
23
19
18
F
I
2
1521
3
277
3
1233
2
224
5
37
1007
12
155
10
26
7
11
7
9
6
7
7
7
5
7
5
6
6
6
6
6
5
5
5
5
4
6
5
4
4
5
4
5
5
5
5
5
5
163
4
25
5
13
4
7
4
7
4
K
L
1
1
1
1
1
2
813
131
24
11
583
94
18
12
7
6
5
3
3
3
3
3
2
3
2
2
2
2
1432
212
33
10
6
7
7
6
8
7
6
5
6
6
5
6
5
7
298
52
13
10
11
9
9
7
6
7
6
Lunghezza sequenza: 71
66
EEAMPSAWPCCDECGTCTRMIPPRCTCMDVSPSGCHPACKNCVQTTLGGRDVFWCMLRIENFCKR(CR)CTPAR
Ultimo allineamento dati:
Set CNBr=16
Set Lys-C=8
Set
Asp-N=22
Nessuna ulteriore estensione
Calcolo peso molecolare peptidi presenti nella miscela CNBr
Frammento 1-4
1.EEAM
Frammento 5-20
1.PSAWPCCDECGTCTRM
Frammento 21-28
1.IPPRCTCM
Frammento 29-56
1.DVSPSGCHPACKNCVQTTLGGRDVFWCM
Frammento 57-71
1.LRIENFCKRCCTPAR
2.LRIENFCKRRCTPAR
1 possibilità
MH += 449
1 possibilità
MH += 2149
1 possibilità
MH += 1100
1 possibilità
MH += 3400
2 possibilità
MH += 2124
MH += 2072
Calcolo peso molecolare peptidi presenti nella miscela Lys-C
Frammento 1-40
1.EEAMPSAWPCCDECGTCTRMIPPRCTCMDVSPSGCHPACK
Frammento 41-64
1.NCVQTTLGGRDVFWCMLRIENFCK
Frammento 65-71
1.RCCTPAR
2.RRCTPAR
1 possibilità
MH += 5141
1 possibilità
MH += 3147
2 possibilità
MH += 1016
MH += 964
Calcolo peso molecolare peptidi presenti nella miscela Asp-N
Frammento 1-11
1.EEAMPSAWPCC
Frammento 12-28
1.DECGTCTRMIPPRCTCM
Frammento 29-50
1.DVSPSGCHPACKNCVQTTLGGR
Frammento 51-71
1.DVFWCMLRIENFCKRCCTPAR
2.DVFWCMLRIENFCKRRCTPAR
1 possibilità
MH += 1433
1 possibilità
MH += 2336
1 possibilità
MH += 2544
2 possibilità
MH+= 3010
MH+= 2958
A)
a) N F C K R R C T P A R
b) E E A M P S A W P C C D E
c) C G T C T R M I P P R C T C M D V S P S G C H P A C K N C V Q T T L G G R D V F W C M
B)
Cicli di Edman
1
2
3
4
5
6
7
8
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
D
E
P
I
L
S
E
R
P
V
S
A
P
I
T
E
R
P
W
N
S
P
C
T
G
C
F
C
D
T
H
K
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R
P
A
R
C
G
C
T
K
N
P
C
T
A
C
R
V
Q
T
T
T
L
G
G
R
D
V
F
W
C
T
L R I E
Sequenza dei peptidi individuali ottenuti mediante digestione con proteasi V8
a) N F C K R R C T P A R
¯
b) E E A M P S A W P C C D E
c) C G T C T R M I P P R C T C M D V S P S G C H P A C K N C V Q T T L G G R D V F W C M L R I E
Residui identificati dall' analisi di sequenza della miscela CNBr.
Passi di Edman
1
2
3
4
5
6
7
8
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
D
E
P
I
L
S
E
R
P
V
S
A
P
I
T
E
R
P
W
N
S
P
C
T
G
C
F
C
D
T
H
K
E
R
P
A
R
C
G
C
T
K
N
P
C
T
A
C
R
V
Q
T
T
T
L
G
G
R
D
V
F
W
C
T
Allineamento dei peptidi individuali:
1-9)-Peptide c (via
10-4)-Peptide a (via continua
Peptide b (via discontinua 1-4/1-9; coppia Inizio-Fine
discontinua 10-16/1-8/1-28/1-4; coppia Inizio-Fine
5-15; coppia Inizio-Fine
5-15)
Sequenza della proteina:
1
5
10
15
20
25
30
35
40
45
50
55
60
65
70
EEAMPSAWPCCDECGTCTRMIPPRCTCMDVSPSGCHPACKNCVQTTLGGRDVFWCMLRIENFCKRRCTPAR
Passi di Edman (miscela)
1
2
3
4
5
6
7
D
E
P
I
L
S
E
R
P
V
S (T) N
A E S
P R P
I P C
W
(M)
T
G
C
F
C
8
9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27 28
D E
(T) R
H P
K
(M)
A
R
C
G
C
T
K
N
P
C
T
A
C
R Q T
V (T)
(M)
T
L
G
G
R
D
V
F
W
C (T)
(M)
G
R
D
V
F
W
C
Peptidi individuali
E
P
E
S
A
A
M/
W P
I
D
L
P
V
R
P
S
I
R
P
E
peptide b
C
C
D
E
C
G
T
C
T
R
M/
C
S
T
G
C
C
M/
H P
A
C
K
N
C
V
Q
N
F
C
K
R
C
T
P
A
R
R
peptide c
T
T
L
G
peptide a
M/