TECNICHE DI BIOLOGIA
MOLECOLARE
LA REAZIONE POLIMERASICA A CATENA
Principi teorici e aspetti pratici
• Dott. MASSIMILIANO BERGALLO Dipartimento di Sanità Pubblica e
Microbiologia Università degli Studi di Torino
POLYMERASE CHAIN REACTION
(PCR)
1955 A. Kronembreg e coll. (Stanford University)
scoprono la DNA-polimerasi cellulare
primers
DNA genomico
DNA polimerasi
DNA polimerasi
primer
Nucleotide
(dNTP)
Nel 1983 K.B. Mullis utilizzò la DNA polimerasi in una
reazione di polimerizzazione ciclica: la PCR
APERTURA
DOPPIA ELICA
DEL DNA
LEGAME DEI
PRIMERS DI
INNESCO
DUPLICAZIONE
DEL DNA
STAMPO
ELEMENTI NECESSARI PER LA REAZIONE DI
AMPLIFICAZIONE
Primers
DNA polimerasi
Desossi Nucleotidi trifosfati
(dNTP)
Base Azotata
(Adenina, Timina,
Citosina, Guanina, Uracile)
DESOSSIRIBOSIO
DNA STAMPO
fase 1:
DENATURAZIONE
La doppia elica di DNA stampo è aperta al calore
94°C
fase 2:
ANNEALING
I primers si appaiano alle sequenze complementari sul
DNA stampo
37-72°C
fase 3:
ESTENSIONE
La DNA polimerasi allunga gli inneschi e produce
2 nuove catene di DNA
72°C
IL PROCESSO SI RIPETE
Ad ogni ciclo il numero di molecole di DNA
“copiato” raddoppia
Siti dei primers
DNA target
Lunghezza DNA amplificato
DNA estratto dal campione
Resa teorica di una reazione di PCR a partire da
una singola copia di DNA
Numero di cicli
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
Numero di molecole di amplificati
2
4
8
16
32
64
128
256
512
1.024
2.048
4.096
8.192
16.384
32.768
65.536
131.072
n
262.144
524.288
1.048.576
Y= numero molecole di DNA
2.097.152
amplificato
4.194.304
N= numero molecole di DNA
8.388.608
16.777.216
di partenza
35.544.432
n= numero dei cicli di PCR
67.777.216
134.217.728
268.435.456
536.870.912
1.073.741.724
Y= N2
LA FORMULA DELLA PCR
Y =N (1+E)
n
Y = resa di amplificazione
N = numero di molecole di DNA di partenza
E = efficienza di reazione
n = numero di cicli di amplificazione
efficienza media
100
95
90
85
resa finale (20 Cicli)
1.048.576
631.964
375.900
220.513
% teorica max
100
60
36
21
LA REAZIONE DI PCR
Plateau
Fase Lineare
Log [DNA]
Fase Geometrica
n° cicli
CAUSE DELL’EFFETTO PLATEAU
 Competizione tra il prodotto dei cicli precedenti e i primers
per l'ibridazione
 Inattivazione termica dell’enzima
 Riduzione del rapporto molare tra le concentrazioni della
DNA-polimerasi e del DNA
 Riduzione progressiva dell’efficienza di denaturazione e/o
di ibridazione
 Distruzione degli amplificati per l’attività esonucleasica 5’>3’
della polimerasi
 Accumulo di pirofosfati (inibitori della polimerasi)
 Progressiva diminuzione della concentrazione di uno o più
componenti necessari alla reazione (?)
PRINCIPALI FATTORI CHE INFLUENZANO LA RESA
DELLA PCR
Specificità
Sensibilità
Riproducibilità
Scelta dei primers
Condizioni di reazione
Contaminazione
Scelta dei primers
Eterogeneità genomica
Presenza di inibitori
Tipo di campione
Efficienza della reazione
Standardizzazione delle fasi del metodo:
preparazione del campione
protocollo di PCR
sistema di rivelazione
PCR: PARAMETRI DI OTTIMIZZAZIONE










Acido Nucleico TARGET
Disegno dei Primers
Temperatura di Annealing
Concentrazione di Mg++
Concentrazione di dNTPs
Qualità e quantità di Enzima
Forza Ionica del tampone
Presenza di Cosolventi
Parametri dei Cicli
Numero di Cicli
I REAGENTI DELLA REAZIONE DI PCR
DNA TARGET
NATURA:
 Omogeneo (plasmide purificato): ogni molecola è
identica e rappresenta la sequenza da amplificare
 Eterogeneo (mix di diverse molecole di DNA, come il
DNA
genomico, sospensione cellulari o materiale
biologico)
Purezza: intesa come assenza di componenti che
diminuiscono l’efficienza della PCR
DNA TARGET
Inibitori della PCR










Troppo DNA
Troppo RNA
Presenza di emoglobina
Eparina
Ioni metallici
SDS
Composti Aromatici
Etanolo
Urea
Detergenti
Ecc.
DNA TARGET:
QUANTITA’ OTTIMALE
0.1 a 1-2 ug di DNA genomico
Per reazione di PCR
Il DNA umano è costituito da circa 3.3 x 109 bp, (1bp= 650 dalton)
Il DNA contenuto in una cellula pesa circa 6.6 x10-6 ug
1 ug di DNA genomico corrisponde a circa 5 x 10-7 pmoli
Circa 150.000 cellule umane contengono 1 ug di DNA
3 pg di DNA genomico contengono 1 copia di ogni gene umano
OLIGONUCLEOTIDI O PRIMERS
 SPECIFICI






 UNIVERSALI
 DEGENERATI
Estrema cura nella scelta della regione da amplificare
Estrema purezza
Lunghezza: 20-30 paia di basi (non meno di 16 bp)
Equilibrato rapporto AT/GC
Tm comprese tra 45-68° C
Tm simili (+/- 2 C)
DISEGNO DEI PRIMERS
 Evitare sequenze inusuali come serie di purine o pirimidine
 Evitare sequenze palindromiche che provocano strutture
secondarie (loop).
 Le estremità 3’ non devono essere tra loro complementari:
formazione dei “primers-dimeri”
-OH
OH-
Taq
-OH
La concentrazione utilizzata è:
0.2-1 mM (20-100 pmoli/reazione)
PROVARE EMPIRICAMENTE IN FASE DI OTTIMIZZAZIONE
FORMAZIONE DEI “PRIMERS-DIMERI”
FORMAZIONE DEI “PRIMERS-DIMERI”
FORMAZIONE DEI “PRIMERS-DIMERI”
FORMAZIONE DEI “PRIMERS-DIMERI”
TAMPONE DI REAZIONE
Standard PCR
1x Taq Buffer
 10mM Tris-HCl: pH 8.3 a t.a.
 50mM KCl
 1.5mM MgCl2 (!!!!)
 controllo pH
(attività Taq polimerasi)
 controllo forza ionica
….(termostabilità Taq polimerasi)
Cosolventi: diminuiscono la temperatura di denaturazione e di annealing:
DMSO, formamide, glicerolo
CONCENTRAZIONE DI MgCl2
 Necessario per l’attività enzimatica
 Stabilizza l’ibridazione del DNA
 Sottratto alla reazione da diversi fattori: DNA, EDTA,
supporto in vetro (In Situ), dNTPs.
 Legato dai dNTP (gruppi fosfato)
 Concentrazione ottimale: dNTP+ primers+ DNA
 Effettuare sempre una “titolazione” di Mg++ quando
vengono cambiati i parametri di reazione
La concentrazione utilizzata è:
0.5-5 Mm (generalmente 1.5 mM)
PROVARE EMPIRICAMENTE IN FASE DI OTTIMIZZAZIONE
CONCENTRAZIONE DI MgCl2
[Mg++] mM
amplificato
specifico
deossiNUCLEOTIDI TRIFOSFATI: dNTPs
Base Azotata
(Adenina, Timina,
Citosina, Guanina,
Uracile)
DESOSSIRIBOSIO
La concentrazione utilizzata è:
0.2 mM ciascuno (200uM)
N.B. Usare dUTP ad una concentrazione 2-5 volte maggiore
DNA POLIMERASI (Taq polimerasi)
attività
3’ esonucleasica
attività
5’ esonucleasica
attività
catalitica
DNA POLIMERASI (Taq polimerasi)
Enzima naturale
Enzima ricombinante AmpliTaq
rTth
DNA
RNA
dNTP modificati
5’- 3’ EXO
attività
catalitica
DNA POLIMERASI (Taq polimerasi)
Stoffel fragment
più termostabile: DNA ricco di CG
5’ EXO
attività
catalitica
DNA POLIMERASI (Taq polimerasi)
AmpliTaq GOLD
5’ EXO




attività
catalitica
DNA
RNA
dNTP modificati
Versione Modificata dell’ AmpliTaq DNA Polimerasi
Stessa attività catalitica e termostabilità
L’attività catalitica è attivata termicamente e progressiva
Hot-start PCR
LE CONDIZIONI DI REAZIONE
DENATURAZIONE
 SEPARAZIONE DELLE DUE ELICHE DEL DNA TARGET
 mezzo di reazione (presenza di cosolventi)
 natura del DNA target
 denaturazione preliminare di 3-5 minuti
94-95°C per 15-60 secondi
ANNEALING
 INCONTRO E IBRIDAZIONE DEI PRIMERS CON IL DNA
TARGET
 FASE PIU’ DELICATA DELLA PCR
 Calcolo della temperatura di annealing (Tm-5°C)
 La durata dipende dal tipo di strumento utilizzato
Calcolo della temperatura di annealing:
 Uso di sofisticati algoritmi
 Uso della formula 2(A+T) + 4(C+G)
provare
empiricamente
ESTENSIONE
 POLIMERIZZAZIONE DI NUOVE MOLECOLE COMPLEMENTARI AL
DNA TARGET
 Lunghezza della sequenza amplificata
 Tipo di strumento impiegato
 Estensione finale di 5-10 minuti
72°C per 15-60 secondi
NUMERO DEI CICLI
 Varia a seconda del numero di copie iniziali di DNA
target e della sensibilità richiesta:
 1 ug DNA genomico (150.000 copie)

10.000 copie

1.000 copie

100 copie

10 copie
25 cicli
30 cicli
34 cicli
38 cicli
42 cicli
N.B. Oltre un certo numero di cicli non si ottiene più un aumento del
numero di amplificati, per ottenere una sensibilità maggiore ricorrere ad
altri sistemi (nested-PCR)
I PARAMETRI DELLA REAZIONE DI PCR
Parametri
Condizioni di reazione
Buffer Taq polimerasi
KCl 50Mm, tris-cloruro 10mM + MgCl2
DNA target
0,1-2 ug DNA o RNA (cDNA)
Primers
0,2-1 mM (20-100 pmoli per reazione)
MgCl2
0,05 e 5 mM
dNTP
0,2 mM ciascuno (200uM).
Taq polimerasi
0,1-4 U
Totale miscela di reazione
25 – 100 ul
Denaturazione
94-98°C
Annealing
37-72°C
Estensione
60-72°C
Numero dei cicli
25 – 40
OTTIMIZZAZIONE DELLA REAZIONE DI PCR:
FORMAZIONE DI PRODOTTI ASPECIFICI
Pre PCR

Primer Dimeri

pre-PCR mispriming
FORMAZIONE DI PRODOTTI ASPECIFICI NEI PRIMI
CICLI DI AMPLIFICAZIONE
DNA denaturato
primers
DNA ds
Taq polimerasi
FORMAZIONE DI PRODOTTI ASPECIFICI NEI PRIMI
CICLI DI AMPLIFICAZIONE
concentrazione Taq polimerasi
HIGH
LOW
OTTIMIZZAZIONE DELLA REAZIONE DI PCR:
FORMAZIONE DI PRODOTTI ASPECIFICI
durante la PCR

Disegno dei primer poco accurato
 Errata temperatura di annealing
 Concentrazione di MgCl2 non ottimale
 Ottimizzazione dei parametri di amplificazione
 Hot-start PCR
TIPI DI PCR
NESTED - PCR
5’
-
3’
DNA TARGET
-
Primo step:
Primers Esterni
I AMPLIFICATO
Secondo Step:
Primers Interni
II AMPLIFICATO
RIVELAZIONE ED ANALISI DEL PRODOTTO DI AMPLIFICAZIONE
PCR MULTIPLEX
 permette l’analisi di più target contemporaneamente
 vengono usati miscele di primers o primers degenerati
PCR in situ
Il DNA o l’RNA vengono amplificati direttamente nelle cellule
e nei tessuti morfologicamente intatti
LIGASE CHAIN REACTION (LCR)
mismatch: mutazione puntiforme
DNA stampo
primers antisenso
primers senso
ligasi
termostabile
primers “legati”
il processo si ripete
per 30 o più cicli
primers legati:
prodotti di LCR
no “amplificati” LCR
TRANSCRIPTION MEDIATED AMPLIFICATION
(TMA)