INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Modalità di utilizzo dei server di calcolo
del C.E.D. di Frascati
Frascati, 14.04.2005
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
1
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Macchine per lavori interattivi e batch
Nome macch.
Arc.
Sist. Oper.
N° cpu
sp3-1
sp3-2
sp4-1
onyx2ced
bw305-1
bw305-2
Power III
“
Power IV
R14000
Pentium 4
“
AIX 5.1.3
“
“
IRIX 6.5
Red Hat 9
“
16
“
32
8
1
“
Frascati, 14.04.2005
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
RAM
Freq.
16 GB
“
32 GB
8 GB
1 GB
“
375 MHz
“
1100 MHz
600 MHz
2.4 GHz
“
2
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Macchine riservate per lavori batch
Nome macch.
Arc.
Sist. Oper.
N° cpu
sp4-2
sp4-3
sp4-4
14 x bw305
Power IV
“
“
Pentium 4
AIX 5.2.4
“
“
Red Hat 9
32
“
“
1
Frascati, 14.04.2005
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
RAM
Freq.
32 GB
“
“
1 GB
1500 MHz
1900 Mhz
“
2.4 GHz
3
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Suddivisione delle Risorse di calcolo
sp3
32 nodi
Power III
Frascati, 14.04.2005
sp4
sgi
128 nodi
Power IV
8 nodi
R14000
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
linux
16 nodi
Pentiun 4
4
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Modalità di accesso alle risorse
Si può utilizzare il commando ssh o telnet.
Oppure il software Citrix (Ica Client) selezionando l’applicazione
INFOGRID tra quelle pubblicate dal software (MetaFrame Presentation
server).
Ex. ssh –l enea sp3-1
telnet sp3-1 (solo dalla rete ENEA)
Frascati, 14.04.2005
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
5
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Comando per controllare lo stato delle risorse
lsload –R nome delle risorsa frascati (report delle macchine di una specifica
risorsa)
lsload frascati (report delle macchine appartenenti a tutte le risorse di Frascati)
Ex. lsload –R linux frascati
Frascati, 14.04.2005
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
6
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Compilatori e ambienti paralleli
I compilatori disponibili sono:
IBM Fortran e C su sp3 e sp4
PGI Fortran su linux
MPICH Fortran e C su sp3, sp4, i386_linux e sgi
GNU (gcc g77) su linux
SILICON GRAPHICS Fortran e C su sgi
Gli ambienti paralleli disponibili sono:
MPI
POE su sp3 e sp4
PVM e MPICH su sp3, sp4, linux e sgi
SMP
OpenMP su sp3, sp4 e sgi
OpenMP + MPI su sp3 e sp4 (parallelo misto)
Frascati, 14.04.2005
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
7
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Esempi di compilazione
Seriale:
xlf –o pippo pippo.f
pgf77 –o pippo pippo.f
f77 –o pippo pippo.f
IBM Fortran
PGI Fortran
SILICON GRAPHICS Fortran
Parallelo:
mpxlf –o pippo pippo.f
xlf90_r –o pippo –qsmp=omp pippo.f
mpicc –o pippo pippo.f
Frascati, 14.04.2005
IBM Fortran MPI
IBM Fortran OpenMP
MPICH i386_linux
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
8
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Run di un job seriale batch
Scheduler LSF
Comando bsub
Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere:
bsub –R* nome della risorsa* * –q nome della coda ** * my_programm
dove:
* -R può essere sostituito con –m nome della macchina
* * nome della risorsa può essere uguale a (“ sp3, sp4, sgi o linux ”)
*** nome della coda può essere uguale a (“ small_10m, medium_2h, large ”).
Ex. bsub –R sp3 –q medium_2h pippo
bsub –m sp4-2 –q large pippo
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Run di un job parallelo batch (solo SP3 o SP4)
Scheduler LSF + LOADLEVELER
Script poe.bsub
Richiede il file .rhosts
Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere:
poe.sub my_programm nome della risorsa* -inp my_input –out my_out –err my_error
–queue nome della coda ** -procs n***
dove:
* nome della risorsa può essere uguale a (–sp3 o –sp4)
** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large).
*** n = 2÷32 per sp3 , 2 ÷128 per sp4
Ex. poe.sub pippo –sp3 –inp pippo.inp –out pippo.out –err pippo.err –queue
medium_2h –procs 16
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Run di un job parallelo PVM batch
Scheduler LSF
Script mcnp.bsub
Richiede il file .rhosts
Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina interattiva scrivere:
mcnp.sub i=my_programm nome della risorsa* queue nome della coda ** tasks n***x1
dove:
* nome della risorsa può essere uguale a (sp3,sp4 o sgi )
** nome della coda può essere uguale a (small_10m, medium_2h, large)
*** n = 2÷32 per sp3 , 2÷128 per sp4, 8 per sgi
Ex. mcnp.sub i=pippo sp3 queue medium_2h tasks 16*1
Frascati, 14.04.2005
Infrastrutture e Servizi per il
Calcolo Scientifico
11
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Run di un job parallelo interattivo (I386_linux) MPI
Parallel environment MPICH
Richiede il file .rhosts
Dal prompt della Shell (KSH o C) di una macchina linux scrivere:
mpirun –np n* -machinefile my_machinefile ** pippo
dove:
*
n= 2÷16
** my_machinefile è un file che contiene l’elenco delle macchine
Ex. mpirun –np 8 –machinefile hostfile pippo
INFO
Sevizio Centralizzato Informatica e Reti
Comandi per controllare lo stato dei jobs
sottomessi
bjobs lista dei propri jobs in esecuzione o in coda d’attesa
bjobs –u all lista di tutti i jobs
bkill cancella un job in coda
bpeek lista dello standard output
Per ottenere ulteriori informazioni sull’utilizzo dei comandi digitare:
man nome del comando
INFO
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