CITOGENETICA CONVENZIONALE E MOLECOLARE CITOGENETICA CONVENZIONALE La citogenetica convenzionale è una tecnica che permette lo studio del numero e della struttura dei cromosomi (studio del cariotipo) I cromosomi vengono esaminati “bloccati” in metafase. Step: •prelievo del campione (SP, BM o tessuto linf.) •allestimento delle colture cellulari •allestimento dei preparati •bandeggio dei cromosomi Allestimento delle colture e dei preparati Tecniche di coltura Allestimento preparati •Diretta: terreno di coltura+colchicina 4-6 ore •Medio termine: terreno + colchicina 24-48 ore •Sincronizzata: blocco in fase S (MTX) rimozione del blocco colchicina •post-incubazione: centrifugazione •soluzione ipotonica per distensione dei cromosomi •centrifugazione → fissativo (alcol metilico o acido acetico) Tecniche di bandeggio dei cromosomi Tecniche generali (intero cromosoma) Bandeggio Q Bandeggio G Bandeggio R BANDEGGIO STATICO Tecniche speciali (porzioni cromosoma) Bandeggio C Bandeggio Cd (fuso) Bandeggio NOR geni RNA ribosomi BANDEGGIO DINAMICO Informazioni sul tipo di replica di ogni cromosoma durante la fase S (uso raro in onco-ematologia) Bandeggio Q •mostarda di chinacrina (intercala tra copppie di basi) •contrasto tra bande: scarso • non colora telomeri •colora eterocromatina Bandeggio R •soluzione salina + Giemsa •complementari a bande Q e G (soluzione salina) •contrasto < a bandeggio G •colora telomeri eucromatina •colora poco eterocromatina Cromosomi normali Cromosoma metacentrico Cromosoma submetacentrico Cromosoma acrocentrico Cariotipo normale 46 cromosomi (n. diploide) 22 coppie (omologhi) autosomi (1-22) 2 cromosomi sessuali XY (M) e XX (F) Anomalie cromosomiche Anomalie del numero Anomalie strutturali •quasi aploidi (n +/-) •ipodiploidi (2n-) •iperdiploidi (2n+) •pseudodiploidi •monosomie •trisomie •traslocazioni (reciproche e non) •delezioni (intersiziali o terminali) •duplicazioni •inversioni Traslocazioni T (2;15) (p11.2;q11.2) bilanciata T (13;14) (p11.2;p11.2) sbilanciata Delezioni cromosomiche Del (7) (q11.23 q21.2) delezione interstiziale braccio lungo (q) cromosoma 7 CITOGENETICA MOLECOLARE (FISH) La Fluorescent In Situ Hybridization (FISH) è una tecnologia che utilizza sonde nucleotidiche marcate (DNA probes) per identificare specifiche regioni di un cromosoma ovvero determinate sequenze del DNA. Step: •denaturazione del DNA •incubazione sonda + DNA denaturato (“annealing”) •rilevazione del segnale della sonda con microscopio a fluorescenza Tipi di sonde (DNA probe) Nucleotidi + biotina o digossigenina (fluorocromo + streptavidina) (fluorocromo + Ac anti-digossigenina) Sonde nucleotidi coniugati a fluorocromi Sonde •Alfoidi: per sequenze ripetitive dei satelliti (anomalie numeriche) •Painting: specifiche per un cromosoma (cromosomi molto riarrangiati) •Locus singolo: sequenze specifiche DNA (es. geni di fusione) FISH: tappe della metodica Campioni DNA: cromosomi in metafase o nuclei in interfase FISH in interfase FISH in metafase probe per parte terminale del cr. 4q FISH: vantaggi e limiti Vantaggi Limiti •Esamina elevato n. di cellule in tempi brevi •Metodica semplice •Elevata efficienza di ibridizzazione •Elevata sensibilità e specificità •Non necessità cellule in mitosi •Correla dato citogenetico con morfologico •Informazioni su singolo cromosoma/gene •Esame simultaneo di pochi DNA bersaglio •Soglia di positività da calcolare per ogni sonda •Possibili artefatti nell’analisi di inclusi in paraffina Citogenetica nelle leucemie acute Classificazione delle leucemie acute (entità cliniche all’interno di un citotipo FAB) Definizione del rischio citogenetico (significato prognostico) Monitoraggio della malattia minima residua: sensibilità citogenetica convenzionale < sensibilità FISH TECNICHE DI BIOLOGIA MOLECOLARE POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Tecnica che si basa sulla capacità di una DNA polimerasi di amplificare in modo esponenziale una regione di DNA a sequenza sconosciuta (templato) posta tra due porzioni di DNA a sequenza nota. Step: •Estrazione di DNA (o RNA) •Cicli di amplificazione: denaturazione “annealing” estensione dei primers •Analisi degli amplificati PCR: estrazione di DNA (o RNA) DNA Proteinasi + fenolo-cloroformio-alcool isoamilico time: 2 giorni RNA Guanidio isotiocianato + mercaptoetanolo cloroformio ( a 4 °C) time: 2 giorni DNA/RNA Concentrazione Qualità KIT commerciali/ strumenti per automazione 260 nm (DNA) spettrofotometria 280 nm (proteine) A 260 A 280 PCR: cicli di amplificazione Miscela di amplificazione •DNA templato •DNA polimerasi termostabile •Buffer di reazione (TrisHCl e KCl) •Ione magnesio •Desossinucleotidi trifosfato •Primers: brevi sequenze di DNA a singolo complementari a sequenze note poste a monte e a valle del templato PCR: cicli di amplificazione Denaturazione (~ 1 min 95°C) Raffreddamento e “annealing” dei primers (~ 1 min 45-60°C) Estensione dei primers da DNA polimerasi (~ 1 min 72°C) PCR: cicli di amplificazione Cicli ripetuti 25-45 volte Amplificazione: crescita esponenziale ed efficienza di reazione Xn = X0 x (1 + Ex)n Efficienza della reazione Qualità e concentrazione del DNA/RNA Qualità e concentrazione del cDNA Concentrazione dei vari reagenti Condizioni di temperatura della reazione Numero di cicli plateau PCR qualitativa: analisi dei risultati Elettroforesi in gel di agarosio Corsa: 1/2 ora a 150 V Colorazione con etidio bromuro UV transilluminazione Fotografia 7.5 nM 5 nM 0 nM ddH2O 7.5 nM 30 ddH2O 0 5 Bortezomib [nM] 7.5 Ang2 GAPDH 100 80 60 40 20 0 Fig. 4 Roccaro et al. Interior area (pixel) Interior area (pixel) Ang1 GAPDH 150 100 50 0 neg ctrl 0 5 Bortezomib [nM] 7.5 neg ctrl 0 5 Bortezomib [nM] 7.5 7.5 nM neg ctrl 5 nM 7.5 7.5 nM 5 nM 0 nM 0 5 Bortezomib [nM] 0 nM 0 neg ctrl ddH2O 0 ddH2O 50 120 90 60 7.5 nM 100 GAPDH 150 5 nM GAPDH 150 0 nM Interior area (pixel) IL-6 IGF-1 Interior area (pixel) 5 nM 0 nM ddH2O Interior area (pixel) VEGF GAPDH 180 120 60 0 neg ctrl 0 5 Bortezomib [nM] 7.5 PCR qualitativa: vantaggi e limiti Vantaggi Limiti •Elevata sensibilità •Elevata specificità •Identificazione di traslocazioni non dimostrate dalla citogenetica •Possibilità di analisi simultanea delle traslocazioni più frequenti •Possibilità dell’esecuzione dell’analisi da campioni bioptici •Possibilità di contaminazioni •Efficienza di amplificazione variabile e dipendente da vari fattori •Impossibilità di stabilire la q di sequenza bersaglio •Presente all’inizio nel campione PCR quantitativa real-time Thermal-cycler (amplificazione) Sistema ottico per rilievo della fluorescenza Software per raccolta ed analisi dei dati Analisi dei prodotti non alla fine della reazione, ma durante la fase di crescita lineare delle molecole di amplificato Real-time PCR: metodo Taqman Sonda specifica per target Q = fluorocromo quencher (rosso, onda lunga) R = fluorocromo reporter (verde, onda corta) Sonda Taqman si lega a DNA target I primer si legano a 3’ e 5’ del DNA templato Real-time PCR: metodo Taqman Real-time PCR: metodo Taqman Real-time PCR: metodo Taqman PCR quantitativa: vantaggi e limiti Vantaggi Limiti Velocità Sensibilità (10-4 – 10-6) Specificità Standards commutabilità confrontabilità accuratezza Variabilità nella determinazione quantitativa Complessità sperimentale Mancanza di standards Valutazione critica dei risultati TECNOLOGIA DEI MICROARRAY E LEUCEMIE ACUTE DNA-microarray Metodica che consente di analizzare il profilo di espressione genica delle cellule. Procedura di base: •Sequenze di DNA sono schierate in ordine su supporto solido. •Dal campione viene estratto mRNA e retrotrascritto in cDNA. •cDNA, marcato con tracciante fluorescente, ibridizza con sequenze su array. •Il livello di espressione di un gene è direttamente proporzionale all’intensità di segnale derivato dalle immagini digitali acquisite. Principali tipi di microarray: 1. membrane based cDNA microarray 2. glass slide-based cDNA microarrays 3. oligonucleotide microarray o DNA chip DNA-microarray e leucemie acute: possibili sviluppi Riclassificare le leucemie Individuare profili di espressione genica in relazione alla prognosi Individuare profili di espressione genica in relazione a vie di trasduzione del segnale per definire terapie molecolari target Individuare profili di espressione genica in relazione alla sensibilità o resistenza ad un dato farmaco