Alberi filogenetici
Analizziamo un campione di una data popolazione 1 per il polimorfismo
determinato da due alleli del locus D2S44, D2S44-T e D2S44-C
I risultati sono
Genotipo
N.
N. att
 21
TT
75
72.2
0.109
TC
40
45.6
0.688
CC
10
7.2
1.089
125
125.0
1.886
Freq: D2S44-T = 0.7600.027
D2S44-C = 0.2400.027
Alberi filogenetici
12gl  1.886
Costruzione di alberi filogenetici a partire
dalle distanze genetiche
Anche le popolazioni 2, 3 e 4 sono state analizzate per il polimorfismo
D2S44 (sono tutte in equilibrio di H-W). Le frequenze alleliche sono:
Le popolazioni 1, 2, 3 e 4 sono state analizzate anche per il sistema
di gruppo sanguigno AB0 (sono tutte in equilibrio di H-W). Le
frequenze alleliche sono:
Pop.
T
C
IA
IB
i
1
0.760 0.240
0.256 0.082 0.662
2
0.613 0.387
0.332 0.052 0.616
3
0.650 0.350
0.245 0.042 0.713
4
0.682 0.318
0.252 0.044 0.704
Costruzione di alberi filogenetici a partire
dalle distanze genetiche
Calcolo della distanza genetica tra le popolazioni 1 e 2
determinata dal polimorfismo D2S44
cos  
n

i 1
cos 
pi1 pi2
0.760  0.613 
0.240  0.387  0.987
La distanza misurata mediante la corda è
dD 2 
dD 2 
2 2

2 2

1  cos 
1  0.987 
 0.901 1  0.987  0.1027
Calcolo della distanza genetica tra le popolazioni 1 e 2 determinata
dal sistema di gruppo sanguigno AB0
n
cos  =   pi 1 pi 2
i=1
cos = 0.256 x 0.332   0.082 x 0.052   0.662 x 0.616 =
= 0.995
La distanza misurata mediante la corda è
dAB0
dAB0
2  2
= ———  (1  cos )

2  2
= ———  (1  0.995) =

= 0.901  (1  0.995) = 0.0637
La distanza combinata tra D2S44 e AB0 è
D =  dD22 dAB02 =
=  0.10272  0.06372 = 0.1209
1
1
0
2
0.1029
2
Pop.
T
C
IA
IB
i
1
0.760
0.240
0.256
0.082
0.662
2
0.613
0.387
0.332
0.052
0.616
3
0.650
0.350
0.245
0.042
0.713
4
0.682
0.318
0.252
0.044
0.704
Calcolo della distanza genetica tra le popolazioni 1 e 3
determinata dal polimorfismo D2S44
n
cos  =   pi 1 pi 2
i=1
cos  =  0.760 x 0.650   0.240 x 0.350 = 0.993
La distanza misurata mediante la corda è
2  2
dD2 = ———  (1  cos )

dD2
2  2
= ———  (1  0.993) =

= 0.901  (1  0.993) = 0.0754
Calcolo della distanza genetica tra le popolazioni 1 e 2 determinata
dal sistema di gruppo sanguigno AB0
n
cos  =   pi 1 pi 2
i=1
cos = 0.256 x 0.245   0.082 x 0.042   0.662 x 0.713 =
= 0.996
La distanza misurata mediante la corda è
dAB0
dAB0
2  2
= ———  (1  cos )

2  2
= ———  (1  0.996) =

= 0.901  (1  0.996) = 0.0570
La distanza combinata tra D2S44 e AB0 è
D =  dD22 dAB02 =
=  0.07542  0.05702 = 0.0945
1
1
0
2
0.1209
3
0.0944
4
2
3
0
0
4
La matrice di tutte le distanze tra le popolazioni prese a
due a due sarà :
1
2
3
1
0
2
0.1209
0
3
0.0944
0.0697
0
4
0.0753
0.0753
0.0285
4
0
Pop.
3
4
0.0285
Distanza (D)
vertice
nodo
1
1
2
3
4
2
3
4
0
0.0697
0.0753
0
0.0285
0
0
0.1209
0.0944
0.0753
Distanza tra la popolazione 1 e le popolazioni 3 + 4
0.0944  0.0753
——————————— = 0.0849
2
Distanza tra la popolazione 2 e le popolazioni 3 + 4
0.0697  0.0753
——————————— = 0.0725
2
1
2
1
0
2
0.1209
0
3+4
0.0849
0.0725
3+4
0
0.0725
Pop. 2
3
4
0.0285
Distanza (D)
vertice
nodo
0.0725
Pop.
3
4
2
0.0285
Distanza (D)
vertice
nodo
0.0725
Pop. 2
3
4
0.0285
Distanza (D)
vertice
nodo
1
1
2
3
4
2
3
4
0
0.0697
0.0753
0
0.0285
0
0
0.1209
0.0944
0.0753
Distanza tra la popolazione 1 e le popolazioni 3 + 4 + 2
0.0944  0.0753  0.1209
———————————————— = 0.0969
3
1
234
1
234
0.0969
0
0
3
4
1
nodo
0.0969
0.0725
Pop. 2
0.0285
Distanza (D)
vertice