Dr. Claudio Arlandini, PhD
HPC System Administrator
Supercalcolo al CILEA: risorse e opportunità CAPI 2005 15/11/2005
CILEA
Productive Unit for High
Performance Computing Support
(http://www.cilea.it/servizi/b/)
Hardware Resources
Exadron 32 & 64bit cluster:
256 CPUs Intel Xeon 3.06GHz + Myrinet
72 CPUs AMD Opteron 2.2GHz + Infiniband
HP Cluster:
SuperDome SD 64000 (64 CPUs)
V2500 Enterprise Server (20 CPUs)
2 N4000 Enterprise Server (8 + 8 CPUs)
Vector Computing Machine:
NEC SX-5/4s (4 CPUs)
(http://www.supercomputing.it/fcilea.htm)
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CILEA High Performance Computing Resources
(http://www.supercomputing.it/fcilea.htm)
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Exadron
32bit cluster
O.S.: Linux Red-Hat 9
256 CPU Intel Xeon
Peak performance: 1567 GFlops/s
Linpack performance: 1084 GFlops/s
Clock:
RAM:
Disks:
Conn:
3.06 GHz
2 GB/cpu
2 TB local + 6.4 TB shared
Myrinet 2000 [message passing]
Gigabit ethernet [file sharing]
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Exadron
64bit cluster
O.S.: Linux Fedora Core release 3
72 CPU AMD Opteron
Peak performance: 317 GFlops/s
Clock: 2.2 GHz
RAM: 1 GB/cpu
Disks: 5.2 TB shared
Conn: Infiniband 4X [message passing]
Myrinet 2000 [message passing]
Gigabit ethernet [file sharing]
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HP SuperDome SD 64000
Model: SuperDome SD 64000
O.S.: HP-UX 11.11 64 bit
64 CPU PA-RISC PA-8700
Peak performance: 192 Gflops
Clock: 750 MHz
RAM: 64 GB
Disks: 1600 GB
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NEC SX-5/4s
Model: Nec SX-5/4s
vector 4 CPU
Peak performance: 16 Gflops
Clock: 250 MHz
RAM: 16 GB
Disks: 340 Gb
O.S.: Super-UX 10.2 64 bit
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Una storia di successo
Superdome
192 GF
Xeon cluster
1567 GF
HP cluster
64 GF
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Il CILEA è partner organizzatore del progetto LITBIO,
laboratorio finanziato dal MIUR attraverso un bando FIRB
2003 per il periodo 2005-2010.
I principali obiettivi del laboratorio:
• Rendere disponibile alla comunità bioinformatica italiana un
supercalcolatore dedicato di altissimo livello
• Costruire una solida piattaforma informatica per ogni tipo di
analisi genomiche e proteomiche
• Sviluppare attraverso la tecnologia Grid un network europeo
della bioinformatica
• Fungere da incubatore per nuove iniziative e da creatore di
sinergie tra ricerca accademica e privata
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Michelangelo:
un nuovo supercalcolatore per la
Bioinformatica italiana
Il progetto:
• 364 cores AMD Opteron
• 1,6 TFlops/s peak performance
• Infiniband 4X
• Schede acceleratrici per algoritmi
specifici
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Abbiamo la più vasta disponibilità di codici commerciali e
open-source per ogni settore di interesse computazionale,
in particolare:
Analisi Strutturale
Termofluidodinamica
Chimica & Bioinformatica
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ABAQUS NASTRAN PATRAN
DYTRAN LS-DYNA ANSYS
RADIOSS
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CFX
STAR-CD
FIDAP
FLUENT
TASCFLOW
KIVA
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GAUSSIAN GAMESS CPMD
AMBER GROMACS
NAMD
CHARMM BLAST
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• Teniamo regolarmente corsi di:
– Introduzione alle tecniche di calcolo parallelo e distribuito
– Elementi di XML per trattare e presentare i dati
– Introduzione alla programmazione orientata agli oggetti in C++
(http://www.cilea.it/corsi_CILEA/calcolo_ad_alte_prestazioni/calcolo_ad_alte_prestazioni.htm)
• Produciamo ed ottimizziamo codici su commissione
• Forniamo assistenza all’utilizzo di codici commerciali e
strumenti di sviluppo alla bisogna creando sinergie tra
competenze accademiche e richieste industriali
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