Le indicazioni all’uso dei microarray
in Diagnosi prenatale:
il parere del genetista
Alberto Sensi UO Genetica Medica AVR
DIAGNOSI PRENATALE
NELL’ANNO CHE VERRA’
Bertinoro 19 Ottobre 2013
Piattaforme e risoluzione
umber variant (CNV) discovery methods are better able to identify CNVs of different siz
Piattaforme array genomici
SONDA
backbone
SONDE
REGIONI
CRITICHE
SONDE
SNP
CGH prenatale vs cariotipo
Cariotipo
• Aneus. segm.5-10Mb
• Mosaicismi 18% (p0.95)
non dipende da dimensione
CGH-a
• 10-250Kb (1-10Mb)
• Mosaicismi 20% ?
Dipende da dimensione e regione
DETECTION RATE DIPENDE DA DIMENSIONE
DEL SEGMENTO
PROPORZIONE DI CELLULE ANOMALE
TIPOLOGIA DI CELLULE ANALIZZATE (ES
+9) (Sf, sp, af, cvs)
CGH prenatale vs cariotipo
Cariotipo
• Aneus. segm.5-10Mb
• Mosaicismi 18% (p0.95)
CGH-a
• 10-250Kb (1-10Mb)
• Mosaicismi 20% ?
non dipende da dimensione
• Triploidie tetraploidie
Dipende da dimensione e regione
• No poliploidie
(alcune triploidie possono essere
rilevate; SNP rilevano)
•
•
•
•
Anomalie bilanciate
Mos 45X/47,XXX
Target FISH
coltura
•
•
•
•
No bilanciate
No mos 45,X/47XXX
Targeting già ampio
Coltura e non
coltivato (non sempre)
CGH prenatale vs cariotipo
in setting non selezionato
Cariotipo
• DR +0,6% vs CGH
CGH
• DR +0,4%-50%???
Prob +4-6% ma tra eco+
CGH prenatale vs cariotipo
in setting non selezionato
Cariotipo
• DR +0,6% vs CGH
• 0,3%-1,5% dubbi
CGH
• DR +4-6%
• + VOUS 1.4%
CGH prenatale vs cariotipo
in setting mirato
Cariotipo
• DR +1.6% vs CGH
CGH
• DR +10%
a-CGH in anomalie eco
CGH prenatale vs cariotipo
in setting mirato
Cariotipo
• DR +1.6% vs CGH
• 0,3%-1,5% dubbi ?
CGH
• DR +10%
• + VOUS 2.1%
CGH nelle problematiche PD
citogenetiche classiche
•
•
•
•
Varianti eucromatiche e eterocromatiche
Riarrangiamenti bilanciati
Cromosomi marker
Mosaicismi
VARIANTI ETEROMORFICHE
Xq-Yq interchange resulting in
supernormal X-linked gene expression
in severely retarded males with 46,XYqkaryotype
CGH nelle problematiche PD
citogenetiche classiche
•
•
•
•
Varianti eucromatiche e eterocromatiche
Riarrangiamenti bilanciati
Cromosomi marker
Mosaicismi
Rcp “bilanciate”
35%-40% rcp dn “bilanciate”
sono CGH+
CGH nelle problematiche PD
citogenetiche classiche
•
•
•
•
Varianti eucromatiche e eterocromatiche
Riarrangiamenti bilanciati
Cromosomi marker
Mosaicismi
APPROFONDIMENTI PER
SMC
• Morfologia: ricerca satelliti (Giemsa, NOR)
• Morfologia: eterocromatina (CBG)
• Morfologia: (DA-DAPI)
NOR
PAC RP5-1174A5 (Courtesy of Dr. Palma Finelli))
DA-DAPI
APPROFONDIMENTI PER
SMC
•
•
•
•
•
Morfologia: dimensioni, indice centromerico
Morfologia: ricerca satelliti (Giemsa, NOR)
Morfologia: eterocromatina (CBG)
Morfologia: DA-DAPI
Piccolo satellitato: FISH alfasatellite 13/21,
14/22, 15
SNRPN
SKY
• SKY o Multicolor FISH o Multiprobe o CGH
Utile per bassi mosaicismi
Correlazione CGH/fenotipo
Rischio SMC con CGH
CGH per SMC
• Precisa definizione coordinate SMC eucromatico
• Anche mosaico fino al 20
• Evidenza eterocromatico solo in negativo
• Coordinate genomiche “VOUS”
CGH nelle problematiche PD
citogenetiche classiche
•
•
•
•
Varianti eucromatiche e eterocromatiche
Riarrangiamenti bilanciati
Cromosomi marker
Mosaicismi
Raccomandazioni SIGU
o Non sostituisce cariotipo
o Non in screening
o Gravidanze selezionate
o Anomalie ecografiche singole o multiple
o Riarrangiamenti de novo apparentemente
bilanciati
o SMC cromosomi marker
o 250Kb ISCA
o
o
o
o
o
o
o
o
NT>3.5mm
12.5% positivo
8.3% patogenico
solo NT 5.3%
NT et al 20%
casistica limitata 48
NT può divenire “plus” successivamente
ruolo FISH 22q11
Indicazione ancora da valutare
• Soft marker ecografico singolo o doppio
• Test combinato positivo
• IUGR
Grazie per l’attenzione!