Criniti Brunino
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Misale Claudia
OBBIETTIVO APPLICAZIONE:

Integrazione di risorse ampiamente utilizzate nel campo
della ricerca biomedica: allineamento di sequenze,
proteiche o nucleotidiche, e la consultazione di database
genomici, in genere accessibili tramite internet.

Risorse:

Softwares allineamento Blast.

database genomico Ensembl.
ATTIVITA’ SVOLTE
Web service che estende sevizi offerti dal web
service di Embl-Ebi.
 Client che permette di integrare in un’unica
applicazione i dati delle ricerche da effettuare.

ATTIVITA’ SVOLTE
TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI
PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST

Tecnologie e Metodologie
Linguaggio di programmazione: Java.
 Web Server: Apache Tomcat.


Librerie per lo sviluppo del Web Service: Apache Axis.





implementazione SOAP 1.1/1.2;
supporto JWS (Java Web Services) per il deploy dei WS;
supporto serializzazione/de-serializzazione;
implementazione WSDL;
utility WSDL2Java e Java2WSDL;

JFreeChart.

Lobo.

Jdom.
TECNOLOGIE E STRUMENTI UTILIZZATI
PER LO SVILUPPO DI ENSEMBLAST

Ambienti e Strumenti

Ambiente di sviluppo NetBeans IDE, realizzato dalla
Sun Microsystems.

Per la realizzazione dei tasti è stato utilizzato il
software Button Shop 4.

Per la fase di progettazione è stato utilizzato
enterprice architect
SCHEMA GENERALE APPLICAZIONE
WEB SERVICE: BLAST
•Wrapper che permette al client di comunicare con i database forniti
da Embl-Ebi.
WEB SERVICE: BLAST
CLIENT
CLIENT: MODEL
Package rappresenta lo stato dell’applicazione.
CLIENT: VIEW

Package della gestione dell’interfaccia grafica.

In particolare:

Drag and drop moduli.

Esecuzione alberi di lavoro.
CLIENT: MODULI

Moduli: rappresentano le azioni
permesse all’utente.

I seguenti moduli possono
essere inseriti tramine drag and
drop nel pannello di
visualizzazione. E poi collegati
tra di loro per creare un piano
di lavoro.
CLIENT: ALBERO DI ESECUZIONE
Il programma una volta avviata l’esecuzione degli alberi, effettua le seguenti
operazioni:
• Controlla che l’utente abbia effettuato le impostazioni dei moduli.
•Avvia la richiesta al web service.
•Permette anche la visualizzazione dei risultati tramite i moduli di Output.
TIPI DI VISUALIZZAZIONE DELL’OUTPUT

Output: BlastN/BlastP

Tabellare:

Grafico:
TIPI DI VISUALIZZAZIONE DELL’OUTPUT

Output: Ensembl
GRAZIE PER L’ATTENZIONE